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操作はタンパク質構造とリガンド構造を入力するだけ！
『PoseView』は、リガンド-タンパク質間の相互作用の2次元図を 作成するためのツールです。 相互作用しているアミノ酸の種類や原子、相互作用の種類 （水素結合、疎水性相互作用、π-π相互作用）を分かりやすく 2次元で表示することができます。 得られた図は各種画像フォーマットで出力することが可能です。 【特長】 ■リガンド-タンパク質間の相互作用の2次元図を作成 ■相互作用しているアミノ酸の種類や原子などを分かりやすく2次元で表示 ■操作はタンパク質構造とリガンド構造を入力するだけ ■作成された図は、Protein Data Bankの公式の相互作用図として採用されている ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
110億化合物の中からリガンド候補を超高速検索できるツールをご紹介
『REAL Space Navigator』は、Enamine社における110億構造におよぶ バーチャル化合物群の中からクエリー化合物に類似の構造を 高速に探索するツールです。 ヒットした構造は同社により実際に合成できる可能性が高く、ユーザーは スキャフォールドホッピングされた新規化合物をオンデマンドに入手可能。 当製品による検索は、BioSolveIT社のFTrees-FSの類似構造構築手法に 基づいて行われます。 【特長】 ■110億通りのバーチャル化合物の中から、まだ発見されていない 新規リガンド候補を超高速に探索 ■クエリー化合物が持つ化学的な特長とその2次元的な位置が類似する 構造を簡単かつ効率的に得ることができる ■ヒット構造をEnamine社に合成依頼が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
固体表面への原子団の継続的な堆積を自動的に実行することができます
当資料では、『MedeA Deposition』の力場計算によるシミュレーションを ご紹介します。 『MedeA Deposition』は固体表面への原子・分子の堆積、吸着といった 現象を力場計算によってシミュレートするためのツールです。 工業的に重要なさまざまなプロセスに関する知見を得るための有益な手段 となります。 【掲載概要】 ■概要 ■機能 ■適用範囲 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
幅広くご利用可能！Flowを用いたCITE-seqデータ解析について紹介します
『Partek Flow』は次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 次世代シーケンサーから出力されたリード配列を読み込んで、RNA-seqや DNA-seq、ChIP-seq、Metagenomics等のデータ解析が可能。 搭載されているすべての解析ツールをグラフィカルユーザーインター フェース上で選択でき、複雑なコマンド入力が不要なので、データ解析の 専門家からデータ解析に不慣れなウェットの研究者まで幅広くご利用 いただけます。 【掲載概要】 ■CITE-seq とは ■細胞表面タンパク質の解析 ■ハッシュタグ・デマルチプレキシング ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
コマンドによる操作は不要！Flowを用いたメタゲノム解析についてご紹介しております
『Partek Flow』は次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 次世代シーケンサーから出力されたリード配列を読み込んで、RNA-seqや DNA-seq、ChIP-seq、メタゲノム等のデータを解析することが可能。 搭載されているすべての解析ツールをグラフィカルユーザーインターフェース 上で選択できるので、コマンドによる操作を必要としません。 当資料では、Flowを用いたメタゲノム解析についてご紹介しております。 【掲載内容】 ■メタゲノム解析とは ■系統解析 ■α多様性解析・β多様性解析 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【新製品情報】今回のバージョンアップでソフトウェア全体のコードが見直されています
MedeA のメジャーバージョンアップは、2.0 がリリースされて以来、 実に15年ぶりとなります。 今回のバージョンアップではソフトウェア全体のコードが見直され、 現在の使用環境に適した改善が数多く実施されております。 バージョン 3.0 においてMedeA は、さらに使いやすい環境へと進化しました。 【特長】 ■VASP 5.4.4をサポート ■アイコンの図柄やウィンドウの色等を含めユーザーインターフェースが刷新 ■ソースコードの見直しを行ったことでモデル構造の表示機能が大幅改善 ■新しいモジュールとしてMedeA-QT、MedeA-HT-Descriptors がリリース ■ReaxFFポテンシャルがサポート ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
Direct Force Fieldの力場パラメーターアサインから分子動力学計算までの力場計算機能をご紹介
Aeon Technology 社は高精度分子シミュレーション支援ソフトウェア 「Direct Force Field」を通じ、力場データベースから力場開発ツールまで 力場計算に関するさまざまなツールを提供しています。 当資料では、Direct Force Field (DFF) の力場パラメーターアサインから 分子動力学計算までの力場計算機能についてご紹介いたします。 【掲載内容】 ■はじめに ■分子構造の作成 ■形式電荷のアサイン ■モデル分子へのパラメーターアサイン ■分子動力学計算用入力ファイルの生成 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
MedeA-Deformation:分子動力学計算による塑性変形の取り扱いについて掲載！
