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PBC計算機能が大幅に拡張！量子化学計算ソフトウェアTURBOMOLEの新バージョン7.2がリリース
量子化学計算ソフトウェアTURBOMOLEの新バージョン7.2がリリース。新バージョンに搭載された新機能や改善された機能について紹介します。 【バージョンアップ内容】 ■周期境界条件を用いた計算機能の拡張 ユニットセルの構造最適化が可能になったことで、セルサイズが不明なモデルが取り扱えるようになり、様々な計算対象に用いることが可能 ■Bethe-Salpeter方程式に基づく励起エネルギー GWとBSEを組み合わせた励起エネルギーの計算が可能 ■CC2法によるりん光寿命の計算 CC2法を用いることでDFTの問題点を回避すると共に計算コストを抑えたスピン軌道相互作用の考慮を実現 ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
類似の官能基を同じ色で表現することで、研究者によるヒット構造からの適切な選択を支援します
『infiniSee』は、既存の化合物ライブラリーあるいは、10^20個を超える バーチャル化合物群の中より類似構造を高速に探索するソフトウェアです。 新規構造、SAR展開、特許を回避した構造など、目的に応じた候補構造を 簡単な操作で発見できます。 創薬における加速化と低コスト化を実現します。 【特長】 ■超高速ケミカルスペースナビゲーション 分単位で10^20構造を探索 ■容易なスキャフォールドホッピング FTreesFSアルゴリズムを用いた構造構築 ■構造類似性の可視化 分かりやすい表示による候補構造の決定 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
NMRスピン-スピン結合定数の計算やPBC計算におけるハイブリッド汎関数への対応などを掲載！
高速量子化学計算ソフトウェア『BIOVIA TURBOMOLE』の新バージョン7.5と グラフィカルユーザーインターフェース（GUI）TmoleX 4.6が リリースされました。 当資料では、新バージョンに搭載された新機能や改善された機能について 紹介します。 ぜひ、ご一読ください。 【掲載内容】 ■バージョンアップのトピックス ■NMRスピン-スピン結合定数の計算 ■PBC計算におけるハイブリッド汎関数への対応 ■Damped response法による吸収スペクトル、および周波数依存分極率計算 ■光学スペクトル情報に基づく色予測ツール ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
PESの自動探索機能の他、AMSの各計算エンジンなどについてご紹介！
『AMS』は、量子化学計算プログラムのADFをはじめとする計算化学統合 パッケージです。 AMSの新バージョン2021では、各計算エンジンに対して構造最適化やMDなどを 統一的に行うためのツール“AMS driver”に新たに反応経路自動探索機能が 追加されました。 当資料では、今回追加されたPESの自動探索機能の他、AMSの各計算エンジン （ADF・BAND・DFTB・ReaxFF・COSMO-RS）、その他ツールの主な新機能に ついて紹介しています。 【掲載内容】 ■AMS driverによる反応経路の自動探索 ■AMSの各計算エンジン・ツールの主な新機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
CORINA Classicの概要とバージョン4.4.0の主な新機能についてご紹介
CORINA Classicは、高精度かつ高速に低分子量から中分子量までの 有機分子の三次元分子構造を生成するソフトウェアです。 高品質な三次元分子構造を生成する標準のソフトウェアとして世界的に 認められています。CORINA Classicは、これまで数多くのバージョンアップを 重ねてきており、2021年9月にバージョン4.4.0をリリースしました。 当資料では、CORINA Classicの概要とバージョン4.4.0の 主な新機能について紹介します。 【掲載内容】 ■CORINA Classicの特徴 ■複雑な構造の三次元化 ■バージョン4.4.0の主な新機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
各ソフトウェアのアップデートと、Drugathon2022の開催報告をご紹介！
独BioSolveIT社はSBDD統合ツールSeeSARとケミカルスペース高速探索ツール infiniSeeを提供しています。SeeSAR 12.1では、FastGrow機能が搭載され、 フラグメントデータベースの拡充がなされました。 また、これらのソフトウェアを活用して特定の標的タンパク質に対する新規 リガンド設計を競うBioSolveIT Drugathon 2022がオンライン開催されました。 当資料では、各ソフトウェアのアップデートと、Drugathon2022の 開催報告をいたします。 【掲載内容】 ■SeeSAR 12.1：FastGrow機能の搭載とフラグメントデータベースの拡充 ■infiniSee 4.0.2：Analyzerモード機能追加 ■BioSolveIT Drugathon 2022開催報告 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
自動的にクオリティの高い図を作成！さまざまな画像フォーマットに対応します
『PoseView』は、リガンド-タンパク質間の相互作用の 2 次元図を作成するためのツールです。 相互作用しているアミノ酸の種類や原子、相互作用の種類（水素結合、 疎水性相互作用、π-π相互作用）を分かりやすく 2 次元で表示することができます。 操作はタンパク質構造とリガンド構造を入力するだけで、得られた図は 各種画像フォーマットで出力することが可能 。作成された図は、多くの 論文で活用され、Protein Data Bankの公式の相互作用図としても採用 されております。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
簡単かつ柔軟なワークフロー作成！KNIMEで動作するMOEインターフェイス
『MOE-Extensions for KNIME』は、MOEをワークフローツール 「KNIME」上で使用するためのインターフェイスです。 当製品を利用することで、化合物や受容体構造の前処理、 ドッキング、FBDD、ファーマコフォア検索などのMOEによる 連続的な処理を容易に定義できます。 【特長】 ■誰でも分かりやすい形で計算プロトコルを定義 ■プログラミング不要で作業を自動化 ■処理の追加、削除、順番の入れ替えが容易 ■創薬研究のための多数のノードを提供 ■KNIMEの他ノードとの連携が容易（機械学習等） ■ユーザーオリジナルノードの作成が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
セミナーで紹介された3つの応用事例やSciMAPS 4.2リリース情報を掲載！
