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ソフト(pdf) - メーカー・企業と製品の一覧

ソフトの製品一覧

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【セミナー情報】MOEフォーラム2017開催報告

【セミナー情報】MOEフォーラム2017開催報告

MOEの最新技術の紹介と5名の先生方にMOEを活用した創薬研究に関して講演

『MOEフォーラム2017』では、開発元からMOEの最新技術の講演、5名の先生方にMOEを活用した創薬研究に関して講演いただきました。 【開発元講演】 ■Prediction of Protein-Protein Binding Sites and Epitope Mapping ■Optimizing Protein Properties in the Cloud with MOE 【招待講演】 ■「創薬等研究推進に向けたタンパク質の大規模情報解析」 ■「Structure-based drug designの手法を活用した創薬シード創成」 ■「創薬研究におけるSupervised Molecular Dynamicsの有用性検証」 ■「タンパク質間相互作用を誘導する有機小分子とその相互作用の 　解析法の開発」 ■「Integratedi n silico Strategy for Drug Discovery」 当日の資料をご希望の方はご連絡ください。 ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。

  • ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
  • その他組込み系（ソフト＆ハード）

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配座発生ソフトウェア『CORINA Classic 4.2.0』

配座発生ソフトウェア『CORINA Classic 4.2.0』

環構造生成アルゴリズムの改良により計算速度と変換率を向上させました！

『CORINA Classic 4.2.0』は、低分子量から中分子量までの有機化合物の 三次元分子構造を生成するソフトウェアの新バージョンです。 経験的手法を用いることで高速かつ高精度な三次元化を実現します。 新バージョンでは、アトロプ異性体発生機能の追加や大環状化合物の取り扱いの 見直し、計算速度と変換率の向上、読み込みデータ区切り文字の指定を はじめとするファイルI/Oに関するオプション追加などの改良が行われています。 【特長】 ■アトロプ異性体発生機能の追加 ■大環状化合物の取り扱いの見直し ■計算速度と変換率の向上 ■ファイルI/Oに関するオプション追加 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

  • その他計測・記録・測定器
  • 文書・データ管理

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【技術情報】膨大なケミカルスペースに対する超高速類似構造探索

【技術情報】膨大なケミカルスペースに対する超高速類似構造探索

創薬の高速化と低コスト化を実現する上で強力なツール！原理と適用事例についてご紹介

薬物様化合物のケミカルスペースは10^60構造存在するとも言われ、 従来のプログラムでは有効な時間内で検索することは不可能です。 BioSolveIT社『infiniSee』は、数百億を超える実際に合成可能かつ 購入可能な化合物ライブラリーから、ターゲット分子と化学的特長類似 化合物を高速に検索することができます。 当資料では、薬剤耐性菌が生産する「CTX-M β-lactamase」に対する 合成可能なリガンド類似化合物の検索を例に、『infiniSee』の原理と 適用事例についてご紹介しています。 【掲載内容】 ■CTX-M β-lactamase 複合体の三次元構造 ■母核置換 ■infiniSee による合成可能な化合物ライブラリーの類似構造検索 ■SeeSAR によるドッキングとHYDE スコアリング ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

  • 開発支援ツール（ICE・エミュレータ・デバッガ等）
  • その他

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BIOVIA COSMOlogic製品 2023年版リリース

BIOVIA COSMOlogic製品 2023年版リリース

新しいプロパティの計算が可能になると共に計算速度が向上！新機能などをご紹介

2022年12月に『BIOVIA COSMOlogic』製品の2023年版の各製品がリリースされました。 製品としては、BIOVIA COSMOtherm、BIOVIA COSMOconf、BIOVIA COSMObase、BIOVIA COSMOplex&perm、ならびにBIOVIA TURBOMOLEの5製品です。 当資料では、2023年版の新機能や改善された機能についてご紹介。 新しいプロパティの計算が可能になると共に計算速度が向上しています。 【掲載内容（抜粋）】 ■2023年版のトピックス ■グラフィカルユーザーインターフェイスCOSMOthermXが拡散係数・熱伝導度などの輸送物性の推算に対応 ■3成分LLE相図描画機能の再搭載 ■ミセル・分子膜モデル内の分子配向の3次元表示 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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対話型 SBDD ツール『SeeSAR』

