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Material Intelligence プラットフォーム！新バージョン3.3のアップデート項目についてご紹介
MedeAは、第一原理計算や力場計算を基に材料のさまざまな物性を算出する ことができるソフトウェアです。 当資料では、新バージョン3.3のアップデート項目について紹介します。 MedeA 3.3では、第一原理計算プログラムVASPが新版6.2に対応し、 分子動力学計算プログラムLAMMPSはオフィシャルな安定版LAMMPS 29Oct20に 更新されました。 また、これらのプログラムの架け橋として、新モジュール「Machine Learning Potential（MLP）」がリリースされました。 【掲載内容】 ■MedeA環境 ■計算エンジン ■生成エネルギー ■力場 ■GPUの活用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
受容体構造を用いた化合物のドッキングシミュレーション
MOEを用いたStructure-Based Drug Design（SBDD）が可能です。標的タンパク質の適切な前処理、ポケット探索、ドッキングシミュレーション、ドッキングスコアによる評価、リガンド結合状態の解析を通して適切な分子設計とバーチャルスクリーニングを行えます。 以下のような解析が可能です。 ■ドッキングシミュレーション ■受容体構造の確認と前処理（原子欠損の確認と修正） ■水素原子付加状態の決定 ■ポケット探索 ■フラグメント結合位置検索 ■結合部位中での分子設計 ■リガンド-受容体との相互作用解析 ■Potein-Ligand Interaction Fingerprint解析 ■母核置換とのフラグメントベースの分子設計 ■3D-RISM法による溶媒解析 ■タンパク質表面解析 ■SBDDのためのプロジェクトデータ構築
「ChemTunes·ToxGPS」のモジュールに搭載された21種類のOPERA QSARモデルをご紹介！
当資料では、「ChemTunes·ToxGPS」に新しく搭載された、化合物の環境運命、 およびそれに関連する物理化学的属性の予測モデルについて掲載しています。 有機化学物質の易生分解性や、ヘンリー定数、半減期解離定数など 21種類のモデルをご紹介。 「ChemTunes·ToxGPS」は、医薬品、化粧品、食品、工業用および その周辺化合物を対象としており、化合物の毒性研究・安全性研究全般で 利用することができるプラットフォームです。 【掲載内容(抜粋)】 ■OPERAモデル ■各モデルについて ・魚類生物濃縮係数(LogBCF) ・オクタノール/水分配係数(LogP、およびLogD) ・生分解半減期(LogBioDeg) ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。
