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サンプルは、バクテリア（Bacteria）およびアーキア（Archaea）の受け入れが可能！※解析事例集進呈中
『微生物ゲノムドラフト解析パッケージ』は、パッケージ化することによって リーズナブルにご利用できるサービスです。 受け入れサンプルは、バクテリア（Bacteria）およびアーキア（Archaea）が可能。 オプションサービスとして、Prokkaを用いたオートアノテーション、 コンティグのBLAST解析、Sequence Typeのタイピングをご用意しております。 ご用命の際は、お気軽にお問い合わせください。 【解析概要】 （1）お客様：抽出したゲノムDNAを当社にご送付 （2）当社：受領サンプルのQC作業を行う （3）当社：MiSeq解析用のアダプターライブラリを調製 （4）当社：MiSeqで2×300 bpランを行う （5）当社：取得データのアセンブルおよびコンティグを作成 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
全ゲノム配列解析を加速する高スループットシーケンサーを用いたシーケンス解析！
「HiSeqX」は、高スループットな全ゲノムシーケンスデータを安価に 提供できる、全ゲノム配列解析専用の大規模シーケンサーです。 新しい整列化フローセルでは、数十億ものナノウェルが固定された位置に 存在し、均一なクラスター間距離、および均一なクラスターサイズを実現。 シーケンスリードとシステムの全出力が大幅に向上しました。 当シーケンサーを用いることにより、全ゲノム配列解析をリーズナブルな 価格で提供でき、基礎研究に留まらず、臨床研究への活用を後押しします。 【特長】 ■1台で年間1800人分の全ゲノムシーケンスデータを得ることができる ■シーケンスリードとシステムの全出力が大幅に向上 ■高スループットデータに貢献する専用ケミストリーを採用 ■リーズナブルな価格で全ゲノム配列解析を提供 ■基礎研究に留まらず、臨床研究への活用を後押し ※詳しくは関連リンクをご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
オプションサービスを多数ご用意！「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」としてデータを可視化します※解析事例集進呈中
『ターゲットアンプリコン解析』は、パッケージ化することによって リーズナブルにご利用できるサービスです。 解析対象領域は、16S V4／18S V9／ITS（gITS7-ITS4）／COI （mlCOIintF-HCO2198）／MiFish（12S V5）など。 解析対象領域を増幅ターゲットとしたサンプル調製用プライマーを 無償提供し、サンプルをお送りいただきます。 その後、当社でQIIME等を使用し、「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」 としてデータを可視化します。 【オプションサービス（抜粋）】 ■解析対象領域長の変更（400-500bp程度） ■Library Mix調製 ■レアファクションカーブと主座標分析（PCoA） ■OTUのBLAST解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
環境DNAに混在した株を同定することができた解析事例をご紹介します！
MLST(Multi locus sequencing typing)解析とは、複数の遺伝子領域 (通常7領域以上)の変異をパターン化して、菌のタイピングを行う方法です。 当解析事例(自社データ)は、単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した 試料(単離株のゲノムに環境DNAに混合したもの)を用意し、タイピングを実施。 用意した株はグラム陽性菌、グラム陰性菌で、これらのサンプルについて Miseqでゲノムシークエンス、タイピングを行いました。 その結果、本手法での解析により、環境DNAに混在した株を同定することが できました。 【事例概要】 ■単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した試料を用意し、 タイピングを行った ■用意した株はBacillus subtilis subsp.subtilis str. 168 (グラム陽性菌)、Pseudomonas protegens Pf-5(グラム陰性菌) ■これらのサンプルについてMiseqでゲノムシークエンス、 タイピングを行った ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
