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遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に！
当資料では、新しく追加されたTCGAの遺伝子発現データについて 掲載しています。 「GENEVESTIGATOR」は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な 遺伝子発現データをキュレートすることで、さまざまな研究者により登録された 大量の実験結果を統合して解析可能にします。 また、使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを搭載し、研究者が 標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を行う際に、注目する遺伝子の同定や 発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。 【掲載内容】 ■TCGAについて ■GENEVESTIGATORに収載されたTCGAデータ ■RNA-seqのデータ解析パイプライン ■ご評価 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
新たに2つの目的に対する力場が追加！5つの系統の陽イオンと12種類の陰イオンに対応！
「Direct Force Field」は、力場作成とAeon社の開発した力場を利用するための ソフトウェアです。 力場を作成するために必要な機能を簡単な手順で利用できるようになっており、 開発された力場を管理するデータベースが搭載されています。 当資料では、2020年12月にリリースされた新バージョン『Direct Force Field 7.2』 についてご紹介しています。 是非、ご一読ください。 【掲載内容】 ■Direct Force Field 概要 ■新機能の紹介 ■参照文献 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
類似の官能基を同じ色で表現することで、研究者によるヒット構造からの適切な選択を支援します
『infiniSee』は、既存の化合物ライブラリーあるいは、10^20個を超える バーチャル化合物群の中より類似構造を高速に探索するソフトウェアです。 新規構造、SAR展開、特許を回避した構造など、目的に応じた候補構造を 簡単な操作で発見できます。 創薬における加速化と低コスト化を実現します。 【特長】 ■超高速ケミカルスペースナビゲーション 分単位で10^20構造を探索 ■容易なスキャフォールドホッピング FTreesFSアルゴリズムを用いた構造構築 ■構造類似性の可視化 分かりやすい表示による候補構造の決定 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
簡単かつ柔軟なワークフロー作成！KNIMEで動作するMOEインターフェイス
『MOE-Extensions for KNIME』は、MOEをワークフローツール 「KNIME」上で使用するためのインターフェイスです。 当製品を利用することで、化合物や受容体構造の前処理、 ドッキング、FBDD、ファーマコフォア検索などのMOEによる 連続的な処理を容易に定義できます。 【特長】 ■誰でも分かりやすい形で計算プロトコルを定義 ■プログラミング不要で作業を自動化 ■処理の追加、削除、順番の入れ替えが容易 ■創薬研究のための多数のノードを提供 ■KNIMEの他ノードとの連携が容易（機械学習等） ■ユーザーオリジナルノードの作成が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
細胞集団の不均一性の解析や細胞系譜を推測する研究などに使用！解析事例についてご紹介
「GENEVESTIGATOR」は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを搭載しているため、 研究者が標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を行う際に、注目する 遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に 行うことができます。 当資料では、2020年の10月に追加された、Single Cell RNA-seqキュレーション データを使用した解析事例について紹介しています。 【掲載内容】 ■はじめに ■特定の遺伝子が発現する細胞種の解析 ■COVID-19 患者と健常者の発現遺伝子比較 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
大量の実験結果を統合して解析可能！Cell Types toolの使用例やデータをご紹介
『GENEVESTIGATOR』は遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイやシーケンサーの膨大な遺伝子 発現データをキュレートすることで、様々な研究者により登録された大量の 実験結果を統合して解析可能にします。 また、当製品は使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを搭載している ため、探索や発現解析などを行う際に、注目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の 優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。 当資料では、新しく追加されたCell Types toolの使用例や追加収載された データを紹介します。 【掲載内容】 ■Cell Types tool ■遺伝子発現データの追加収載 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
置換可能な母核や置換基を高速に検索するBioSolveIT社製、創薬支援ツール
