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サンプルは、バクテリア（Bacteria）およびアーキア（Archaea）の受け入れが可能！※解析事例集進呈中
『微生物ゲノムドラフト解析パッケージ』は、パッケージ化することによって リーズナブルにご利用できるサービスです。 受け入れサンプルは、バクテリア（Bacteria）およびアーキア（Archaea）が可能。 オプションサービスとして、Prokkaを用いたオートアノテーション、 コンティグのBLAST解析、Sequence Typeのタイピングをご用意しております。 ご用命の際は、お気軽にお問い合わせください。 【解析概要】 （1）お客様：抽出したゲノムDNAを当社にご送付 （2）当社：受領サンプルのQC作業を行う （3）当社：MiSeq解析用のアダプターライブラリを調製 （4）当社：MiSeqで2×300 bpランを行う （5）当社：取得データのアセンブルおよびコンティグを作成 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
オプションサービスを多数ご用意！「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」としてデータを可視化します※解析事例集進呈中
『ターゲットアンプリコン解析』は、パッケージ化することによって リーズナブルにご利用できるサービスです。 解析対象領域は、16S V4／18S V9／ITS（gITS7-ITS4）／COI （mlCOIintF-HCO2198）／MiFish（12S V5）など。 解析対象領域を増幅ターゲットとしたサンプル調製用プライマーを 無償提供し、サンプルをお送りいただきます。 その後、当社でQIIME等を使用し、「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」 としてデータを可視化します。 【オプションサービス（抜粋）】 ■解析対象領域長の変更（400-500bp程度） ■Library Mix調製 ■レアファクションカーブと主座標分析（PCoA） ■OTUのBLAST解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
環境DNAに混在した株を同定することができた解析事例をご紹介します！
MLST(Multi locus sequencing typing)解析とは、複数の遺伝子領域 (通常7領域以上)の変異をパターン化して、菌のタイピングを行う方法です。 当解析事例(自社データ)は、単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した 試料(単離株のゲノムに環境DNAに混合したもの)を用意し、タイピングを実施。 用意した株はグラム陽性菌、グラム陰性菌で、これらのサンプルについて Miseqでゲノムシークエンス、タイピングを行いました。 その結果、本手法での解析により、環境DNAに混在した株を同定することが できました。 【事例概要】 ■単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した試料を用意し、 タイピングを行った ■用意した株はBacillus subtilis subsp.subtilis str. 168 (グラム陽性菌)、Pseudomonas protegens Pf-5(グラム陰性菌) ■これらのサンプルについてMiseqでゲノムシークエンス、 タイピングを行った ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
取得した生リードをクオリティフィルタリング！ドラフトゲノム配列から遺伝子を予測※解析事例集進呈中
海洋研究開発機構 深海・地殻内生物圏研究分野の先生より、 新規海洋性プロテオバクテリアを提供いただき、解析した結果を ご紹介します。 次世代シーケンサー(MiSeq)を使用して、シーケンシング解析を行い、 paired-endリードを取得。 取得した生リードをクオリティフィルタリングした後、アセンブルを行い、 さらにドラフトゲノム配列から遺伝子を予測しました。 【事例概要】 ■生リード：7.3M paired-endリード(2x300bp) ■アノテーションデータ ・遺伝子数：2,417 ・rRNA：6 ・tRNA：49 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
検出される魚種数を増やすために、PCR反復が有効であることが示唆された事例をご紹介！※解析事例集進呈中
魚類のDNAメタバーコーディングに使用されるMiFishを用いて 解析した例をご紹介いたします。 相模川水系の複数地点にて採水を行い、ポリタンクにプールし、 DNAの劣化を防ぐため、採水直後にオスバン消毒液を1ml/L添加。 常温で持ち帰り、ラボにてフィルトレーション、DNA抽出などを行い、 得られたデータをMitoFishに供与してホモロジー検索を行いました。 その結果、検出される魚種数が増加していることが伺え、検出される 魚種数を増やすためにPCR反復が有効であることが示唆されました。 【事例概要】 ■ラボにてフィルトレーション、DNAを抽出 ■抽出したDNAを用いて、NGSライブラリ調製を行った ■ライブラリ調製は8反復実施 ■調整したライブラリはillumina社のMiseqでシーケンスを行った ■得られたデータをMitoFishに供与してホモロジー検索実施 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
外見から検出が困難なホストと寄生者の関係を解明する上で、有効な手段であることを見出しました！※解析事例集進呈中