『MedeA』は、第一原理計算や力場計算を基に材料の様々な物性を 算出することができる材料設計支援統合システムです。 当資料では、塑性領域における物性予測のため、応力ひずみ曲線を 算出するツール「MedeA-Deformation」について、カーボンナノチューブへの 適用事例を交えてご紹介します。 ぜひ、ご一読ください。 【掲載内容】 ■MedeA-Deformation ■CNTの引張変形 ■弾性領域の取り扱い ■まとめ ■謝辞 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
NMRスピン-スピン結合定数の計算やPBC計算におけるハイブリッド汎関数への対応などを掲載！
高速量子化学計算ソフトウェア『BIOVIA TURBOMOLE』の新バージョン7.5と グラフィカルユーザーインターフェース（GUI）TmoleX 4.6が リリースされました。 当資料では、新バージョンに搭載された新機能や改善された機能について 紹介します。 ぜひ、ご一読ください。 【掲載内容】 ■バージョンアップのトピックス ■NMRスピン-スピン結合定数の計算 ■PBC計算におけるハイブリッド汎関数への対応 ■Damped response法による吸収スペクトル、および周波数依存分極率計算 ■光学スペクトル情報に基づく色予測ツール ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
細胞集団の不均一性の解析や細胞系譜を推測する研究などに使用！解析事例についてご紹介
「GENEVESTIGATOR」は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを搭載しているため、 研究者が標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を行う際に、注目する 遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に 行うことができます。 当資料では、2020年の10月に追加された、Single Cell RNA-seqキュレーション データを使用した解析事例について紹介しています。 【掲載内容】 ■はじめに ■特定の遺伝子が発現する細胞種の解析 ■COVID-19 患者と健常者の発現遺伝子比較 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
PESの自動探索機能の他、AMSの各計算エンジンなどについてご紹介！
『AMS』は、量子化学計算プログラムのADFをはじめとする計算化学統合 パッケージです。 AMSの新バージョン2021では、各計算エンジンに対して構造最適化やMDなどを 統一的に行うためのツール“AMS driver”に新たに反応経路自動探索機能が 追加されました。 当資料では、今回追加されたPESの自動探索機能の他、AMSの各計算エンジン （ADF・BAND・DFTB・ReaxFF・COSMO-RS）、その他ツールの主な新機能に ついて紹介しています。 【掲載内容】 ■AMS driverによる反応経路の自動探索 ■AMSの各計算エンジン・ツールの主な新機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
バッチ効果の低減に利用可能なBatch removal機能についてご紹介！
『Partek Flow』は、シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 シーケンサー（NGS）から出力されたリード配列を読み込んで、 RNA-seqやSingle Cell RNA-seq等のデータを解析することが可能。 当資料では、バッチ効果の低減に利用可能なBatch removal機能について 紹介しています。 【掲載内容】 ■Flowの製品概要 ■Batch removalとは ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
電解液などのイオンを含む系に対応することが可能！COSMO-RS-ES法をご紹介します
熱力学物性推算ソフトウェアBIOVIA COSMOthermの新バージョン2021に 搭載されたCOSMO-RS-ES（ES：Electrolyte System）法を紹介します。 COSMO-RS-ES法は、COSMO-RS法とPizter-Debye-Huckel モデルを 組み合わせた方法で、COSMO-RS法では考慮が難しい電解液などの イオンを含む系に対応することが可能になります。 “COSMO-RS-ES法の推算事例”などを掲載しておりますので、 ぜひご一読ください。 【掲載内容】 ■COSMO-RS-ES法 ■COSMO-RS-ES 法の推算事例： 酢酸カリウムを添加した酢酸メチル―メタノールの定圧気液平衡 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
Material Intelligence プラットフォーム！新バージョン3.3のアップデート項目についてご紹介
MedeAは、第一原理計算や力場計算を基に材料のさまざまな物性を算出する ことができるソフトウェアです。 当資料では、新バージョン3.3のアップデート項目について紹介します。 MedeA 3.3では、第一原理計算プログラムVASPが新版6.2に対応し、 分子動力学計算プログラムLAMMPSはオフィシャルな安定版LAMMPS 29Oct20に 更新されました。 また、これらのプログラムの架け橋として、新モジュール「Machine Learning Potential（MLP）」がリリースされました。 【掲載内容】 ■MedeA環境 ■計算エンジン ■生成エネルギー ■力場 ■GPUの活用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
CORINA Classicの概要とバージョン4.4.0の主な新機能についてご紹介
CORINA Classicは、高精度かつ高速に低分子量から中分子量までの 有機分子の三次元分子構造を生成するソフトウェアです。 高品質な三次元分子構造を生成する標準のソフトウェアとして世界的に 認められています。CORINA Classicは、これまで数多くのバージョンアップを 重ねてきており、2021年9月にバージョン4.4.0をリリースしました。 当資料では、CORINA Classicの概要とバージョン4.4.0の 主な新機能について紹介します。 【掲載内容】 ■CORINA Classicの特徴 ■複雑な構造の三次元化 ■バージョン4.4.0の主な新機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
