分子構造解析ソフト活用事例集〜ポリマー・ソフトマテリアルズ分野〜
〜材料開発のカギがこの一冊に！〜
BIOVIA Materials Studio は分子構造モデリングソフトです。複雑な分子構造を、カンタン操作でモデリングし、各種材料開発の際のシュミレーションがコンピュータ上で可能となります。こちらの冊子ではポリマー・ソフトマテリアルズ系の活用事例をまとめて掲載いたしました。
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ソフトの製品一覧
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【資料】分子シミュレーション
【ホワイトペーパー進呈】高分子設計ツール・リガンド設計ツールの両方を統合！
当資料では、『BIOVIA Discovery Studio』を使用した 分子シミュレーションについて詳しく解説しています。 『BIOVIA Discovery Studio』におけるシミュレーションは、 科学者のレビューと検証を経て30年以上にわたり提供され続けている CHARMmの分子力学および分子動力学力場エンジンを基盤としています。 高分子設計ツールおよびリガンド設計ツールの両方を統合した 『BIOVIA Discovery Studio』は、包括的でスケーラブルな 分子シミュレーションツールです。 【掲載内容】 ■BIOVIA DISCOVERY STUDIO(DS)とCHARMM ■量子力学(QM)シミュレーション ■マルチプロセッサおよびグリッドエンジンのサポート ■モデルの準備と精密化 ■力場に基づくシミュレーション ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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【資料】抗体開発
【ホワイトペーパー進呈】治療用抗体の開発におけるさまざまな設計上の課題を解決
「BIOVIA Discovery Studio」では、抗体の構造モデル作成に必要な ツールを使いやすい環境で使用できるだけでなく、治療薬としての 効果を高め、開発を好適化するために必要なサイエンスを活用できます。 新しい治療用抗体の開発において業界が直面している課題は様々ですが、 「BIOVIA Discovery Studio」が提供するサイエンスとテクノロジーにより、 設計上の課題を解決することが可能になります。 【掲載内容】 ■抗体のモデリング ■力場ベースのタンパク質モデリング ■親和性と選択性の好適化 ■安定性の好適化 ■抗体のヒト型化 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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【資料】X線結晶解析
【ホワイトペーパー進呈】X線実験から生成される複合体構造データの解釈を支援！
当資料では、「BIOVIA Discovery Studio」での X線結晶解析について詳しくご紹介しています。 「BIOVIA Discovery Studio」のモデリングツールは、X線実験から 生成される複合体構造データの解釈を支援するように設計されています。 「BIOVIA Discovery Studio」は、タンパク質-リガンド複合体の 構造モデルを構築して精密化することに加えて、電子密度マップを生成して 可視化したり、X線構造の精密化タスクを実行したり、リガンドを自動的に 有効な電子密度にフィッティングさせることができます。 【掲載内容(一部抜粋)】 ■ソリューション ・電子密度マップの生成 ・水分子の検出 ・リガンドの配置 ・連続的な精密化の実行 ・モデル分子の検証 など ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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原子・分子レベルのモデルを作成して、可視化するソフト
BIOVIA Materials Studio Visualizer
BIOVIA Materials Studio Visualizerは、色々な分子シミュレーション・モジュールにおける構造モデル構築と結果の可視化を行うソフトウェアです。 20個以上ある全てのモジュールに対し共通のプラットフォームを提供しており、低分子、ポリマー、液体、金属、半導体、絶縁体、セラミックスなどさまざまな原子・分子レベルのモデルを作成することが可能です。
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分子、ポリマーなどの古典的分子力場･分子動力学計算ソフト
エネルギー計算／構造最適化／動力学シミュレーションが可能
