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次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアの追加機能と活用例についてご紹介！
『Partek Flow（以下、Flow）』は次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェア です。次世代シーケンサー（NGS）から出力されたリード配列データを 読み込んで、Single Cell RNA-Seqや空間的遺伝子発現等のデータを解析 することが可能です。 Flowでは、Single Cell RNA-Seqデータの解析を行うCell Rangerと、 空間的遺伝子発現データの解析を行うSpace Rangerのパイプラインが追加 されました。パイプラインを使用することでリード配列データのアライメント からカウントマトリックスの出力までがより簡単に実行できるようになります。 当資料では、Cell RangerやSpace Rangerの機能と活用例を紹介します。 【掲載内容】 ■Cell Ranger ■Space Ranger ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
創薬研究を支援！PSILO 2022.02で追加される新機能をご紹介
『PSILO』は、生体高分子やタンパク質-リガンド複合体構造情報の データベースシステムです。 公共データやインハウスデータを統合的に管理し、独自の検索機能や 解析機能により創薬研究を支援します。 PSILO 2022.02では、データベースの連携機能が新たに追加されました。 さらに、構造バリデーション機能やタンパク質ファミリーの管理機能が 強化され、より便利に使いやすくなりました。 当資料では、PSILO 2022.02で追加される新機能を紹介します。 【掲載内容】 ■データベースの連携 ■AlphaFold ■構造バリデーション機能の強化 ■ファミリーの管理機能の強化 ■MOEとの連携 ■その他の新機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
性質の異なる物質を同時に取り扱える！到達困難な大規模・長時間シミュレーション
『MedeA』は、第一原理計算や力場計算を基に材料のさまざまな物性を 算出することができる分子シミュレーションの統合環境です。 機械学習力場パラメーターを作成・使用できるツール、MLP/MLPGが 搭載されているので、第一原理計算に近い精度で大規模・長時間の シミュレーションが可能です。 当資料では、機械学習ポテンシャルの作成・使用環境を実装した MedeA MLP/MLPG について、その概要を紹介しておりますので、 是非ご覧ください。 【掲載内容】 ■機械学習ポテンシャル ■MLPGによるパラメーターフィッティング ■MedeA MLP/MLPG ■適用事例 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
新しいプロパティの計算が可能になると共に計算速度が向上！新機能などをご紹介
2022年12月に『BIOVIA COSMOlogic』製品の2023年版の各製品がリリースされました。 製品としては、BIOVIA COSMOtherm、BIOVIA COSMOconf、BIOVIA COSMObase、BIOVIA COSMOplex&perm、ならびにBIOVIA TURBOMOLEの5製品です。 当資料では、2023年版の新機能や改善された機能についてご紹介。 新しいプロパティの計算が可能になると共に計算速度が向上しています。 【掲載内容（抜粋）】 ■2023年版のトピックス ■グラフィカルユーザーインターフェイスCOSMOthermXが拡散係数・熱伝導度などの輸送物性の推算に対応 ■3成分LLE相図描画機能の再搭載 ■ミセル・分子膜モデル内の分子配向の3次元表示 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
巨大ケミカルスペースからのフィンガープリントによる高速類似構造検索を実装！
当資料では、ケミカルスペースナビゲーションソフトウェアの 新バージョン「infiniSee 5 Artemis」について解説しています。 10^14分子を超える組み合わせに相当する巨大な ケミカルスペースの中から類似構造を高速検索する、従来のFeature Treeによる検索モード「Scaffold Hopperモード」の他、フィンガープリントによる検索モード「Analog Hunterモード」が追加。 また、ヒット分子の物性計算、フィルタリングのための 「Analyzerモード」の追加等、infiniSee 5の新機能について紹介。 【掲載内容（一部）】 ■infiniSee 概要 ■Scaffold Hopperモード ■Analog Hunterモード ■Analyzerモード ■検索対象のケミカルスペースの拡充 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
