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分子膜透過性予測ソフトウェアCOSMOpermリリース！予測精度などをご紹介
当資料では、「COSMOperm」の予測方法と予測精度について掲載しています。 COSMOlogic社新製品として、低分子の分子膜透過性を予測する ソフトウェアがリリースされます。 本製品は、既存の分子膜・ミセル内分子分布シミュレーター「COSMOmic」で 算出される分子膜中の分配係数と新たに考案されたCOSMO－RS法に基づく 拡散係数予測式を用いて膜透過性を予測します。 【掲載内容】 ■COSMOpermの予測方法と予測精度 ■予測精度の検証事例 ・約40種の低分子の膜透過性が検討された ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
自己組織化構造予測/分子膜透過性推算ソフトウェアの概要などを詳しく解説！
新製品「COSMOplex」「COSMOperm」が正式リリースされました。 両製品は、これまで分子膜・ミセル内分子分布シミュレーターとして 提供されていたCOSMOmicを改良・発展させた製品です 当資料では、両製品の概要と応用事例を紹介しています。 【掲載内容】 ■COSMOmicとCOSMOplex ■COSMOperm ■応用事例：ミセル構造予測とミセル内の分布予測 ■応用事例：低分子の上皮透過性予測 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
化合物、混合溶液などの幅広い物性予測を実現。医薬品・製剤プロセス等の各種設計に
『COSMOtherm』は、気液・液液・固液平衡、酸解離定数、反応平衡定数、 イオン液体の各種プロパティ等の「熱力学物性」を予測するソフトウェアです。 COSMO-RS法により、分子の構造情報から直接、熱力学物性を推算し 特殊な仮定を用いず、有限希釈・無限希釈の両方を高精度に予測できます。 ※機能などの詳細はカタログをご覧ください。 ★さらに、適用事例集をプレゼント中です★ （下記「ダウンロード」ボタンからご覧いただけます。） 【事例集の内容】 ■気液平衡推算 （蒸気圧推算、2成分系気液平衡、臨界点近傍の気液平衡推算） ■液液平衡推算 （2成分系・3成分系の液液平衡、3成分3相平衡推算） ■固液平衡推算 （相対溶解度による溶媒スクリーニング、2成分固液平衡推算） ※詳しくは資料をご覧ください。お問い合わせもお気軽にどうぞ。
Ver. C30では推算精度と計算速度が向上！純物質の引火点予測などが可能に
『COSMOtherm』は、物性推算法COSMO-RS法を用いた熱力学物性推算ソフト ウェアです。任意の化合物や混合溶液の蒸気圧・分配係数など様々な平衡 物性を推算可能です。 使用するCOSMO-RS法は量子化学計算で得られる分子の表面電荷情報と 分子統計力学に基づき、溶液中の分子の化学ポテンシャルを算出し、得られた 化学ポテンシャルを用いて、様々な平衡熱力学物性を算出します。 オプションとして、種々の溶媒分子を含む4000種類以上の有機化合物の 電荷分布データを収めたデータベースCOSMObaseも用意されていますので、 量子化学計算の手間を省くことも可能です。 【特長（Ver. C30 Release 17.01）】 ■純物質および混合物の引火点予測 ■臨界定数予測、ならびに状態方程式（EOS）との連携機能 ■液液平衡（LLE）予測における熱的ゆらぎに対する理論的補正 ■既存機能の改善や改良が図られ、推算精度と計算速度が向上 ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
リガンドの結合サイト予測機能で、結合親和性の評価まで一連の解析が可能に！
『SeeSAR 5.5』は、メディシナルケミストのために設計された、 独BioSolveIT社製リード化合物最適化ツールです。 当製品は、既知のリガンド結合部位内における原子や母核の置換による リガンド修飾や、リガンドの物性とADME特性の計算、受容体との結合親和性の 評価等を組み合わせてシームレスな分子設計を可能にします。 今回のバージョンアップでは、リガンドが結合する可能性のあるサイトの予測 が可能になったほか、リガンド構造とそのプロパティーを総合的に評価する ために、一覧表示が追加され、より迅速な解析が可能になりました。 【特長】 ■メディシナルケミストのために設計 ■シームレスな分子設計が可能 ■リガンドの結合サイト予測機能 ■受容体－リガンドの相互作用解析が可能 ■リガンドのタイル表示とプロパティーのレーダーチャートのサポート ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
