環境DNAに混在した株を同定することができた解析事例をご紹介します！
MLST(Multi locus sequencing typing)解析とは、複数の遺伝子領域 (通常7領域以上)の変異をパターン化して、菌のタイピングを行う方法です。 当解析事例(自社データ)は、単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した 試料(単離株のゲノムに環境DNAに混合したもの)を用意し、タイピングを実施。 用意した株はグラム陽性菌、グラム陰性菌で、これらのサンプルについて Miseqでゲノムシークエンス、タイピングを行いました。 その結果、本手法での解析により、環境DNAに混在した株を同定することが できました。 【事例概要】 ■単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した試料を用意し、 タイピングを行った ■用意した株はBacillus subtilis subsp.subtilis str. 168 (グラム陽性菌)、Pseudomonas protegens Pf-5(グラム陰性菌) ■これらのサンプルについてMiseqでゲノムシークエンス、 タイピングを行った ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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基本情報
【ワークフロー】 ■Sample Sequence Reads ■クオリティフィルタリング ■K-mer分布を用いた近縁種の推定 ■近縁種へのマッピング ■MLST解析のための遺伝子領域の同定 ■MLSTデータベースを用いたMLST解析 ■K-mer系統樹の作成 SNP系統樹 ※オプション解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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企業情報
近年の分子生物学の発展により、生物の全ゲノム配列決定やそれに続く遺伝子機能解析などの研究が目覚ましいスピードで展開されています。 このような技術の進歩に伴い、塩基配列分析、リアルタイムPCR、DNAチップなどの分子生物学的技術は、食品分析分野でも広く利用されるようになってきました。 株式会社ファスマックでは、こうした分子生物学的技術を利用して、2001年の設立以来、農水省、厚労省関連機関と共同で遺伝子組換え食品や食物アレルゲンの「日本標準分析法」の技術開発を進めてまいりました。 開発された検査技術は日本のみならず、米国、中国などでも皆様に提供いたしております。 また、ファスマックでは、設立以来、「分子生物学的技術を用いた食品検査法」の国際標準化などの活動にも積極的に取り組んでおり、その技術力は国際的に評価されております。 さらに、世界最大の検査会社の一つであるEurofins Scientific社と提携し、Eurofinsグループの有する高い技術力の導入を進めています。 今後もファスマックは世界水準の新しい検査技術を皆様に提供してまいります。