BIOVIAの「Forcite Plus」は最新の古典力学計算ツールであり、エネルギー計算／構造最適化／動力学シミュレーションが可能です。 単純な分子から二次元表面、結晶に代表される三次元周期性構造に至るまで、広い適用性を備えています。 包括的な解析ツールにより密度変化のような基本物性の解析から双極子自己相関関数のような高度な物性の計算に至るまであらゆる物性を提供します。 これらの機能の全てはBIOVIA Materials Studioの環境で操作でき、直観的かつ速やかに習得し利用できます。
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【動画で紹介！】Materials Studioの概要
分子シミュレーション統合環境プラットフォームの概要を動画を公開中！
当社では、『Materials Studio』の概要について紹介ビデオ（3分版）を公開しています。 最近の材料の設計、開発においては原子・分子レベルでの状態や現象の理解を深め、それに基づく材料開発を行うことが必要となってきています。このような中、近年のコンピュータ性能の向上に伴い、最近では原子や分子スケールのモデルを扱うコンピュータ・シミュレーションが材料研究において積極的に応用されるようになってきました。 『Materials Studio』はこのような原子・分子スケールの各種のシミュレーション手法を搭載したパッケージソフトウェアで、単一のプラットフォームから実行できるユーザフレンドリーな統合環境をご提供いたします。 【ビデオ（3分版）概要】 ■分子シミュレーションの必要性 ■マルチスケール・シミュレーション ■Materials Studio ■お知らせ 完全版のビデオをご希望の方は、お気軽にお問い合わせください。
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【動画で紹介！】Materials Studioの活用方法（1）
古典分子動力学計算による液体、ポリマーの物性予測「密度の計算」
当社では、Materials Studioの活用方法について紹介したビデオ（3分版）を公開しています。 『Materials Studio』では、低分子液体やアモルファスポリマーのモデリング・シミュレーションを行って様々な物性値を予測することが可能です。 本ビデオでは、その中でも古典分子動力学計算による密度の計算方法をデモを交えてご紹介します。 密度は基本的な物性値であるため、それを正しく計算することはその他の物性値計算においてもとても重要です。 【ビデオ（3分版）概要】 ■密度計算の重要性 ■高い精度の力場（COMPASS） ■お知らせ 完全版のビデオをご希望の方は、お問い合わせください。
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【資料】無機アモルファス材料の分子動力学シミュレーション
【ホワイトペーパー進呈】様々な解析ツールが搭載されたソフトウェアのご紹介！
当資料では、「BIOVIA Materials Studio」を使用した無機アモルファス 材料の分子動力学シミュレーションについて詳しく掲載しています。 「BIOVIA Materials Studio」には、 無機アモルファス材料の分子動力学シミュレーションに必要な、 アモルファス構造の作成ツール・力場のフィッティングツール・ 分子動力学計算ツールなどの様々な解析ツールが搭載されています。 そのため、1つのプラットフォーム上でシームレスに作業を行えます。 【掲載内容】 ■背景 ■アモルファス構造の作成 ■ポテンシャルの作成 ■TABULATED FORCEFIELD ■分子動力学シミュレーションと結果解析ツール ■計算の自動化ツール ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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【資料】水分解反応におけるZNO/GAP1-X NXの光触媒活性
BIOVIA Materials StudioのCASTEP関連する対称性解析プログラムを使用して計算
当技術資料は、当社の取り扱う『BIOVIA Materials Studio』を使用した 「水分解反応におけるZNO/GAP1-X NXの光触媒活性」について掲載しています。 東京大学の井上泰宣特任教授および堂免一成教授らの研究グループとの 共同研究により、ZnO/GaN母材の光触媒活性が解明。 今後も当社では各業界で必要とされるさまざまな インダストリー・ソリューション・エクスペリエンスを提供してまいります。 【掲載内容(抜粋)】 ■序論 ■モデルと手法 ■目的 ■結果 ■結論 など ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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中分子創薬研究を加速するBIOVIAのソリューション
新たなモダリティとして注目されている中分子創薬研究のBIOVIAのソリューションをWEBにて公開