対話型 SBDD ツール『SeeSAR』

メディシナルケミストのための受容体ポケット中でのリード最適化ツール

『SeeSAR』は、滑らかで美しい 3D モデルにより、リガンド-受容体間の相互作用を理解し、リガンドの物性値やADMEプロパティを評価しながら、対話的に新規リガンドを設計できるソフトウェアです。 リガンド原子毎の結合自由エネルギー寄与を算出し色付け、ねじれ角の妥当性の検証、リガンドの物性値、ADMEプロパティ、ポケット中の原子の存在しない空間等を分子をマニュアルで編集しながらリアルタイムにモニタリングできます。 ドッキングシミュレーションによるリガンドの配置、フラグメント交換や付加によるリガンド候補の出力を組み合わせて、研究者にあらたなリガンド候補を提案をします。 【特長】 ■高速な結合自由エネルギー推算 ■容易な操作と理解しやすいインターフェース ■視覚的かつ即座にリガンド候補の優先順位を決定 ■ΔGや物性値の改善を支援 ■母核置換、フラグメント連結、フラグメント付加 ■ドッキングシミュレーション ■ADME予測機能 ■結晶構造を解析した二面角の妥当性チェック ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【セミナー情報】MedeA ユーザー会・セミナー報告

【セミナー情報】MedeA ユーザー会・セミナー報告

MedeAユーザー会がフランスで開催されました！日本ではJFCCにて開催

「MedeA」は、原子・分子スケールのシミュレーション技術を基に 各種の物性評価を行うための統合支援環境です。 開発元であるMaterials Design社では、ユーザー会を例年開催しており 昨年は9月にフランスで開催しました。 また、日本では11月にJFCC（ファインセラミックスセンター）にて セミナーを開催し、新開発動向や適用事例を紹介しました。 【概要】 ■MedeA ユーザー会 ・世界中から50名程のユーザーが参加 ・「ハンズオントレーニングセッション」では、モデリングや解析方法を演習 ・「サイエンティフィックプログラム」と称し、ユーザーからの研究報告や 　開発元からの新動向が発表 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【技術資料】粗視化分子動力学計算

【技術資料】粗視化分子動力学計算

全原子モデルのみでは難しい構造の構築が可能！幅広い研究にお役立ていただけます！

粗視化分子動力学計算では分子の部分構造を1つの粒子にして シミュレーションを行います。 水素分子などの軽元素の振動を考慮する必要がないため通常の 全原子MD計算の10倍程度の大きなモデルを取り扱えるとともに、 計算する相互作用の数も大幅に削減され、全原子MD計算では 到達困難な100ns以上のシミュレーションも比較的容易に行えます。 そのため、構造の平衡化までに時間を要する高分子や両親媒性分子などの ソフトマターのシミュレーションに利用される計算手法です。 当資料では、事例を通して『SciMAPS』の持つ粗視化分子動力学計算機能に ついて紹介します。 【掲載内容（一部）】 ■SciMAPS のメソスケール関連の機能 ■粗視化モデル計算の事例 ■粗視化モデルの全原子モデルへの変換 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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量子化学計算ソフトウェア『ADF2017』

量子化学計算ソフトウェア『ADF2017』

TDDFT法による第二超分極率の計算が可能や二光子吸収の計算が可能に！

『ADF2017』は、30年以上の歴史を誇る密度汎関数法 (DFT) を用いた 量子化学計算ソフトウェア「ADF」の、2017年リリースバージョンです。 分子系では、通常の密度汎関数法（DFT）では記述の難しいd→dや、f→d遷移 の計算を可能にするLigand Field DFT法の搭載や、TDDFT法による第二超分 極率の計算、特に二光子吸収の計算ができるようになりました。 また、周期系では非平衡グリーン関数（NEGF）法を搭載により、二つの電極に はさまれた単一分子のバリスティック伝導の計算に対応しました。 【特長】 ■密度汎関数法 (DFT) を用いた量子化学計算ソフトウェア ■Ligand Field DFT法／非平衡グリーン関数（NEGF）法を搭載 ■TDDFT法による第二超分極率の計算が可能 ■二光子吸収の計算が可能 ■二つの電極にはさまれた単一分子のバリスティック伝導の計算に対応 ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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反応分子動力学計算ソフトウェア『ReaxFF 2018』