6種類のプログラムを搭載！解析の目的やサンプルの状態に応じてプログラムを選択
当資料では、シーケンサーデータ解析ソフトウェアPartek Flowを 用いたDNA-Seqデータ解析について紹介しています。 DNA-Seqについての概要から始まり、変異や融合遺伝子の検出の プログラムについてご説明。 遺伝子のデータ解析ソフトウェアの選定の際にぜひご活用ください。 【掲載内容】 ■DNA-Seqとは ■変異の検出 ■融合遺伝子の検出 ■コピー数変異の検出 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
解析アプリケーションに合ったデータの取込みをナビゲートすることでデータ解析をサポート！
当資料では、「Partek Flow」の新バージョンでの主な新機能や 変更点についてご紹介しております。 「Flow」は、ウェブブラウザーを介して利用するNGSデータ解析 ソフトウェア。新バージョンではインターフェイスが改良され、 空間トランスクリプトーム解析機能が強化。 各項目ごとに詳しく解説しておりますので、是非、ご一読ください。 【掲載内容】 ■Partek Flowの製品概要 ■インターフェイス ■空間トランスクリプトーム解析 ■ご評価 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
軽量化、高安全性、高耐久性などを実現する電解質材料の開発が重要となっています！
当資料では、DFFとSciMAPSによる二次電池用電解質の検討について ご紹介しております。 「SciMAPSによる物性推算」をはじめに「DFFの力場」、「計算手順」など 図とともに詳しく掲載。 計算結果についても記載されておりますので、ぜひ、ご一読ください。 【掲載内容】 ■SciMAPSによる物性推算 ■DFFの力場 ■計算対象 ■計算手順 ■計算結果 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
in silico創薬におけるソフトウェア活用の具体例としてCCG社の統合計算化学システム「MOE」の特長と事例を紹介
株式会社技術情報協会から2018年1月31日に「in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術」が発刊されました。 本書には、コンピュータの処理能力の速さを活かしつつ、計算コスト増大の課題をいかに克服するか？という課題についてin silico創薬を成功に導く計算科学やスパコン、データベース構築の重要技術が満載されています。詳細な執筆者や目次については出版社のウェブサイトをご参照下さい。 第4章「in silico創薬におけるソフトウェア活用の具体例」の第2節で「MOE」を用いた創薬研究の効率化について紹介されています。本節はMOEの特長とMOEを利用した創薬研究の効率化の事例について詳しく説明しています。特にMOEが持つ多彩な機能の中から特にバーチャル・スクリーニングに焦点を絞り、解析事例も交えながら、MOEの機能を紹介しています。 本節の詳しい内容にご興味がある方に抜刷を進呈致します。お問い合わせボタンから「抜刷送付希望」とご記載いただきお問い合わせ下さい！ 「PDFダウンロード」からはMOEのカタログをダウンロードできます。
Partek社製ソフトウェアを組み合わせてRNA-seqのデータ解析をアライメントからパスウェイを使った生物学的解釈まで実行
Partek社はNGSデータ解析ソフトウェアPartek Flow、NGS／マイクロアレイデータ解析ソフトウェアPartek Genomics Suite、パスウェイ解析ソフトウェアPartek Pathwayをリリースしています。これらのソフトウェアを組み合わせてRNA-seqのデータ解析をアラインメントからパスウェイを使った生物学的解釈まですべてサポートします。 Partek FlowはFASTQファイルを読み込んで、アラインメント前後のQA/QC、参照ゲノム配列へのアラインメント、発現量の定量および正規化、遺伝子発現解析、選択的スプライシング解析、主成分分析や階層型クラスタリング、GOやパスウェイを使った生物学的解釈、ゲノムビューアーによる可視化などRNA-seqのデータ解析全般をサポートします。 Partek Genomics SuiteはBAMファイルを読み込んで、遺伝子発現解析、選択的スプライシング解析に加えてアリル特異的発現解析、コーディング領域のSNV解析をサポートします。 Partek PathwayはKEGGパスウェイ情報を使ったパスウェイ解析をサポートします。
