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複数の手法によりPROTACを介した三元複合体構造の予測とモデリングを容易に行えます！
『PROTAC Modeling Tools』は、標的タンパク質分解誘導薬の1つである PROTAC（Proteolysis Targeting Chimera）の開発を支援するためのMOEの カスタムアプリケーションです。 複数の手法によりPROTACを介した三元複合体（標的タンパク質-PROTAC-E3 リガーゼ）構造の予測とモデリングを容易に行えます。最近、三元複合体構造を モデリングするための新たな手法が追加されました。 当資料では、PROTAC Modeling Toolsに追加された手法の概要とその適用事例 について紹介します。 【掲載内容】 ■PROTAC Modeling Toolsの概要 ■PROTAC Modeling Toolsの追加手法 ■モデリング手法の精度 ■適用事例 ■アプリケーションの入手方法 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
リガンドの結合サイト予測機能で、結合親和性の評価まで一連の解析が可能に！
『SeeSAR 5.5』は、メディシナルケミストのために設計された、 独BioSolveIT社製リード化合物最適化ツールです。 当製品は、既知のリガンド結合部位内における原子や母核の置換による リガンド修飾や、リガンドの物性とADME特性の計算、受容体との結合親和性の 評価等を組み合わせてシームレスな分子設計を可能にします。 今回のバージョンアップでは、リガンドが結合する可能性のあるサイトの予測 が可能になったほか、リガンド構造とそのプロパティーを総合的に評価する ために、一覧表示が追加され、より迅速な解析が可能になりました。 【特長】 ■メディシナルケミストのために設計 ■シームレスな分子設計が可能 ■リガンドの結合サイト予測機能 ■受容体－リガンドの相互作用解析が可能 ■リガンドのタイル表示とプロパティーのレーダーチャートのサポート ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
創薬支援ツール等の新製品情報をはじめ、技術情報などを多数掲載！
独 BioSolveIT社から、膨大なバーチャル化合物群の中より類似構造を高速に 探索するソフトウェア「infiniSee」がリリースされました。 当資料では、熱力学物性推算ソフトウェアなどの新製品情報をはじめ、 医薬品安全性情報サービスなどの技術情報についてご紹介しています。 【掲載内容（抜粋）】 ■新製品情報 ・COSMOtherm バージョン19リリース ・COSMOplex・COSMOpermリリース ・バーチャルライブラリー高速探索ツール infiniSee ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
操作はタンパク質構造とリガンド構造を入力するだけ！
『PoseView』は、リガンド-タンパク質間の相互作用の2次元図を 作成するためのツールです。 相互作用しているアミノ酸の種類や原子、相互作用の種類 （水素結合、疎水性相互作用、π-π相互作用）を分かりやすく 2次元で表示することができます。 得られた図は各種画像フォーマットで出力することが可能です。 【特長】 ■リガンド-タンパク質間の相互作用の2次元図を作成 ■相互作用しているアミノ酸の種類や原子などを分かりやすく2次元で表示 ■操作はタンパク質構造とリガンド構造を入力するだけ ■作成された図は、Protein Data Bankの公式の相互作用図として採用されている ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
効率良く計算可能！MOE 2022.02の主な新機能や機能強化をご紹介
MOE 2022.02では、高性能なM1チップ搭載Macがサポートされることに加え、 タンパク質モデリング関連のアプリケーションでGPUを使用した計算が できるようになり、これまで以上に効率良く計算できるようになりました。 さらに、Hydrogen Mass Repartitioningによる分子動力学計算、ウェブベースの コンビナトリアルライブラリー生成、MOEsaicでのドッキング計算が新機能として 追加されました。 当資料では、MOE 2022.02の主な新機能や機能強化を紹介します。 【掲載内容(抜粋)】 ■サポートするハードウェアの拡充 ■UIの機能強化 ■糖鎖関連機能の強化 ■HMRによるMD計算 ■対応ファイルフォーマットの拡充 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
置換可能な母核や置換基を高速に検索するBioSolveIT社製、創薬支援ツール
