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ATAC-SeqやSingle Cell ATAC-Seqデータ解析の活用例をご紹介！
『Partek Flow』は、シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 シーケンサーから出力されたリード配列データを読み込んで、遺伝子の 発現量やDNAの変異などを解析することが可能です。 当製品では、Assay for Transposase-Accessible Chromatin using Sequencingや Single Cell ATAC-Seqデータの解析が可能です。 当資料では、ATAC-SeqやSingle Cell ATAC-Seqデータ解析の活用例を紹介します。 【掲載内容】 ■ATAC-Seq ■Single Cell ATAC-Seq ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
エンリッチメント解析やパスウェイマップの表示が可能！RNA-seqデータ解析をFlowだけで完結することができます
Partek Flowは、シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 シーケンサー（NGS）から出力されたリード配列を読み込んで、RNA-seqや DNA-seq等のデータを解析することが可能。 Flowはリード配列の参照ゲノム配列へのアライメント前後の品質保証/ 品質管理（QA/QC）、発現遺伝子量の推定、正規化、発現変動遺伝子の検出など、 RNA-seq データ解析に必要な機能を多数搭載しています。 当資料では、RNA-seq データ解析について紹介します。 【掲載内容】 ■RNA-seq データ解析とは ■参照ゲノム配列へのアライメント ■発現遺伝子の推定と正規化 ■発現遺伝子リストの作成と生物学的解釈 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
DNA-seqやSNVおよびIndelの検出など！Flowを用いたデータ解析についてご紹介！
当資料では、次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェア「Flow」を用いた DNA-seqデータ解析について紹介します。 「Partek Flow(Flow)」は、次世代シーケンサー（NGS）から出力された リード配列を読み込んで、RNA-seqやDNA-seqのデータを解析することが可能です。 検出した変異のアノテーションや絞り込みや染色体ビューアーでの変異の表示など、 データ解析を行うための豊富な機能を搭載しています。 【掲載内容】 ■DNA-seqとは ■SNVおよびIndelの検出 ■融合遺伝子の検出 ■コピー数変異の検出 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
ゲノムワイドにエピゲノム情報を取得！バイアスのない精確な解析が可能！
「Flow」は、次世代シーケンサー（以下、NGS）から出力されたリード配列を 読み込んで、RNA-seqやDNA-seqのデータ解析が可能なシーケンサーデータ 解析ソフトウェアです。 2016年12月にリリースされた「Flow 6.0」では、『ChIP-seqのデータ解析』に対応。 リード配列の参照ゲノム配列へのアラインメント、アラインメント前後の QA/QC、ピーク検出、検出したピークのアノテーション、転写開始点からの 距離でのプロットなど、ChIP-seqのデータ解析を行うための豊富な機能を搭載しています。 【ChIP-seqとは】 ■ChIPとNGSを組み合わせてゲノムワイドにエピゲノム情報を 取得する手法 ■様々な生物で転写制御メカニズムの理解に大きく貢献 ■プローブ設計に依存した制限がない、ダイナミックレンジが広い ■ChIP on chipと比べてバイアスのない精確な解析が可能 ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
Single Cell RNA-seqのデータ解析を行う為の豊富な機能を搭載
『Partek Flow（以下Flow）』は次世代シーケンサーデータ 解析ソフトウェアです。 リード配列からバーコードやUMIのトリミング、参照ゲノム配列への アラインメント、UMIのデデュプリケーション、バーコードの絞り込みなど、 Single Cell RNA-seqの前処理に必要な機能を搭載しています。 当資料ではFlowを用いたSingle Cell RNA-seqデータ解析について ご紹介しています。 【掲載内容】 ■Single Cell RNA-seqとは ■バーコードやUMIの除去 ■UMIデデュプリケーション ■バーコードの絞り込み ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
バイオロジクス研究のためのタンパク質デザイン機能やタンパク質解析機能を搭載
「MOE」のタンパク質デザイン機能は、タンパク質立体構造データをもとに網羅的に変異体モデルを構築し、さらに変異による物性値への影響を予測します。 その他に、タンパク質解析の為の様々な機能が搭載されており、簡単に タンパク質の特性解析が行えます。 バーチャルファージディスプレイによりある物性にフォーカスしたタンパク質/ペプチドライブラリーの構築が可能です。 【タンパク質デザイン機能】 ■Alanine Scan ■Disulfide Scan ■Resistance Scan ■Residue Scan ■Sample Sequence ■Sequence Design 【特性解析】 ■親和力計算 ■熱安定性予測 【タンパク質解析機能】 ■タンパク質-タンパク質ドッキング ■ループモデリング/リンカーモデリング ■物性推算 ■表面パッチ解析（疎水性/電荷） ■ラマチャンドランプロット解析 ■接触表面積解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
同時に複数のデータを解析することが可能！4週間無償トライアルにてご評価いただけます
『Partek Flow』は、シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 搭載されているすべての解析ツールをグラフィカルユーザーインター フェース（GUI）上で選択できるので、コマンドでの操作を必要としません。 そのためデータ解析の専門家からデータ解析に不慣れなウェットの研究者まで 幅広くご利用いただけます。 当資料では、「Single Cell RNAseqtoolkit」を用いた組織切片の空間的遺伝子 発現データ解析についてご紹介しています。 【掲載内容】 ■空間的遺伝子発現解析とは ■組織切片の画像データの取得 ■遺伝子発現データと組織切片画像の重ね合わせ ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
GENEVESTIGATORを使って様々な研究室から登録された数多くの遺伝子発現解析の結果を統合してPCSK9遺伝子の機能を解析
Nebion社の遺伝子発現データベースオンライン解析ツールである『GENEVESTIGATOR』を用いて、血中のLLDコレステロール量の調節にとって重要な酵素であるPCSK9遺伝子の様々な組織、細胞株、ガンでの発現調節やいくつかの生物種での発現変動の特性を明らかにしました。また、PCSK9遺伝子と共発現する遺伝子を同定しています。 『GENEVESTIGATOR』は公共リポジトリーに登録されたマイクロアレイやRNA-seqの遺伝子発現データをキュレーションしてアノテーションごとに解析できるようにした遺伝子発現データベースの検索エンジンです。非常に特異的なプロファイル(例えば、標的遺伝子やバイオマーカー)を持つ遺伝子を特定したり、選択した遺伝子の転写活性に関連した条件を見つけたりするために数千の実験を同時に解析できます。 このケーススタディの概要は以下の通りです。 ■遺伝子の機能解析と適応症の研究 ■モデル生物の選択 ■遺伝子のネットワーク解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
