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新しい解析ツールであるSample Composition Toolsや新たに追加された遺伝子発現データについてご紹介
GENEVESTIGATORは遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサー（NGS） の膨大な遺伝子発現データをキュレートすることで、様々な研究者により 登録された大量の実験結果を統合して解析可能にします。 当資料では新しい解析ツールであるSample Composition Toolsや 新たに追加された遺伝子発現データについて紹介します。 【掲載内容】 ■Sample Composition Tools ■遺伝子発現データの追加収載 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
タンパク質デザイン機能やタンパク質解析の為の様々な機能が搭載
「MOE 2016.08」には新規アプリケーションとして「MOEsaic」が追加 されました。Matched MolecularPair（MMP）解析やR-group 解析などの SAR 解析、分子設計、文書作成が行えるウェブアプリケーションです。 「MOEsaic」を用いることで、重要な置換基の検出、キー化合物の発見、 新規化合物の設計、解析で得られた知見の記録が効率的かつ直感的に行えます。 【MOEsaic 機能】 ■リガンド解析とSAR解析のためのWebアプリケーション ■部分構造と類似構造検索 ■R-group解析とプロファイリング ■Matched Molecular Pair解析（MMPs） ■新規バーチャルリガンドデザイン ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
コマンド操作に慣れない方でもGUIを用いて手軽に計算が行えます！
『CORINA Symphony 1.1』は、CORINA Classicのアルゴリズムを利用して 分子構造の標準化と三次元化をGUIのワークフローから実行できるように 拡張したソフトウェアです。 当資料では、主な機能について紹介しています。 「分子構造標準化」をはじめ、「分子構造三次元化」や「記述子計算」 について掲載しています。 【掲載内容】 ■CORINA Symphony 1.1概要 ■分子構造標準化 ■分子構造三次元化 ■記述子計算 ■ToxPrint 計算 ■データセット管理機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
軽量化、高安全性、高耐久性などを実現する電解質材料の開発が重要となっています！
当資料では、DFFとSciMAPSによる二次電池用電解質の検討について ご紹介しております。 「SciMAPSによる物性推算」をはじめに「DFFの力場」、「計算手順」など 図とともに詳しく掲載。 計算結果についても記載されておりますので、ぜひ、ご一読ください。 【掲載内容】 ■SciMAPSによる物性推算 ■DFFの力場 ■計算対象 ■計算手順 ■計算結果 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
分子膜透過性予測ソフトウェアCOSMOpermリリース！予測精度などをご紹介
当資料では、「COSMOperm」の予測方法と予測精度について掲載しています。 COSMOlogic社新製品として、低分子の分子膜透過性を予測する ソフトウェアがリリースされます。 本製品は、既存の分子膜・ミセル内分子分布シミュレーター「COSMOmic」で 算出される分子膜中の分配係数と新たに考案されたCOSMO－RS法に基づく 拡散係数予測式を用いて膜透過性を予測します。 【掲載内容】 ■COSMOpermの予測方法と予測精度 ■予測精度の検証事例 ・約40種の低分子の膜透過性が検討された ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
統合計算化学システムMOE-QFSSの新バージョンについてご紹介！
当資料では、QFSSの概要と新機能、構造検索事例について掲載しています。 「MOE-QFSS」は、複数の巨大な化合物データベースに対して高速かつ 横断的に構造検索を行うためのMOEのアドオンツールです。 新バージョンでは、公共データベースへのアクセスと MOE/web SOAPサーバーでの検索に対応しました。 さらに、QFSSのMOE/webアプリケーションを提供。それによって目的や 計算資源に応じたQFSSの実行環境を構築できます。 【掲載内容】 ■QFSS概要 ■QFSSによる検索 ■バージョンアップ内容 ■QFSSを用いた応用事例 ■QFSSの入手方法 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
化合物の物理化学的特性間などの実験値との関係を可視化して解析することが可能！
当資料では、ニューラルネットワーク手法に基づくデータ解析が可能な SONNIAについて掲載しています。 MN-AM社製「SONNIA」は、自己組織化ニューラルネットワーク手法に 基づいて低分子化合物のクラスター解析とQSA(P)R解析を行います。 データの入出力、計算の設定、結果の表示に対話的かつグラフィカルな インターフェースを提供し、化合物の物理化学的特性間あるいはそれらと 生物活性等の実験値との関係を可視化して解析することができます。 【掲載内容】 ■SONNIA 概要 ■SONNIAの主な機能 ■応用事例紹介 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
「GENEVESTIGATOR」を用いた解析事例を掲載！ がん免疫療法の新規標的遺伝子の探索事例の紹介
「GENEVESTIGATOR」は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの 膨大な遺伝子発現データをキュレートすることで、様々な研究者により 登録された大量の実験結果を統合して解析可能にします。 当資料では、マウスがん細胞の遺伝子発現データを使った がん免疫療法の新規標的遺伝子の探索事例を紹介しています。 【掲載内容】 ■はじめに ■PD-1の遺伝子発現 ■PD-1と共発現する遺伝子 ■細胞ごとの発現パターン ■ご評価 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