統合計算化学システム「HLA-Modeler」「HLABAP」の概要と特長および解析例をご紹介
ヒト白血球型抗原（HLA）の立体構造は細胞性免疫の分子機構を解明する ために重要な分子です。 当社では、MOE上で動作するHLAに特化したホモロジーモデリングツール 「HLA-Modeler」とHLA 結合抗原性ペプチド予測ツール「HLABAP」を 開発しました。 「HLA-Modeler」は、構造未知のHLA の立体構造を既知のHLAの構造を参照し 予測。「HLABAP」はHLA に結合する任意のペプチドの結合強度を予測し、 親和性の高いペプチド配列を提案します。 当資料では、これらのツールの概要と特長および解析例について説明します。 【掲載内容】 ■HLA-Modeler の概要 ■HLA-Modeler の特長 ■HLABAP の概要 ■HLABAP の特長 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
ひろがる領域、ひろがる可能性！様々な平衡物性を推算することができるソフトウェア
『COSMOtherm』は、物性推算法COSMO-RS法を用いた熱力学物性推算ソフトウェアです。任意の化合物や混合溶液の蒸気圧・分配係数など様々な平衡物性を推算することができます。 COSMO-RS法は、量子化学計算で得られる分子の表面電荷情報と分子統計力学に基づき、溶液中の分子の化学ポテンシャルを算出します。そして、得られた化学ポテンシャルを用いて、様々な平衡熱力学物性を算出します。 当製品は、様々な化合物の物性予測を可能にし、研究者・技術者の幅広いニーズに応えます。例えば、プラント設計や材料設計から医薬品設計・製剤プロセスにおいて利用可能です。
複数の手法によりPROTACを介した三元複合体構造の予測とモデリングを容易に行えます！
『PROTAC Modeling Tools』は、標的タンパク質分解誘導薬の1つである PROTAC（Proteolysis Targeting Chimera）の開発を支援するためのMOEの カスタムアプリケーションです。 複数の手法によりPROTACを介した三元複合体（標的タンパク質-PROTAC-E3 リガーゼ）構造の予測とモデリングを容易に行えます。最近、三元複合体構造を モデリングするための新たな手法が追加されました。 当資料では、PROTAC Modeling Toolsに追加された手法の概要とその適用事例 について紹介します。 【掲載内容】 ■PROTAC Modeling Toolsの概要 ■PROTAC Modeling Toolsの追加手法 ■モデリング手法の精度 ■適用事例 ■アプリケーションの入手方法 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
熱力学物性推算・高速量子化学計算ソフトウェア！2022年版のトピックスをご紹介
昨年12月にBIOVIA COSMOlogic製品の2022年版がリリースされました。 製品としては、BIOVIACOSMOtherm、BIOVIA COSMOconf、BIOVIA COSMObase、 BIOVIA COSMOplex&perm、ならびにBIOVIA TURBOMOLEの5製品です。 当資料では、2022年版の新機能や改善された機能について紹介します。 ぜひご一読ください。 【掲載内容】 ■2022年版のトピックス ■融点・融解熱予測のRandom Forestモデル ■複数CPUコアを使用したBIOVIACOSMOthermの並列計算 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
三元複合体のモデリング手法の概要とその適用事例についてご紹介します
『PROTAC Modeling Tools』は、標的タンパク質分解誘導薬 PROTACの開発を 支援するためのMOEのカスタムアプリケーションです。 4通りの手法によりPROTACを介した三元複合体構造の予測とモデリングを容易 に行え、タンパク質間の接触を表すスコアにより適切なモデルを選別可能。 当資料では、三元複合体のモデリング手法の概要とその適用事例について ご紹介します。 【掲載概要】 ■PROTAC 概要 ■PROTAC Modeling Tools2）概要 ■三元複合体の各モデリング手法 ■三元複合体モデルのスコアリング ■適用事例 ■アプリケーションの入手方法 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
