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【技術コラム】タンパク質間ドッキングによる複合体モデリング

タンパク質間ドッキングも簡単に解析操作で解析可能!

BIOVIA DiscoveryStudioは般的なドッキングシミュレーションよりも複雑とされているタンパク質間ドッキングも簡単な操作で解析することが可能です。 以下の2つの操作を行うことで、解析を行います。 1.簡単なタンパク質間ドッキングを行い、複数の候補構造を生成・スコアリングします。 2.生成された候補構造をエネルギー計算に基づいて再スコアリングして絞り込みをします。 画像ではこの手順により、ウシ膵臓由来のβ-トリプシン(タンパク質受容体)とカボチャ種子由来の阻害剤CMTI-I(タンパク質リガンド)の複合体ドッキングを解析しています。 詳細な手順・技術的解説は以下の弊社の事例ページをご覧ください! https://www.wavefront.co.jp/tech-blog/posts/docking-proteins.html

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[TechBlog]タンパク質間ドッキングによる複合体モデリング

タンパク質間ドッキング(PPD)を「BIOVIA Discovery Studio」で実現!複合体構造の予測・解析を支援!

タンパク質間ドッキング(Protein-Protein Docking:PPD)によるタンパク質複合体の構造モデリングについて紹介いたします。 タンパク質間ドッキングでは、相互作用するタンパク質の立体構造から、複合体を形成する可能性のある結合ポーズを探索します。 「BIOVIA Discovery Studio」では、 ZDOCKによる高速なドッキングポーズの探索・評価と、RDOCKによる構造の精緻化・再評価を実行可能。 UI画面から一連の解析を操作でき、タンパク質間相互作用(PPI)の解析、抗体・抗原相互作用の研究、 創薬研究などに活用できます。 タンパク質複合体の構造予測・解析や、分子間相互作用の理解にご活用いただけます。 【特長】 ■インシリコ創薬に必要な幅広い解析手法を利用可能 ■ホモロジーモデリングに加え、AIを活用したタンパク質構造予測にも対応 ■予測したタンパク質構造を起点に、ドッキングなど多角的な解析を支援 ■ZDOCK・RDOCKによるタンパク質間ドッキングと複合体構造モデリングに対応 ※詳しくは関連リンクをご覧いただくか、お気軽にお問い合わせください。

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