反応分子動力学計算ソフトウェア『ReaxFF 2018』

応力計算可能！燃焼反応やポリマーの架橋反応のMDを加速させるための手法が搭載

『ReaxFF 2018』は、CVHD（Collective Variable-driven Hyperdynamics） やbond-boostといった燃焼反応やポリマーの架橋反応のMDを加速させるための 手法が搭載されたことに加えて、CMA-ES（Covariance Matrix Adaptation Evolution Strategy）法を用いた反応力場パラメーターの最適化に 対応しています。 また、非平衡MDによる熱伝導率の計算や、圧力・弾性テンソルと関連の プロパティ計算ができるようになりました。 【特長】 ■燃焼反応やポリマーの架橋反応のMDを加速させるための手法を搭載 ■CMA-ES法を用いた反応力場パラメーターの最適化に対応 ■応力計算が可能 ■ヤング率などの機械特性の計算が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

  • その他電子計測器
  • その他計測・記録・測定器

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【セミナー情報】材料設計支援統合システム『MedeA』

【セミナー情報】材料設計支援統合システム『MedeA』

幅広い機能や最新の適用例を知るうえで有効なウェビナーについてご紹介

『MedeA』は、原子・分子スケールのシミュレーション技術を基に各種の 物性評価を行うための統合支援環境です。 開発元であるMaterials Design社では、当製品を紹介するためのウェビナーを 開催しており、幅広い機能や最新の適用例を知るうえで有効な機会です。 過去のウェビナーは、ウェビナーオンデマンドにて動画配信されています。 下記のリンク先からご覧いただけます。 ウェビナーオンデマンド：http://www.materialsdesign.com/webinars 【過去に開催されたウェビナー】 ■UNCLEの基本理論とその適用例 ■空間・時間スケールの大きな現象を取り扱う技術として、古典力場計算 ■化学や触媒分野に焦点を当て、古典力場計算の技術 ■Liイオン電池電極材の相安定性や構造劣化現象の解析に焦点を当てた事例 ■第一原理計算プログラムVASPなどを利用して、解析、物性評価した例 ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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NGSデータ解析ソフトウェア『Partek Flow』

NGSデータ解析ソフトウェア『Partek Flow』

次世代シーケンサーのデータ解析をコマンド入力なしで実行！RNA-seqをはじめ様々なアプリケーションのデータ解析に対応！

『Partek Flow』は、様々なアプリケーションに対応した次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 【対応アプリケーション】 ■遺伝子発現解析（RNA-seq, Single Cell RNA-seq） ■miRNA発現解析（miRNA-seq） ■ゲノムリシーケンス解析（DNA-seq） ■転写因子結合部位解析（ChIP-seq） ■メチル化部位解析（MeDIP-seq） ■メタゲノム解析 【対応機器】 ■イルミナ（HiSeq, NextSeq, MiSeq, MiniSeq） ■サーモフィッシャー（Ion S5, Ion Proton, Ion PGM） 『Partek Flow』は、ウェブブラウザーから操作するのでコマンド入力したりパラメーターを手入力する必要はありません。インストールしたサーバーに接続可能なネットワーク上のあらゆるマシンから利用できます。読み込んだデータの種類に対応した解析メニューを表示しますので、データ解析に慣れていないウェットの研究者でも簡単に操作できます。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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熱力学物性推算ソフトウェア『COSMOtherm』

熱力学物性推算ソフトウェア『COSMOtherm』

Ver. C30では推算精度と計算速度が向上！純物質の引火点予測などが可能に

『COSMOtherm』は、物性推算法COSMO-RS法を用いた熱力学物性推算ソフト ウェアです。任意の化合物や混合溶液の蒸気圧・分配係数など様々な平衡 物性を推算可能です。 使用するCOSMO-RS法は量子化学計算で得られる分子の表面電荷情報と 分子統計力学に基づき、溶液中の分子の化学ポテンシャルを算出し、得られた 化学ポテンシャルを用いて、様々な平衡熱力学物性を算出します。 オプションとして、種々の溶媒分子を含む4000種類以上の有機化合物の 電荷分布データを収めたデータベースCOSMObaseも用意されていますので、 量子化学計算の手間を省くことも可能です。 【特長（Ver. C30 Release 17.01）】 ■純物質および混合物の引火点予測 ■臨界定数予測、ならびに状態方程式（EOS）との連携機能 ■液液平衡（LLE）予測における熱的ゆらぎに対する理論的補正 ■既存機能の改善や改良が図られ、推算精度と計算速度が向上 ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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量子化学計算ソフトウェア『Gaussian 16』

