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REINVENTの概要とREINVENT I/Fの機能や使用例についてご紹介
低分子の生成モデルであるREINVENTは、近年注目されている ディープ・ニューラル・ネットワークの技術を創薬研究に取り入れた 応用事例として注目されています。 MOEのREINVENT インターフェース（I/F）では、MOE上からREINVENTを実行 するための使いやすいGUIと、強化学習の評価関数として使用できる MOEのさまざまな機能を提供します。 当資料では、REINVENTの概要とREINVENT I/Fの機能や 使用例について紹介します。 【掲載内容】 ■REINVENTの概要 ■REINVENT I/F ■使用例 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
新しい解析ツールであるSample Composition Toolsや新たに追加された遺伝子発現データについてご紹介
GENEVESTIGATORは遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサー（NGS） の膨大な遺伝子発現データをキュレートすることで、様々な研究者により 登録された大量の実験結果を統合して解析可能にします。 当資料では新しい解析ツールであるSample Composition Toolsや 新たに追加された遺伝子発現データについて紹介します。 【掲載内容】 ■Sample Composition Tools ■遺伝子発現データの追加収載 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
SciMAPSの持つ粗視化分子動力学計算機能について紹介。
粗視化分子動力学計算では分子の部分構造を1つの粒子にしてシミュレーションを行います。水素分子などの軽元素の振動を考慮する必要がないため1ステップを通常の全原子MD計算の10倍程度の大きなモデルを取り扱えるとともに、計算する相互作用の数も大幅に削減され、全原子ＭＤ計算では到達困難な100 ns以上のシミュレーションも比較的容易に行えます。よって構造の平衡化までに時間を要する高分子や両親媒性分子などのソフトマターのシミュレーションに利用される計算手法です。本稿では２つの事例を通してSciMAPSの持つ粗視化分子動力学計算機能について紹介します。 【掲載内容】 ■SciMAPSのメソスケール関連の機能 ■粗視化モデル計算の事例： 両親媒性分子の粗視化モデルシミュレーション VOTCAを用いた粗視化ポテンシャルの作成とMD計算 ■粗視化モデルの全原子モデルへの変換 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
各ソフトウェアのアップデートと、Drugathon2022の開催報告をご紹介！
独BioSolveIT社はSBDD統合ツールSeeSARとケミカルスペース高速探索ツール infiniSeeを提供しています。SeeSAR 12.1では、FastGrow機能が搭載され、 フラグメントデータベースの拡充がなされました。 また、これらのソフトウェアを活用して特定の標的タンパク質に対する新規 リガンド設計を競うBioSolveIT Drugathon 2022がオンライン開催されました。 当資料では、各ソフトウェアのアップデートと、Drugathon2022の 開催報告をいたします。 【掲載内容】 ■SeeSAR 12.1：FastGrow機能の搭載とフラグメントデータベースの拡充 ■infiniSee 4.0.2：Analyzerモード機能追加 ■BioSolveIT Drugathon 2022開催報告 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
効率良く計算可能！MOE 2022.02の主な新機能や機能強化をご紹介
MOE 2022.02では、高性能なM1チップ搭載Macがサポートされることに加え、 タンパク質モデリング関連のアプリケーションでGPUを使用した計算が できるようになり、これまで以上に効率良く計算できるようになりました。 さらに、Hydrogen Mass Repartitioningによる分子動力学計算、ウェブベースの コンビナトリアルライブラリー生成、MOEsaicでのドッキング計算が新機能として 追加されました。 当資料では、MOE 2022.02の主な新機能や機能強化を紹介します。 【掲載内容(抜粋)】 ■サポートするハードウェアの拡充 ■UIの機能強化 ■糖鎖関連機能の強化 ■HMRによるMD計算 ■対応ファイルフォーマットの拡充 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
大量の実験結果を統合して解析可能！Cell Types toolの使用例やデータをご紹介
『GENEVESTIGATOR』は遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイやシーケンサーの膨大な遺伝子 発現データをキュレートすることで、様々な研究者により登録された大量の 実験結果を統合して解析可能にします。 また、当製品は使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを搭載している ため、探索や発現解析などを行う際に、注目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の 優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。 当資料では、新しく追加されたCell Types toolの使用例や追加収載された データを紹介します。 【掲載内容】 ■Cell Types tool ■遺伝子発現データの追加収載 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
全原子モデルのみでは難しい構造の構築が可能！幅広い研究にお役立ていただけます！