NMRスピン-スピン結合定数の計算やPBC計算におけるハイブリッド汎関数への対応などを掲載！
高速量子化学計算ソフトウェア『BIOVIA TURBOMOLE』の新バージョン7.5と グラフィカルユーザーインターフェース（GUI）TmoleX 4.6が リリースされました。 当資料では、新バージョンに搭載された新機能や改善された機能について 紹介します。 ぜひ、ご一読ください。 【掲載内容】 ■バージョンアップのトピックス ■NMRスピン-スピン結合定数の計算 ■PBC計算におけるハイブリッド汎関数への対応 ■Damped response法による吸収スペクトル、および周波数依存分極率計算 ■光学スペクトル情報に基づく色予測ツール ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
リガンドの結合様式の解析やバーチャルスクリーニングを行うBioSolveIT社製ツール
『FlexS』は、リガンド構造から予測されるファーマコフォアフィーチャーの 投影点をベースとして構造アラインメントを行い、妥当な重ね合わせ構造を 高速に求めるツールです。 また、高速なスクリーンモードを利用することで受容体構造を用いずに 化合物の3次元構造のみを使用したバーチャルスクリーニングに適用できます。 配置は、ファーマコフォアの投影点の一致（水素結合、イオン結合、疎水性相互作用）と vdW体積のオーバーラップに基づいてスコア化して評価します。 【特長】 ■リガンド分子対重ね合わせを平均2分/1アラインメント、早いものは数秒で行う ■分子のフレキシビリティの評価は環状構造の有無と合わせ、ねじれ角の評価を行う ■参照リガンドは剛体として評価 ■オプションモジュール：FlexS-C ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
メディシナルケミストのための受容体ポケット中でのリード最適化ツール
『SeeSAR』は、滑らかで美しい 3D モデルにより、リガンド-受容体間の相互作用を理解し、リガンドの物性値やADMEプロパティを評価しながら、対話的に新規リガンドを設計できるソフトウェアです。 リガンド原子毎の結合自由エネルギー寄与を算出し色付け、ねじれ角の妥当性の検証、リガンドの物性値、ADMEプロパティ、ポケット中の原子の存在しない空間等を分子をマニュアルで編集しながらリアルタイムにモニタリングできます。 ドッキングシミュレーションによるリガンドの配置、フラグメント交換や付加によるリガンド候補の出力を組み合わせて、研究者にあらたなリガンド候補を提案をします。 【特長】 ■高速な結合自由エネルギー推算 ■容易な操作と理解しやすいインターフェース ■視覚的かつ即座にリガンド候補の優先順位を決定 ■ΔGや物性値の改善を支援 ■母核置換、フラグメント連結、フラグメント付加 ■ドッキングシミュレーション ■ADME予測機能 ■結晶構造を解析した二面角の妥当性チェック ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
励起状態の構造･プロパティを高速に算出！高速な量子化学計算ソフトウェア
『TURBOMOLE』は、非経験的量子化学計算ソフトウェアです。分子の光学スペクトルなどのプロパティ計算や触媒反応の解析などに用いられ、多くの成果をもたらしています。 時間依存密度汎関数法(TD-DFT)を用いて励起エネルギーの算出および励起状態の構造最適化を行うことが可能です。また、円二色性スペクトル(ECD)や励起状態構造の振動計算の機能も搭載されています。 当製品の高速なDFT計算機能により、比較的サイズの大きな分子の励起エネルギーや励起状態構造の最適化も取り扱うことができます。
受容体構造を用いた化合物のドッキングシミュレーション
MOEを用いたStructure-Based Drug Design（SBDD）が可能です。標的タンパク質の適切な前処理、ポケット探索、ドッキングシミュレーション、ドッキングスコアによる評価、リガンド結合状態の解析を通して適切な分子設計とバーチャルスクリーニングを行えます。 以下のような解析が可能です。 ■ドッキングシミュレーション ■受容体構造の確認と前処理（原子欠損の確認と修正） ■水素原子付加状態の決定 ■ポケット探索 ■フラグメント結合位置検索 ■結合部位中での分子設計 ■リガンド-受容体との相互作用解析 ■Potein-Ligand Interaction Fingerprint解析 ■母核置換とのフラグメントベースの分子設計 ■3D-RISM法による溶媒解析 ■タンパク質表面解析 ■SBDDのためのプロジェクトデータ構築
