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取得した生リードをクオリティフィルタリング！ドラフトゲノム配列から遺伝子を予測※解析事例集進呈中
海洋研究開発機構 深海・地殻内生物圏研究分野の先生より、 新規海洋性プロテオバクテリアを提供いただき、解析した結果を ご紹介します。 次世代シーケンサー(MiSeq)を使用して、シーケンシング解析を行い、 paired-endリードを取得。 取得した生リードをクオリティフィルタリングした後、アセンブルを行い、 さらにドラフトゲノム配列から遺伝子を予測しました。 【事例概要】 ■生リード：7.3M paired-endリード(2x300bp) ■アノテーションデータ ・遺伝子数：2,417 ・rRNA：6 ・tRNA：49 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
環境DNAに混在した株を同定することができた解析事例をご紹介します！
MLST(Multi locus sequencing typing)解析とは、複数の遺伝子領域 (通常7領域以上)の変異をパターン化して、菌のタイピングを行う方法です。 当解析事例(自社データ)は、単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した 試料(単離株のゲノムに環境DNAに混合したもの)を用意し、タイピングを実施。 用意した株はグラム陽性菌、グラム陰性菌で、これらのサンプルについて Miseqでゲノムシークエンス、タイピングを行いました。 その結果、本手法での解析により、環境DNAに混在した株を同定することが できました。 【事例概要】 ■単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した試料を用意し、 タイピングを行った ■用意した株はBacillus subtilis subsp.subtilis str. 168 (グラム陽性菌)、Pseudomonas protegens Pf-5(グラム陰性菌) ■これらのサンプルについてMiseqでゲノムシークエンス、 タイピングを行った ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
Ion PGM次世代シーケンサーによる解析を承ります！
瑞輝科学生物株式会社では、次世代シーケンサーによる受託解析サービス を行っています。 シーケンシングから得られた配列データと公共データベースの検索結果を 基に、「クラスター解析・ヒートマッピング」「自己組織化マップ」 「積上げ横棒グラフによる細菌叢のプロファイリング」といったような 解析結果を作成します。 その他、PCRや定量リアルタイムPCRによる各種検査や、試験法の開発 支援なども行っております。 ご相談案件がございましたら、お気軽にお問い合わせください。 【受託内容】 ■細菌叢解析（16Sメタゲノム） ■環境生物叢解析（16S/18Sメタゲノム） ■アンプリコンシーケンス ■細菌／真菌 RNA-seq（遺伝子発現解析） ※詳しくはカタログをご覧頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
次世代シーケンス解析の基礎知識・メリットを解説！具体的な解析事例も多数ご紹介※解析事例集進呈中
これから次世代シーケンス解析を検討されたい方に向けて、 具体的な解析事例を多数紹介した資料をダウンロードいただけます。 また実際の解析データや関連サービスを本資料内のリンクから閲覧する事も出来、 よりイメージしていただけ易い内容となっております。 ★下記「PDFダウンロード」ボタンより、資料をダウンロードいただけます。 〈掲載内容※一部抜粋〉 ■次世代シーケンス解析ってどんなメリットがあるの？ ■どんなサンプルを調べる事ができるの？ ■どういったデータが得られるの？ 当社ではお客様の目的に沿った各種プランを設けており、またご要望に応じたご提案を心がけております。 ご興味をお持ちいただけた方はお気軽にお問い合わせください。
