修飾された二本鎖siRNAモデルを簡単なボタン操作で構築！MOEの活用事例をご紹介
統合計算化学システムMOEのカスタムアプリケーションである siRNA Builderの活用事例についてご紹介いたします。 siRNA Builderは、低分子干渉RNA(siRNA)をはじめとする 核酸医薬の研究開発を支援するためのアプリケーションで、 多彩な化学修飾のモデリングやコンフォメーション解析も 容易に行えます。 本事例では、siRNA BuilderとMOEの標準機能を組み合わせて、 siRNAの融解温度と遺伝子サイレンシング活性を予測しており、 設計と解析を一連の流れとして効率的に進めることが可能です。 【siRNA Builderの機能】 ■siRNAモデリング ・ガイド鎖およびパッセンジャー鎖の塩基配列からsiRNAのモデルを自動生成 ■修飾モデリング ・ボタン操作による指定ヌクレオチド残基の糖部およびリン酸部に対する修飾の選択 ■アノテーション ・修飾部位と種類をSequence Editor上の塩基配列および3次元構造の両方で可視化 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。
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基本情報
【活用事例の概要】 ■融解温度の予測 ・決定係数(r2)が0.8以上を示す記述子として二本鎖間の水素結合数(Nhb)、非結合エネルギー(Ehb)、 結合二面角エネルギー(Etor)、全体のポテンシャルエネルギー(E)を発見 ■遺伝子サイレンシング活性の予測 ・ガイド鎖2番目の塩基(g2)と対合塩基との相互作用エネルギー(ΔEg2)を用いた 分類モデルにより93.3％の精度で分類 ■MDシミュレーションによる構造解析 ・MOEのAMBERインターフェースを介した50nsのMDシミュレーション ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。
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企業情報
株式会社モルシスは、計算化学および情報科学に基づくパッケージソフトウェアや研究データ管理システムの販売、導入支援、技術サポートを行っています。生命科学と材料科学の基礎研究分野で、ユニークなソリューションと多彩なサービスを提供し、お客様の研究開発に貢献しています。弊社スタッフは、優れた技術を持つ国内外の多数のビジネスパートナーと密接に連携し、お客様のニーズに応じて研究開発活動を支援するソリューションの導入支援および技術サポートを提供いたします。