量子化学計算ソフトウェア『Gaussian 16』

スペクトル計算における新機能や、計算速度向上を図る機能を追加！

「Gaussian」は、世界的に広く利用され、分子設計・構造解析・化学反応解析 などで、多大な成果をもたらしている量子化学計算ソフトウェアです。 メジャーバージョンアップ版『Gaussian16』では、励起状態の取り扱いや スペクトル計算における新機能や、計算速度向上を図る機能が追加されました。 時間依存密度汎関数法（TD-DFT）を用いた解析的振動計算により、IR・Raman スペクトル、遷移状態構造の最適化とIRC 計算が可能になったほか、 Hartree-FockおよびDFT計算におけるGPU計算へ対応しています。 【新機能】 ■時間依存密度汎関数法（TD-DFT)を用いた解析的振動計算 ■振動スペクトルの非調和項の考慮 ■分子振動準位を考慮した電子円偏光スペクトル、共鳴ラマンスペクトルの計算 ■EOM-CC法による構造最適化 ■新しいDFT汎関数（M08HX, MN15, MN15L） ■新しい半経験的手法（PM7） ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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創薬モダリティの多様性に対応したソフトウェア《動画＆資料 提供》

創薬モダリティの多様性に対応したソフトウェア《動画＆資料 提供》

創薬モダリティに興味のある方必見！ 3つのライフサイエンスソフトウェアを紹介！

《情報計算化学生物学会 2020 年大会で開催したモルシス企業セミナーの動画のリンクと資料をご提供します。》 創薬モダリティの多様化に伴い、創薬研究支援ソフトウェアにはモダリティに対応した機能が求められています。弊社取り扱い製品の中から「統合計算化学システム MOE」、「研究情報管理統合プラットフォーム Scilligence」、「医薬品安全性情報ポータル OFF-X」の３製品について創薬モダリティ関連の機能を紹介します。 ・MOE 低分子、ペプチド、タンパク質、抗体、核酸のデザインとシミュレーションに対応した統合計算化学プラットフォーム ・Scilligence 多様な創薬モダリティの研究データに対応した研究情報管理統合プラットフォーム ・OFF-X 規制機関、学術論文、学術会議、企業等の情報源から収集された前臨床試験の毒性情報と臨床試験および市販後の安全性情報を統合し、解析機能と組み合わせて情報提供する医薬品の安全性情報ポータル ※詳しくはPDFダウンロード、またはお問い合わせください。

  • タンパク質構造表示ソフトウェア
  • 計算化学
  • ファイル管理

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分子高速アラインメントツール『FlexS』

分子高速アラインメントツール『FlexS』

リガンドの結合様式の解析やバーチャルスクリーニングを行うBioSolveIT社製ツール

『FlexS』は、リガンド構造から予測されるファーマコフォアフィーチャーの 投影点をベースとして構造アラインメントを行い、妥当な重ね合わせ構造を 高速に求めるツールです。 また、高速なスクリーンモードを利用することで受容体構造を用いずに 化合物の3次元構造のみを使用したバーチャルスクリーニングに適用できます。 配置は、ファーマコフォアの投影点の一致（水素結合、イオン結合、疎水性相互作用）と vdW体積のオーバーラップに基づいてスコア化して評価します。 【特長】 ■リガンド分子対重ね合わせを平均2分/1アラインメント、早いものは数秒で行う ■分子のフレキシビリティの評価は環状構造の有無と合わせ、ねじれ角の評価を行う ■参照リガンドは剛体として評価 ■オプションモジュール：FlexS-C ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

  • ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
  • その他

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