コマンドによる操作は不要！Flowを用いたメタゲノム解析についてご紹介しております
『Partek Flow』は次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 次世代シーケンサーから出力されたリード配列を読み込んで、RNA-seqや DNA-seq、ChIP-seq、メタゲノム等のデータを解析することが可能。 搭載されているすべての解析ツールをグラフィカルユーザーインターフェース 上で選択できるので、コマンドによる操作を必要としません。 当資料では、Flowを用いたメタゲノム解析についてご紹介しております。 【掲載内容】 ■メタゲノム解析とは ■系統解析 ■α多様性解析・β多様性解析 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
Direct Force Fieldの力場パラメーターアサインから分子動力学計算までの力場計算機能をご紹介
Aeon Technology 社は高精度分子シミュレーション支援ソフトウェア 「Direct Force Field」を通じ、力場データベースから力場開発ツールまで 力場計算に関するさまざまなツールを提供しています。 当資料では、Direct Force Field (DFF) の力場パラメーターアサインから 分子動力学計算までの力場計算機能についてご紹介いたします。 【掲載内容】 ■はじめに ■分子構造の作成 ■形式電荷のアサイン ■モデル分子へのパラメーターアサイン ■分子動力学計算用入力ファイルの生成 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
三元複合体のモデリング手法の概要とその適用事例についてご紹介します
『PROTAC Modeling Tools』は、標的タンパク質分解誘導薬 PROTACの開発を 支援するためのMOEのカスタムアプリケーションです。 4通りの手法によりPROTACを介した三元複合体構造の予測とモデリングを容易 に行え、タンパク質間の接触を表すスコアにより適切なモデルを選別可能。 当資料では、三元複合体のモデリング手法の概要とその適用事例について ご紹介します。 【掲載概要】 ■PROTAC 概要 ■PROTAC Modeling Tools2）概要 ■三元複合体の各モデリング手法 ■三元複合体モデルのスコアリング ■適用事例 ■アプリケーションの入手方法 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
新たに2つの目的に対する力場が追加！5つの系統の陽イオンと12種類の陰イオンに対応！
「Direct Force Field」は、力場作成とAeon社の開発した力場を利用するための ソフトウェアです。 力場を作成するために必要な機能を簡単な手順で利用できるようになっており、 開発された力場を管理するデータベースが搭載されています。 当資料では、2020年12月にリリースされた新バージョン『Direct Force Field 7.2』 についてご紹介しています。 是非、ご一読ください。 【掲載内容】 ■Direct Force Field 概要 ■新機能の紹介 ■参照文献 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
「Reverse Fingerprint Modeling」の概要と4つの機能をご紹介！
「Reverse Fingerprint Modeling」は、MOEユーザーコミュニティーのための SVLコード交換サイトSVL Exchangeで公開されている統合計算化学システム MOEのアドオンプログラムです。 化合物のさまざまな分子フィンガープリントと活性値の情報を用いて、 活性化合物に共通の部分構造や活性/不活性に寄与する部分構造を特定したり、 ファーマコフォアモデルを構築/評価したりできます。 当資料では、「Reverse Fingerprint Modeling」の概要と4つの機能を 紹介しています。 【掲載内容】 ■Reverse Fingerprint Modelingの概要 ■Motif Detection ■Virtual Pockets ■Fragment Placement ■Activity Scan ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
創薬研究を支援！PSILO 2022.02で追加される新機能をご紹介
『PSILO』は、生体高分子やタンパク質-リガンド複合体構造情報の データベースシステムです。 公共データやインハウスデータを統合的に管理し、独自の検索機能や 解析機能により創薬研究を支援します。 PSILO 2022.02では、データベースの連携機能が新たに追加されました。 さらに、構造バリデーション機能やタンパク質ファミリーの管理機能が 強化され、より便利に使いやすくなりました。 当資料では、PSILO 2022.02で追加される新機能を紹介します。 【掲載内容】 ■データベースの連携 ■AlphaFold ■構造バリデーション機能の強化 ■ファミリーの管理機能の強化 ■MOEとの連携 ■その他の新機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
性質の異なる物質を同時に取り扱える！到達困難な大規模・長時間シミュレーション
『MedeA』は、第一原理計算や力場計算を基に材料のさまざまな物性を 算出することができる分子シミュレーションの統合環境です。 機械学習力場パラメーターを作成・使用できるツール、MLP/MLPGが 搭載されているので、第一原理計算に近い精度で大規模・長時間の シミュレーションが可能です。 当資料では、機械学習ポテンシャルの作成・使用環境を実装した MedeA MLP/MLPG について、その概要を紹介しておりますので、 是非ご覧ください。 【掲載内容】 ■機械学習ポテンシャル ■MLPGによるパラメーターフィッティング ■MedeA MLP/MLPG ■適用事例 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
