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置換可能な母核や置換基を高速に検索するBioSolveIT社製、創薬支援ツール
『ReCore』は、母核構造置換、フラグメント付加、複数フラグメントの 結合などのFBDDによる分子構築を簡単な操作で行う事が可能なツールです。 受容体ポケットや既存リガンドの形状、フォーマコフォアやSMARTSによる 官能基位置の拘束を分子構築に反映することができます。 また、分子設計手法として、母核構造置換、フラグメント付加、 複数フラグメントの結合の 3 つのモードを用意しています。 【特長】 ■マウスを用いて結合またはファーマコフォアを指定するだけでFBDDが可能 ■圧倒的な計算速度 ■20 万件のフラグメントデータベースが付属 ■受容体との相互作用を解析 ■受容体ポケットやリガンドの形状、ファーマコフォアを利用した検索が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
タンパク質デザイン機能やタンパク質解析の為の様々な機能が搭載
「MOE 2016.08」には新規アプリケーションとして「MOEsaic」が追加 されました。Matched MolecularPair（MMP）解析やR-group 解析などの SAR 解析、分子設計、文書作成が行えるウェブアプリケーションです。 「MOEsaic」を用いることで、重要な置換基の検出、キー化合物の発見、 新規化合物の設計、解析で得られた知見の記録が効率的かつ直感的に行えます。 【MOEsaic 機能】 ■リガンド解析とSAR解析のためのWebアプリケーション ■部分構造と類似構造検索 ■R-group解析とプロファイリング ■Matched Molecular Pair解析（MMPs） ■新規バーチャルリガンドデザイン ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
幅広い機能や最新の適用例を知るうえで有効なウェビナーについてご紹介
『MedeA』は、原子・分子スケールのシミュレーション技術を基に各種の 物性評価を行うための統合支援環境です。 開発元であるMaterials Design社では、当製品を紹介するためのウェビナーを 開催しており、幅広い機能や最新の適用例を知るうえで有効な機会です。 過去のウェビナーは、ウェビナーオンデマンドにて動画配信されています。 下記のリンク先からご覧いただけます。 ウェビナーオンデマンド：http://www.materialsdesign.com/webinars 【過去に開催されたウェビナー】 ■UNCLEの基本理論とその適用例 ■空間・時間スケールの大きな現象を取り扱う技術として、古典力場計算 ■化学や触媒分野に焦点を当て、古典力場計算の技術 ■Liイオン電池電極材の相安定性や構造劣化現象の解析に焦点を当てた事例 ■第一原理計算プログラムVASPなどを利用して、解析、物性評価した例 ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
MOEの最新技術の紹介と5名の先生方にMOEを活用した創薬研究に関して講演
『MOEフォーラム2017』では、開発元からMOEの最新技術の講演、5名の先生方にMOEを活用した創薬研究に関して講演いただきました。 【開発元講演】 ■Prediction of Protein-Protein Binding Sites and Epitope Mapping ■Optimizing Protein Properties in the Cloud with MOE 【招待講演】 ■「創薬等研究推進に向けたタンパク質の大規模情報解析」 ■「Structure-based drug designの手法を活用した創薬シード創成」 ■「創薬研究におけるSupervised Molecular Dynamicsの有用性検証」 ■「タンパク質間相互作用を誘導する有機小分子とその相互作用の 解析法の開発」 ■「Integratedi n silico Strategy for Drug Discovery」 当日の資料をご希望の方はご連絡ください。 ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
乳がん特異的な発現パターンと逆相関を示す化合物の解析