粗視化分子動力学計算では分子の部分構造を1つの粒子にして シミュレーションを行います。 水素分子などの軽元素の振動を考慮する必要がないため通常の 全原子MD計算の10倍程度の大きなモデルを取り扱えるとともに、 計算する相互作用の数も大幅に削減され、全原子MD計算では 到達困難な100ns以上のシミュレーションも比較的容易に行えます。 そのため、構造の平衡化までに時間を要する高分子や両親媒性分子などの ソフトマターのシミュレーションに利用される計算手法です。 当資料では、事例を通して『SciMAPS』の持つ粗視化分子動力学計算機能に ついて紹介します。 【掲載内容（一部）】 ■SciMAPS のメソスケール関連の機能 ■粗視化モデル計算の事例 ■粗視化モデルの全原子モデルへの変換 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
機械学習力場機能が改善！研究の現場で使いやすいソフトウェアとして機能強化
当資料では、材料設計支援統合システムのMedeAの3.7バージョンで搭載 された主な新機能および改善点について紹介しています。 MedeA GUI、 計算エンジン、物性計算モジュールや、強化された機械学習 ポテンシャルの機能について掲載。 また、on-the-fly MLFFにおける力場パラメーター生成過程のフローも ご紹介しておりますので、ぜひご覧ください。 【掲載内容】 ■MedeA 統合環境 ■新機能・改善点 ■MedeA VASP on-the-fly MLFF ■Materials Design 社ユーザー会開催予告 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
表面形状の異なる2つの表面モデルから周期境界条件を満たす界面モデルを探索・構築！
当資料では、界面モデル構築ツール「Interface Builder」について ご紹介しております。 MedeAは、第一原理計算や力場計算を基に材料のさまざまな物性を 算出することができる分子シミュレーションの統合環境。 各項目ごと図とともに詳しく解説しておりますので、 ぜひ、ご一読ください。 【掲載内容】 ■緒言 ■Interface Builderによる固体(結晶)-固体界面構築 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
ひろがる領域、ひろがる可能性！様々な平衡物性を推算することができるソフトウェア
『COSMOtherm』は、物性推算法COSMO-RS法を用いた熱力学物性推算ソフトウェアです。任意の化合物や混合溶液の蒸気圧・分配係数など様々な平衡物性を推算することができます。 COSMO-RS法は、量子化学計算で得られる分子の表面電荷情報と分子統計力学に基づき、溶液中の分子の化学ポテンシャルを算出します。そして、得られた化学ポテンシャルを用いて、様々な平衡熱力学物性を算出します。 当製品は、様々な化合物の物性予測を可能にし、研究者・技術者の幅広いニーズに応えます。例えば、プラント設計や材料設計から医薬品設計・製剤プロセスにおいて利用可能です。
量子化学計算のデファクトスタンダード
『Gaussian』は、多種多様な分子・化学反応を解析・設計するための量子化学計算ソフトウェアです。最も有名で利用者の多い量子化学系さんソフトウェアで、分子設計・構造解析・化学反応解析などで多大な成果をもたらしています。 2017年はじめに、Gaussian 16（量子化学計算ソフトウェア）ならびGaussView 6がリリースされました。本リリースは約7年ぶりとなるメジャーバージョンアップです。
電子相関の取り扱いに関する様々な計算機能を搭載した量子化学計算ソフトウェア
『Molpro』は、非経験的分子軌道計算ソフトウェアで、電子相関の精確かつ効率的な取り扱いに特長があります｡ 配置間相互作用法､クラスター展開法､多配置SCF法､多配置参照摂動法など電子相関の取り扱いに関する様々な計算機能を搭載しています。多配置波動関数を用いた計算手法に強みをもち、精確な励起状態波動関数を計算できますので、励起状態の研究に適しています。
受容体構造を用いた化合物のドッキングシミュレーション
MOEを用いたStructure-Based Drug Design（SBDD）が可能です。標的タンパク質の適切な前処理、ポケット探索、ドッキングシミュレーション、ドッキングスコアによる評価、リガンド結合状態の解析を通して適切な分子設計とバーチャルスクリーニングを行えます。 以下のような解析が可能です。 ■ドッキングシミュレーション ■受容体構造の確認と前処理（原子欠損の確認と修正） ■水素原子付加状態の決定 ■ポケット探索 ■フラグメント結合位置検索 ■結合部位中での分子設計 ■リガンド-受容体との相互作用解析 ■Potein-Ligand Interaction Fingerprint解析 ■母核置換とのフラグメントベースの分子設計 ■3D-RISM法による溶媒解析 ■タンパク質表面解析 ■SBDDのためのプロジェクトデータ構築
リガンドの結合様式の解析やバーチャルスクリーニングを行うBioSolveIT社製ツール
『FlexS』は、リガンド構造から予測されるファーマコフォアフィーチャーの 投影点をベースとして構造アラインメントを行い、妥当な重ね合わせ構造を 高速に求めるツールです。 また、高速なスクリーンモードを利用することで受容体構造を用いずに 化合物の3次元構造のみを使用したバーチャルスクリーニングに適用できます。 配置は、ファーマコフォアの投影点の一致（水素結合、イオン結合、疎水性相互作用）と vdW体積のオーバーラップに基づいてスコア化して評価します。 【特長】 ■リガンド分子対重ね合わせを平均2分/1アラインメント、早いものは数秒で行う ■分子のフレキシビリティの評価は環状構造の有無と合わせ、ねじれ角の評価を行う ■参照リガンドは剛体として評価 ■オプションモジュール：FlexS-C ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
自動的にクオリティの高い図を作成！さまざまな画像フォーマットに対応します
『PoseView』は、リガンド-タンパク質間の相互作用の 2 次元図を作成するためのツールです。 相互作用しているアミノ酸の種類や原子、相互作用の種類（水素結合、 疎水性相互作用、π-π相互作用）を分かりやすく 2 次元で表示することができます。 操作はタンパク質構造とリガンド構造を入力するだけで、得られた図は 各種画像フォーマットで出力することが可能 。作成された図は、多くの 論文で活用され、Protein Data Bankの公式の相互作用図としても採用 されております。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