『ReCore』は、母核構造置換、フラグメント付加、複数フラグメントの 結合などのFBDDによる分子構築を簡単な操作で行う事が可能なツールです。 受容体ポケットや既存リガンドの形状、フォーマコフォアやSMARTSによる 官能基位置の拘束を分子構築に反映することができます。 また、分子設計手法として、母核構造置換、フラグメント付加、 複数フラグメントの結合の 3 つのモードを用意しています。 【特長】 ■マウスを用いて結合またはファーマコフォアを指定するだけでFBDDが可能 ■圧倒的な計算速度 ■20 万件のフラグメントデータベースが付属 ■受容体との相互作用を解析 ■受容体ポケットやリガンドの形状、ファーマコフォアを利用した検索が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
乳がん特異的な発現パターンと逆相関を示す化合物の解析
『GENEVESTIGATOR』は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な 遺伝子発現データをキュレートすることで、様々な研究者により登録された 大量の実験結果を統合して解析可能にします。 「乳がん特異的な発現パターンと逆相関を示す化合物」の解析では、 隣接正常組織と比較して乳がん組織で発現が有意に変動している遺伝子を検索。 疾患特異的な発現変動と逆相関を示す医薬品候補化合物を検索することで、 解析対象の疾患に有効性を示す可能性がある化合物を見出すことができます。 【特長】 ■遺伝子発現データをキュレート ■大量の実験結果を統合して解析可能 ■解析対象の疾患に有効性を示す可能性がある化合物を見出すことが可能に ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
新モジュールradlessが追加！吸収・発光スペクトルの算出が可能！
『TURBOMOLE 7.3』は、高速量子化学計算ソフトウェアTURBOMOLEの 新バージョンです。 Resolution of the identity (Rl) 近似の導入により、膨大な計算時間が 必要なクーロン積分を高速化し、Hartree-Fock法、密度汎関数法(DFT)、 Møller-Plesset摂動法およびクラスター展開法の計算時間を大幅に 短縮することを可能にしています。 新バージョンでは、さらにradlessモジュールが追加され、FCを考慮した 吸収・発光スペクトルの算出が可能になりました。 【バージョンアップのトピックス】 ■Franck-Condon因子を計算する新モジュールradless ■RI 法によるGW の高速化とevGW/qsGW のサポート ■時間依存密度汎関数法（TDDFT）による2光子吸収断面積 ■周期境界条件DFT 計算における大規模基底関数のサポート ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
熱活性化遅延蛍光(TADF)材料の計算結果を詳しくご紹介しております
量子化学計算ソフトウェアADFの『遅延蛍光材料の励起状態計算』 について当資料では詳しく解説しております。 有機ELに用いられるメタルフリーな発光材料として近年注目を 集めている、熱活性化遅延蛍光(TADF)材料の計算結果を詳しくご紹介。 「スピン軌道相互作用の行列要素の計算」や「Franck-Condonの重み付き 状態密度の計算」などを掲載しております。 【掲載内容】 ■はじめに ■逆項間交差(RISC)の速度定数の評価 ・スピン軌道相互作用の行列要素の計算 ・Franck-Condonの重み付き状態密度の計算 ■まとめ ■参考文献 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
統合計算化学システム「HLA-Modeler」「HLABAP」の概要と特長および解析例をご紹介
ヒト白血球型抗原（HLA）の立体構造は細胞性免疫の分子機構を解明する ために重要な分子です。 当社では、MOE上で動作するHLAに特化したホモロジーモデリングツール 「HLA-Modeler」とHLA 結合抗原性ペプチド予測ツール「HLABAP」を 開発しました。 「HLA-Modeler」は、構造未知のHLA の立体構造を既知のHLAの構造を参照し 予測。「HLABAP」はHLA に結合する任意のペプチドの結合強度を予測し、 親和性の高いペプチド配列を提案します。 当資料では、これらのツールの概要と特長および解析例について説明します。 【掲載内容】 ■HLA-Modeler の概要 ■HLA-Modeler の特長 ■HLABAP の概要 ■HLABAP の特長 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
データのキュレーションや製品概要、「Dimension Reduction Tool」についてご紹介！
