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バイオシーケンス分析ソフトウェア「HMMER」用マシンの事例です。
隠れマルコフモデルを使用したバイオシーケンス分析を行うソフトウェア HMMER を使用するお客様への提案事例です。 CPUとメモリのパフォーマンスを確保しつつ、ストレージはSSDとHHDを併用することで、ご予算(100万円)以内におさめました。 弊社ではご用途・予算・使用ソフトウェアなどにあわせたカスタムPCを提案可能です。 ・必要なソフトウェアをセットアップして納品してほしい ・次年度以降の予算でパーツをグレードアップしたい ・並行して使用するソフトウェアとの相性を知りたい などなど、PCの導入・カスタマイズ・運用に関するご相談も承っております。 お気軽にお問い合わせください。
BLASTによるDNA塩基配列の検索、HMMERによるタンパク質のドメイン検索を目的とした構成例です
植物の育種研究に携わるお客様より、BLASTによるDNA塩基配列の検索や、HMMERによるタンパク質のドメイン検索を行うためのマシン構成です。 複数のユーザーが有線LAN経由でマシンにアクセスする使い方を想定しています。 また、BLASTでのクエリ配列は数百から数千程度で、データベース配列は10万程度。HMMERによるドメイン検索は、10万程度のクエリ配列を想定しています。 de novo解析の実行も可能な構成ですが、優先度の高い要件として考慮する場合には、仕様上の最大メモリ容量となる128GBを搭載するのが良いと思われます。 また、ネットワークアクセスで利用し、研究室内で小規模な簡易サーバーとして利用するのみでしたら、本事例の構成でもコスト重視の選択として成立します。ただし、多くの人数で利用する想定の場合は、明らかにスペックが不足します。重要度・運用方法によっては、本格的なサーバー構成をおすすめします。 本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。 掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