『GENEVESTIGATOR』は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な 遺伝子発現データをキュレートすることで、様々な研究者により登録された 大量の実験結果を統合して解析可能にします。 「乳がん特異的な発現パターンと逆相関を示す化合物」の解析では、 隣接正常組織と比較して乳がん組織で発現が有意に変動している遺伝子を検索。 疾患特異的な発現変動と逆相関を示す医薬品候補化合物を検索することで、 解析対象の疾患に有効性を示す可能性がある化合物を見出すことができます。 【特長】 ■遺伝子発現データをキュレート ■大量の実験結果を統合して解析可能 ■解析対象の疾患に有効性を示す可能性がある化合物を見出すことが可能に ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【※事例集を進呈！】第一原理計算プログラムVASPを用いて、電子状態から物性評価した事例を紹介「半導体・電子デバイスへの応用例」
『MedeA』は、原子・分子スケールのシミュレーション技術を基に各種の物性評価を行うための統合支援環境です。 本適用事例集は、当製品の開発元であるMaterials Design社にて配布している適用例をまとめたものです。 第一原理計算プログラムVASPを用いて、電子状態から物性評価した事例を紹介します。 【適用事例】 ■NiSi/Si間のショットキー障壁の評価 ■VO2のバンドギャップ評価と金属絶縁体遷移（ハイブリッド汎関数） ■InAsのハイブリッド汎関数による高精度なバンド構造評価 ■High-kゲートスタックにおける仕事関数の評価 ※詳しくはダウンロードよりPDFをご覧ください。
遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に！
当資料では、新しく追加されたTCGAの遺伝子発現データについて 掲載しています。 「GENEVESTIGATOR」は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な 遺伝子発現データをキュレートすることで、さまざまな研究者により登録された 大量の実験結果を統合して解析可能にします。 また、使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを搭載し、研究者が 標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を行う際に、注目する遺伝子の同定や 発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。 【掲載内容】 ■TCGAについて ■GENEVESTIGATORに収載されたTCGAデータ ■RNA-seqのデータ解析パイプライン ■ご評価 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
創薬研究書籍の抜刷記事を配布中！
『MOE』は、創薬・生命科学研究のための分子モデリング、シミュレーションソフトウェアです。 直観的に操作できる多彩なアプリケーションと豊富なデータコンテンツで、 計算化学者から実験研究者まで、幅広いユーザーの研究をサポートします。 国内外で多くの導入実績があり、分子シミュレーション、ケモインフォマティクス、 タンパク質・抗体・ペプチドモデリング、立体構造に基づく分子設計、 ファーマコフォア解析など様々な機能を搭載。 現在『MOE』の特長・事例が紹介された書籍 『in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術(注1)』 の抜刷資料を進呈中。 「お問い合わせ」より「抜刷送付希望」とご記入の上お申し込みください。 ※製品の詳細は『PDFダウンロード』よりカタログをご覧ください。
応力計算可能！燃焼反応やポリマーの架橋反応のMDを加速させるための手法が搭載
『ReaxFF 2018』は、CVHD（Collective Variable-driven Hyperdynamics） やbond-boostといった燃焼反応やポリマーの架橋反応のMDを加速させるための 手法が搭載されたことに加えて、CMA-ES（Covariance Matrix Adaptation Evolution Strategy）法を用いた反応力場パラメーターの最適化に 対応しています。 また、非平衡MDによる熱伝導率の計算や、圧力・弾性テンソルと関連の プロパティ計算ができるようになりました。 【特長】 ■燃焼反応やポリマーの架橋反応のMDを加速させるための手法を搭載 ■CMA-ES法を用いた反応力場パラメーターの最適化に対応 ■応力計算が可能 ■ヤング率などの機械特性の計算が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
環構造生成アルゴリズムの改良により計算速度と変換率を向上させました！
