DNA 配列のアセンブリとアラインメント
DNA バーコーディング、シーケンスのアセンブリやコンティグの編集、 突然変異の検出に役立つ Windows および macOS 用プログラムです。 親しみやすく分かり易いユーザーインターフェースを備えながら、 Phred-Phrap と互換性のあるシーケンスのクオリティスコアをフル サポートする能力も備えています。 CodonCode Aligner を使ってできること ・テキストファイルからのシーケンスの読込み ・ABI ファイル、SCF ファイル、FASTQ ファイルからのシーケンスの読み込み ・End Clip 機能 (低品質のシーケンス末端を切り取る機能) ・ベクターのトリミング ・コンティグのアセンブル ・参照シーケンスへの整列 ・サンプル名に基づくグループ単位のアセンブルや整列 ・Aligner プロジェクトから直接 Phred および Phrap を実行 ・シーケンスと特徴 (features) の出力 ・差分表とタンパク質翻訳を参照 ・対立遺伝子を分離 ・ギブソンアセンブリを用いたバーチャルマルチフラグメントクローニング など
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基本情報
CodonCode Aligner 機能一覧 〇インポート／エクスポート ・ABI、AB1、SCF フォーマットのシーケンスクロマトグラフのインポート ・FASTA、FASTQ、Sam、GenBank、EMBL フォーマットのテキストファイルのインポート ・サンプルのサブセットのインポート (例：n 番目ごとのサンプル、プロジェクト内の選択したシーケンスに一致するサンプルのみ等)など 〇シーケンス編集とトリミング ・シーケンスとコンティグのマニュアル編集：サンプルやコンティグエンドの削除、コンティグ分割など 〇シーケンスアセンブリ 〇シーケンスアラインメント 〇シーケンストランスレーション 〇バーチャルクローニング 〇制限マッピング 〇RFLP 分析 〇プライマー設計 〇系統樹 〇突然変異の検出と分析 〇差分表 〇カスタマイズ 〇メチル化分析
価格帯
納期
用途／実績例
【新型コロナウイルスの分析プロセスで CodonCode Aligner を使った論文の例新型コロナウイルスの分析プロセスで CodonCode Aligner を使った論文の例】 ・Emergence of two distinct variants of SARS-CoV-2 and an explosive second wave of COVID-19: the experience of a tertiary care hospital in Pune, India / 9 Jan, 2022, / By Shubham Shrivastava et al. / Archives of Virology （SARS-CoV-2 の 2 つの異なる亜種の出現と COVID-19 の爆発的な第 2 波：インド、プネの 3 次医療病院での経験から） 詳細は下記をご参照ください。 https://www.hulinks.co.jp/software/chem/aligner/section04
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企業情報
変化の激しい世界にあっても、創業以来ヒューリンクスの理念は変わりません。 人間のすばらしさは思考し、創造できること、そして新たな明日を切り拓いて 行けること。 人間の持つこの優れた能力 — 知的創造 — を支援する製品、また、より快適な 環境を提供すると共に生産性を向上させる、そんな選りすぐりのソリューション を提供する事により私達は社会に貢献したいと考えています。