『ReCore』は、母核構造置換、フラグメント付加、複数フラグメントの 結合などのFBDDによる分子構築を簡単な操作で行う事が可能なツールです。 受容体ポケットや既存リガンドの形状、フォーマコフォアやSMARTSによる 官能基位置の拘束を分子構築に反映することができます。 また、分子設計手法として、母核構造置換、フラグメント付加、 複数フラグメントの結合の 3 つのモードを用意しています。 【特長】 ■マウスを用いて結合またはファーマコフォアを指定するだけでFBDDが可能 ■圧倒的な計算速度 ■20 万件のフラグメントデータベースが付属 ■受容体との相互作用を解析 ■受容体ポケットやリガンドの形状、ファーマコフォアを利用した検索が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
データのキュレーションや製品概要、「Dimension Reduction Tool」についてご紹介！
『GENEVESTIGATOR』は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの 膨大な遺伝子発現データをキュレートすることで、様々な研究者により 登録された大量の実験結果を統合して解析が可能。 また、当ツールは使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを 搭載しているため、研究者が標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を 行う際に、注目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを 簡単かつ正確に行うことができます。 当資料ではデータのキュレーションや製品概要、また新しく追加された 「DimensionReduction Tool」について紹介します。 【掲載内容】 ■遺伝子発現データのキュレーション ■GENEVESTIGATOR の製品概要 ■Dimension Reduction Tool ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアの追加機能と活用例についてご紹介！
『Partek Flow（以下、Flow）』は次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェア です。次世代シーケンサー（NGS）から出力されたリード配列データを 読み込んで、Single Cell RNA-Seqや空間的遺伝子発現等のデータを解析 することが可能です。 Flowでは、Single Cell RNA-Seqデータの解析を行うCell Rangerと、 空間的遺伝子発現データの解析を行うSpace Rangerのパイプラインが追加 されました。パイプラインを使用することでリード配列データのアライメント からカウントマトリックスの出力までがより簡単に実行できるようになります。 当資料では、Cell RangerやSpace Rangerの機能と活用例を紹介します。 【掲載内容】 ■Cell Ranger ■Space Ranger ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
110億化合物の中からリガンド候補を超高速検索できるツールをご紹介
『REAL Space Navigator』は、Enamine社における110億構造におよぶ バーチャル化合物群の中からクエリー化合物に類似の構造を 高速に探索するツールです。 ヒットした構造は同社により実際に合成できる可能性が高く、ユーザーは スキャフォールドホッピングされた新規化合物をオンデマンドに入手可能。 当製品による検索は、BioSolveIT社のFTrees-FSの類似構造構築手法に 基づいて行われます。 【特長】 ■110億通りのバーチャル化合物の中から、まだ発見されていない 新規リガンド候補を超高速に探索 ■クエリー化合物が持つ化学的な特長とその2次元的な位置が類似する 構造を簡単かつ効率的に得ることができる ■ヒット構造をEnamine社に合成依頼が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
量子化学計算のデファクトスタンダード
『Gaussian』は、多種多様な分子・化学反応を解析・設計するための量子化学計算ソフトウェアです。最も有名で利用者の多い量子化学系さんソフトウェアで、分子設計・構造解析・化学反応解析などで多大な成果をもたらしています。 2017年はじめに、Gaussian 16（量子化学計算ソフトウェア）ならびGaussView 6がリリースされました。本リリースは約7年ぶりとなるメジャーバージョンアップです。
次世代シーケンサーのデータ解析をコマンド入力なしで実行！RNA-seqをはじめ様々なアプリケーションのデータ解析に対応！
『Partek Flow』は、様々なアプリケーションに対応した次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 【対応アプリケーション】 ■遺伝子発現解析（RNA-seq, Single Cell RNA-seq） ■miRNA発現解析（miRNA-seq） ■ゲノムリシーケンス解析（DNA-seq） ■転写因子結合部位解析（ChIP-seq） ■メチル化部位解析（MeDIP-seq） ■メタゲノム解析 【対応機器】 ■イルミナ（HiSeq, NextSeq, MiSeq, MiniSeq） ■サーモフィッシャー（Ion S5, Ion Proton, Ion PGM） 『Partek Flow』は、ウェブブラウザーから操作するのでコマンド入力したりパラメーターを手入力する必要はありません。インストールしたサーバーに接続可能なネットワーク上のあらゆるマシンから利用できます。読み込んだデータの種類に対応した解析メニューを表示しますので、データ解析に慣れていないウェットの研究者でも簡単に操作できます。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