計算化学者から実験研究者の方まで幅広くご利用いただいているシステムの新バージョン！
当資料では、統合計算化学システム「MOE」の新バージョンについて ご紹介しております。 Amber：EHT力場のアップデートやCapture機能の追加、データベース機能の 強化、リガンドの二面角を評価する機能の追加などについて詳しく解説。 その他、配座解析、量子化学計算インターフェース、MOEsaic、 ファーマコフォア検索などの機能が強化されました。 【掲載内容(一部)】 ■Amber：EHT力場のアップデート ■Capture機能の追加 ■データベース機能の強化 ■リガンドの二面角を評価する機能の追加 ■配座解析の機能強化 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。
SVLプログラムの追加やカスタマイズによってMOEの機能をさらに強化できる！
当資料では、統合計算化学システム「MOE」の「GENESIS Interfaceと siRNA Builder」について掲載しております。 「siRNA Builder概要」や「MOEによるsiRNAの解析」をご紹介。 SVLにより開発された2つのアドオンプログラムについて解説。 図や表を用いて分かりやすく掲載されております。 是非、ご一読ください。 【掲載内容】 ■GENESIS Interface ■siRNA Builder：人工核酸モデリングツール ■MOEフォーラム2025 開催告知 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。
「ChemTunes·ToxGPS」のモジュールに搭載された21種類のOPERA QSARモデルをご紹介！
当資料では、「ChemTunes·ToxGPS」に新しく搭載された、化合物の環境運命、 およびそれに関連する物理化学的属性の予測モデルについて掲載しています。 有機化学物質の易生分解性や、ヘンリー定数、半減期解離定数など 21種類のモデルをご紹介。 「ChemTunes·ToxGPS」は、医薬品、化粧品、食品、工業用および その周辺化合物を対象としており、化合物の毒性研究・安全性研究全般で 利用することができるプラットフォームです。 【掲載内容(抜粋)】 ■OPERAモデル ■各モデルについて ・魚類生物濃縮係数(LogBCF) ・オクタノール/水分配係数(LogP、およびLogD) ・生分解半減期(LogBioDeg) ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。
タンパク質分解医薬の設計を支援するin silico手法としてMOEのアプリケーションを紹介！
株式会社シーエムシー・リサーチから『タンパク質分解医薬の実用化に向けた基盤技術と評価』が発刊されました。 本書では、TPD（Targeted Protein Degradation）技術の基礎から、タンパク質分解医薬の臨床開発状況までくまなく網羅されており、さらにタンパク質分解医薬の開発に役立つ様々な技術についても紹介されています。詳細な執筆者や目次については出版社のウェブサイトをご参照下さい。 第V編「タンパク質分解医薬品の実用化を後押しする支援技術」の第2章「In silico手法によるタンパク質分解医薬の設計支援」にて、タンパク質分解医薬の設計を支援するin silico手法としてMOEのアプリケーションのProtein Degrader Modeling Toolsの概要と利用事例を紹介しています。 本章の詳しい内容にご興味がある方に抜刷を進呈致します。 「Webからお問い合わせ」より「抜刷送付希望」とご記入の上お問い合わせ下さい。 「カタログのダウンロード」からはMOEのカタログとProtein Degrader Modeling Toolsの技術資料がダウンロードできます。
アライメント済の配列から転写因子が結合するゲノム領域の検出および可視化までさまざまな機能を搭載！
当資料では、NGSデータ解析ソフトウェア『Partek Flow』の バージョンアップで追加された主な新機能や変更点について ご紹介しております。 2024年7月にリリースされたFlow 12.0では、複数の機能が追加および アップデートされました。 特にSingle Cell RNA-Seq解析や空間トランスクリプトーム解析機能が強化され、 CellPhoneDB taskのバージョンアップや高解像度空間トランスクリプトーム 解析プラットフォームであるVisium HDに対応しました。 【掲載内容】 ■Partek Flowの製品概要 ■CellPhoneDBのバージョンアップ ■Visium HDへの対応 ■新規アライメントツールの追加 ■ご評価 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。