『GENEVESTIGATOR』は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの 膨大な遺伝子発現データをキュレートすることで、様々な研究者により 登録された大量の実験結果を統合して解析が可能。 また、当ツールは使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを 搭載しているため、研究者が標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を 行う際に、注目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを 簡単かつ正確に行うことができます。 当資料ではデータのキュレーションや製品概要、また新しく追加された 「DimensionReduction Tool」について紹介します。 【掲載内容】 ■遺伝子発現データのキュレーション ■GENEVESTIGATOR の製品概要 ■Dimension Reduction Tool ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
MDシミュレーションのインターフェースが一新！メニューバーもさまざまな言語に変更可能！
当資料では、統合計算化学システム『MOE 2020.09』の主な新機能や機能強化を ご紹介しています。 日本語をはじめとする多言語がサポートされるようになり、大規模計算のための フレームワークなどが新機能として追加。 また、ドッキング、タンパク質の物性推算、抗体モデリング、MOEsaicの機能も 強化され、プロジェクトデータベースも更新されました。 【掲載内容】 ■日本語などの多言語のサポート ■ONIOM法によるQM/MM計算 ■MDシミュレーションインターフェースの 機能拡張と再生プレイヤーの追加 ■HPCフレームワークの強化 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアの追加機能と活用例についてご紹介！
『Partek Flow（以下、Flow）』は次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェア です。次世代シーケンサー（NGS）から出力されたリード配列データを 読み込んで、Single Cell RNA-Seqや空間的遺伝子発現等のデータを解析 することが可能です。 Flowでは、Single Cell RNA-Seqデータの解析を行うCell Rangerと、 空間的遺伝子発現データの解析を行うSpace Rangerのパイプラインが追加 されました。パイプラインを使用することでリード配列データのアライメント からカウントマトリックスの出力までがより簡単に実行できるようになります。 当資料では、Cell RangerやSpace Rangerの機能と活用例を紹介します。 【掲載内容】 ■Cell Ranger ■Space Ranger ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
巨大ケミカルスペースからのフィンガープリントによる高速類似構造検索を実装！
当資料では、ケミカルスペースナビゲーションソフトウェアの 新バージョン「infiniSee 5 Artemis」について解説しています。 10^14分子を超える組み合わせに相当する巨大な ケミカルスペースの中から類似構造を高速検索する、従来のFeature Treeによる検索モード「Scaffold Hopperモード」の他、フィンガープリントによる検索モード「Analog Hunterモード」が追加。 また、ヒット分子の物性計算、フィルタリングのための 「Analyzerモード」の追加等、infiniSee 5の新機能について紹介。 【掲載内容（一部）】 ■infiniSee 概要 ■Scaffold Hopperモード ■Analog Hunterモード ■Analyzerモード ■検索対象のケミカルスペースの拡充 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
110億化合物の中からリガンド候補を超高速検索できるツールをご紹介
『REAL Space Navigator』は、Enamine社における110億構造におよぶ バーチャル化合物群の中からクエリー化合物に類似の構造を 高速に探索するツールです。 ヒットした構造は同社により実際に合成できる可能性が高く、ユーザーは スキャフォールドホッピングされた新規化合物をオンデマンドに入手可能。 当製品による検索は、BioSolveIT社のFTrees-FSの類似構造構築手法に 基づいて行われます。 【特長】 ■110億通りのバーチャル化合物の中から、まだ発見されていない 新規リガンド候補を超高速に探索 ■クエリー化合物が持つ化学的な特長とその2次元的な位置が類似する 構造を簡単かつ効率的に得ることができる ■ヒット構造をEnamine社に合成依頼が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