「SciMAPS」は、、外部プログラムとの連携を前提とした、拡張性の高い 設計思想を持つ材料設計支援プラットフォームです。 使いやすいモデル構築機能、データ解析機能が標準装備され、大学や研究機関で 開発された世界的に定評のある先進の計算プログラムを統一された操作で利用できます。 最新版リリースに先立ち、開発元の研究者を招聘して6月末に開催された MOLSIS特別セミナーの報告とSciMAPS最新版の4.2の概要についてご紹介します。 【掲載内容】 ■MOLSIS特別セミナー ■SciMAPS 4.2リリース情報 ・粗視化モデルのサポート強化 ・LAMMPSの物性計算と解析機能の追加 ・Crosslinkerの改良 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
細胞集団の不均一性の解析や細胞系譜を推測する研究などに使用！解析事例についてご紹介
「GENEVESTIGATOR」は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを搭載しているため、 研究者が標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を行う際に、注目する 遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に 行うことができます。 当資料では、2020年の10月に追加された、Single Cell RNA-seqキュレーション データを使用した解析事例について紹介しています。 【掲載内容】 ■はじめに ■特定の遺伝子が発現する細胞種の解析 ■COVID-19 患者と健常者の発現遺伝子比較 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
電解液などのイオンを含む系に対応することが可能！COSMO-RS-ES法をご紹介します
熱力学物性推算ソフトウェアBIOVIA COSMOthermの新バージョン2021に 搭載されたCOSMO-RS-ES（ES：Electrolyte System）法を紹介します。 COSMO-RS-ES法は、COSMO-RS法とPizter-Debye-Huckel モデルを 組み合わせた方法で、COSMO-RS法では考慮が難しい電解液などの イオンを含む系に対応することが可能になります。 “COSMO-RS-ES法の推算事例”などを掲載しておりますので、 ぜひご一読ください。 【掲載内容】 ■COSMO-RS-ES法 ■COSMO-RS-ES 法の推算事例： 酢酸カリウムを添加した酢酸メチル―メタノールの定圧気液平衡 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
大量の実験結果を統合して解析可能！Cell Types toolの使用例やデータをご紹介
『GENEVESTIGATOR』は遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイやシーケンサーの膨大な遺伝子 発現データをキュレートすることで、様々な研究者により登録された大量の 実験結果を統合して解析可能にします。 また、当製品は使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを搭載している ため、探索や発現解析などを行う際に、注目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の 優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。 当資料では、新しく追加されたCell Types toolの使用例や追加収載された データを紹介します。 【掲載内容】 ■Cell Types tool ■遺伝子発現データの追加収載 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に！
当資料では、新しく追加されたTCGAの遺伝子発現データについて 掲載しています。 「GENEVESTIGATOR」は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な 遺伝子発現データをキュレートすることで、さまざまな研究者により登録された 大量の実験結果を統合して解析可能にします。 また、使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを搭載し、研究者が 標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を行う際に、注目する遺伝子の同定や 発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。 【掲載内容】 ■TCGAについて ■GENEVESTIGATORに収載されたTCGAデータ ■RNA-seqのデータ解析パイプライン ■ご評価 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
MedeA-MTモジュールは、機械物性を評価することができます
当資料では、『MedeA-MT』による材料の機械的特性評価を紹介しております。 MedeA-MTモジュールは、機械物性を評価することができます。 差分法による弾性定数計算に加え、各種弾性率、Poisson比などの 機械的特性の他、延性・脆性の判定に使えるPugh比など様々な物性値を算出。 「MedeA」に搭載されているハイスループットモジュールと組み合わせることで、 材料の物性値データの大量生成にもお使いいただける便利なツールです。 【掲載概要】 ■第一原理・力場計算による弾性定数計算 ■実験値との比較 ■Pugh 比による脆性/ 延性の判定 ■まとめ ■参考文献 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
データ解析の専門家からデータ解析に不慣れなウェットの研究者まで幅広くご利用可能！
『Partek Flow』は、次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 次世代シーケンサーから出力されたリード配列を読み込んで、RNA-Seqや DNA-Seq、ChIP-Seq、Single Cell RNA-Seq、メタゲノム等のデータを解析することが可能。 また、搭載されているすべての解析ツールをグラフィカルユーザー インターフェース上で選択できるので、コマンドでの操作を必要としません。 当資料では、k-meansクラスタリングによる細胞の分類やマーカー遺伝子の 表示、UMAPによる次元削減、遺伝子リストの作成など、Single Cell RNA-seqデータ解析に有用な機能について紹介します。 【掲載内容】 ■クラスタリング ■次元削減による可視化 ■発現変動遺伝子リスト ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