公開ページ： http://accelrys.co.jp/solutions/collaborative-science/MIDDLE-MOLECULAR/ 近年、医薬品開発のターゲットとして、従来の有機低分子化合物、抗体などのタンパク質製剤に加えて、サイズ的にはこれらの中間にあたる、いわゆる中分子が新たなモダリティとして注目されています。 ダッソー・システムズ・バイオビアは、低分子化合物、タンパク質製剤、双方に向けた様々な研究支援ソリューションを開発してきた長い歴史と、その間ユーザーの要求にこたえる形で常に発展させてきた確かな技術を保持しており、これらをベースとして近年では配列と構造をシームレスに扱う仕組みを開発、化合物登録/参照システムや電子実験ノート、描画ツールやワークフロー作成ツール等に組み込んでいます。これにより、研究者は配列と構造を行き来しながらストレスなく必要な情報を取得、解析することが可能で、中分子創薬を効率良く進めるうえでこの上ないアドバンテージになると考えられます。 WEBサイトにて、キーとなるいくつかの技術についてご紹介させて頂きます。
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【導入事例】BIOVIA Pipeline Pilot
IT部門の開発コストを40％削減！大手グローバル企業の導入ソリューション！
石油化学業界の大手グローバル企業様が「BIOVIA Pipeline Pilot」を 導入した事例をご紹介します。 同社の課題は、既存のナレッジ・リソースの集約には時間がかかり、チームが 同僚の専門知識を活用することができなかったこと。 また、連携していない無数のシステムを接続するために、同社のR&Dチームは、 さまざまな多数のユーザーがアクセスできるフレキシブルで化学分野に特化した ツールを必要としていました。 【ソリューション】 ■BIOVIA Pipeline Pilotによって複雑かつ大量の科学情報をデジタルに接続する ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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【技術資料】プラズモニックナノ粒子の応用
BIOVIA Materials Studioソフトウェアを使用した計算科学的アプローチをご紹介。
当技術資料は、金・銀ナノ粒子の低コスト代替材料となるアルカリ金属を ドープしたプラズモニックナノ粒子の応用について掲載しています。 プラズモニック材料としての応用の可能性を調査するために、ドープした 中性クラスターAl12XおよびCu12Xの電子および光学特性の体系的な シミュレーションを行いました。 また、TDDFT(時間依存密度汎関数理論)に基づいてクラスターの 光学的スペクトルを予測しました。 【掲載内容(抜粋)】 ■概要 ■背景 ■目的 ■計算方法 ■結論 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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【資料】包括的なタンパク質モデリング - 高分子モデリング
【ホワイトペーパー進呈】BIOVIA DISCOVERY STUDIOによる高分子モデリング
酵素や受容体、抗体、DNA、RNAなどの高分子の立体構造や特性を明らか にすることは、さまざまな研究活動の基本となる作業です。たとえば低分 子結合の部位や特徴の予測、あるいは生物学的製剤(バイオセラピューティ クス)の安定性や選択性の最適化など、すべての作業に精密で正確な分子モ デルの利用が欠かせません。BIOVIA Discovery Studioには有効性が実証され ている最先端の科学的ツールが網羅されており、高分子をベースにした研 究のあらゆる側面を支援します。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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BIOVIA Discovery Studio 2020
～最先端の計算化学技術を搭載～ ライフサイエンスのための包括的なモデリングおよびシミュレーション
BIOVIA DISCOVERY STUDIO 2020 市販のソフトウェアで初となる Multi-Site Lambda Dynamics などの新しい科学的成果を盛り込んでいます！ 複雑な生体分子系をモデリングして把握するためには、分子シミュレーションが必要不可欠です。BIOVIA の予測科学アプリケーション、Discovery Studio の最新のリリースには、市販のソフトウェアで初となる Multi-Site Lambda Dynamics などの新しい科学的成果が盛り込まれています。BIOVIA Pipeline Pilot をベースにして構築されたDiscovery Studio は、ライフサイエンスの創薬研究分野に最適な、さまざまな機能を網羅したコラボレーティブなモデリング・シミュレーション・アプリケーションです。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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