『CORINA Classic 4.2.0』は、低分子量から中分子量までの有機化合物の 三次元分子構造を生成するソフトウェアの新バージョンです。 経験的手法を用いることで高速かつ高精度な三次元化を実現します。 新バージョンでは、アトロプ異性体発生機能の追加や大環状化合物の取り扱いの 見直し、計算速度と変換率の向上、読み込みデータ区切り文字の指定を はじめとするファイルI/Oに関するオプション追加などの改良が行われています。 【特長】 ■アトロプ異性体発生機能の追加 ■大環状化合物の取り扱いの見直し ■計算速度と変換率の向上 ■ファイルI/Oに関するオプション追加 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
新モジュールradlessが追加！吸収・発光スペクトルの算出が可能！
『TURBOMOLE 7.3』は、高速量子化学計算ソフトウェアTURBOMOLEの 新バージョンです。 Resolution of the identity (Rl) 近似の導入により、膨大な計算時間が 必要なクーロン積分を高速化し、Hartree-Fock法、密度汎関数法(DFT)、 Møller-Plesset摂動法およびクラスター展開法の計算時間を大幅に 短縮することを可能にしています。 新バージョンでは、さらにradlessモジュールが追加され、FCを考慮した 吸収・発光スペクトルの算出が可能になりました。 【バージョンアップのトピックス】 ■Franck-Condon因子を計算する新モジュールradless ■RI 法によるGW の高速化とevGW/qsGW のサポート ■時間依存密度汎関数法（TDDFT）による2光子吸収断面積 ■周期境界条件DFT 計算における大規模基底関数のサポート ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
コマンド操作に慣れない方でもGUIを用いて手軽に計算が行えます！
『CORINA Symphony 1.1』は、CORINA Classicのアルゴリズムを利用して 分子構造の標準化と三次元化をGUIのワークフローから実行できるように 拡張したソフトウェアです。 当資料では、主な機能について紹介しています。 「分子構造標準化」をはじめ、「分子構造三次元化」や「記述子計算」 について掲載しています。 【掲載内容】 ■CORINA Symphony 1.1概要 ■分子構造標準化 ■分子構造三次元化 ■記述子計算 ■ToxPrint 計算 ■データセット管理機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
MedeA-MTモジュールは、機械物性を評価することができます
当資料では、『MedeA-MT』による材料の機械的特性評価を紹介しております。 MedeA-MTモジュールは、機械物性を評価することができます。 差分法による弾性定数計算に加え、各種弾性率、Poisson比などの 機械的特性の他、延性・脆性の判定に使えるPugh比など様々な物性値を算出。 「MedeA」に搭載されているハイスループットモジュールと組み合わせることで、 材料の物性値データの大量生成にもお使いいただける便利なツールです。 【掲載概要】 ■第一原理・力場計算による弾性定数計算 ■実験値との比較 ■Pugh 比による脆性/ 延性の判定 ■まとめ ■参考文献 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
簡単かつ柔軟なワークフロー作成！KNIMEで動作するMOEインターフェイス
『MOE-Extensions for KNIME』は、MOEをワークフローツール 「KNIME」上で使用するためのインターフェイスです。 当製品を利用することで、化合物や受容体構造の前処理、 ドッキング、FBDD、ファーマコフォア検索などのMOEによる 連続的な処理を容易に定義できます。 【特長】 ■誰でも分かりやすい形で計算プロトコルを定義 ■プログラミング不要で作業を自動化 ■処理の追加、削除、順番の入れ替えが容易 ■創薬研究のための多数のノードを提供 ■KNIMEの他ノードとの連携が容易（機械学習等） ■ユーザーオリジナルノードの作成が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
三元複合体のモデリング手法の概要とその適用事例についてご紹介します
『PROTAC Modeling Tools』は、標的タンパク質分解誘導薬 PROTACの開発を 支援するためのMOEのカスタムアプリケーションです。 4通りの手法によりPROTACを介した三元複合体構造の予測とモデリングを容易 に行え、タンパク質間の接触を表すスコアにより適切なモデルを選別可能。 当資料では、三元複合体のモデリング手法の概要とその適用事例について ご紹介します。 【掲載概要】 ■PROTAC 概要 ■PROTAC Modeling Tools2）概要 ■三元複合体の各モデリング手法 ■三元複合体モデルのスコアリング ■適用事例 ■アプリケーションの入手方法 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