京都大学生態学研究センターでは、カエデ属を利用するハマキホソガの 多様化や種同士での共存に関わるプロセスを研究されております。 当社が一部解析を受注いたしましたのでご紹介します。 本解析ではハマキホソガ特異的なブロッキングプライマーを使うことで ホスト由来の遺伝子の増幅を抑えることを可能とし、ホストである ハマキホソガの同定及び体内の寄生者の網羅的な探索を効率的に実施。 ブロッキングプライマーを用いた解析手法が、外見から検出が困難な ホストと寄生者の関係を解明する上で有効な手段であることを見出しました。 【事例概要】 ■ブロッキングプライマー存在下/非存在下でPCRを実施 ■ハマキホソガ幼虫274検体についてCOIアンプリコン解析をMiseqにて実施 ■得られたリードから、ハマキホソガ10種と寄生蜂13種を同定し、 ホスト-寄生者の関係を解明 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
DNB-SEQの導入により大規模なシーケンシングが可能となり、真核生物に向けたサービスを幅広く提案可能になりました！
【特徴】 ■1ランあたり最大640Gのシーケンスデータのアウトプットを実現 ■イルミナ社のシーケンサーと変わらないデータクオリティ ■安価、データ増量、多検体解析を実現 イルミナ社製Next-seqとDNB-SEQの比較(RNA-seq)の比較データについてwebサイトで公開しております。
次世代シーケンス解析の基礎知識・メリットを解説！具体的な解析事例も多数ご紹介※解析事例集進呈中
これから次世代シーケンス解析を検討されたい方に向けて、 具体的な解析事例を多数紹介した資料をダウンロードいただけます。 また実際の解析データや関連サービスを本資料内のリンクから閲覧する事も出来、 よりイメージしていただけ易い内容となっております。 ★下記「PDFダウンロード」ボタンより、資料をダウンロードいただけます。 〈掲載内容※一部抜粋〉 ■次世代シーケンス解析ってどんなメリットがあるの？ ■どんなサンプルを調べる事ができるの？ ■どういったデータが得られるの？ 当社ではお客様の目的に沿った各種プランを設けており、またご要望に応じたご提案を心がけております。 ご興味をお持ちいただけた方はお気軽にお問い合わせください。
アンプリコン解析やゲノムドラフト解析など！次世代シーケンス解析についてご紹介
ファスマックでは、『次世代シーケンス解析』を承っております。 サンガー法によるDNA解析は広く普及している技術であり、現在は 「遺伝子診断」といったかたちで一般の人にも少しずつ認知されつつあります。 当社は、イルミナ社のMiSeqでの受託サービスを行うことによって、 次世代シーケンサーでの解析をより多くの人達に利用していただき、 将来的にはサンガー法のような普及技術とすることを会社のミッションと 位置づけております。 【ラインアップ】 ■アンプリコン解析 ■ゲノムドラフト解析 ■カスタムサービス ・サンプル調製 ・Miseqでのrun ・データ解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
通常10,000程度のデータと、マイナーなグループのデータが得られる事例をご紹介！
当社が承っている『次世代シーケンス』では、お客様の目的に沿った 各種プランを設けており、ご要望に応じたご提案を心がけております。 “細菌叢の解析”の例では、PCR産物を解析対象として直接塩基配列を 決定し、通常10,000程度はデータが得られます。 さらに、クローンライブラリー法では得ることが非常に難しかった マイナーなグループのデータを得ることができます。 【事例概要】 ■PCR産物を解析対象として直接塩基配列を決定 ■得られる塩基配列のデータは通常10,000を超える ■マイナーなグループのデータが得られる ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
COI遺伝子の解析を行い、餌生物の推定を実施した事例をご紹介します！※解析事例集進呈中
当社が承っている『次世代シーケンス』では、お客様の目的に沿った 各種プランを設けており、ご要望に応じたご提案を心がけております。 “野生生物の食性解析”の例では、MiSeqを用いた解析で腸内細菌叢の 解析と同様にPCR産物を直接解析。 具体的には消化管内容物や糞便をサンプルとして、日本バーコード オブライフ・イニシャチブで動物のバーコーディングに用いられている COI遺伝子の解析を行い、餌生物の推定を行います。 【事例概要】 ■MiSeqを用いた解析では腸内細菌叢の解析と同様にPCR産物を直接解析 ■具体的には消化管内容物や糞便をサンプルとして、 COI遺伝子の解析を行い、餌生物の推定を実施 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
次世代シーケンスを利用することで、より高い解像度でジェノタイピングを行うことが可能！※解析事例集進呈中
ゲノム編集技術は自由な遺伝子改変を可能にするパワフルなツールですが、 改変個体を選抜する上で、遺伝型解析(ジェノタイピング)は重要な工程です。 次世代シーケンスにより、F0世代でのアリル頻度を評価することで、 交配に用いるべき個体選抜を行うことが可能。 また、培養細胞のゲノム編集実験では1度の実験で多様な変異を持つ 細胞集団が得られ、実験条件によって変異の様子が異なります。 次世代シーケンスなら細胞集団の変異を詳細に評価することが出来ます。 【事例概要】 ■CrispRvariantを用いた培養細胞のジェノタイピング ■CRISPR/Casでゲノム編集した培養細胞株からDNA抽出後、 ターゲットアンプリコンシーケンスをMiseqにて実施 ■得られたデータをCrispRvariantにて解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
ご利用目的・ご研究の背景から好適な解析プランをご提案！ 解析データ納品後のサポートも万全！
北海道システム・サイエンス株式会社では、『次世代シーケンス解析サービス』をご提供 しております。 ゲノムシーケンスや遺伝子発現解析をはじめ様々なアプリケーションに対応します。 お客様のニーズ・研究目的から好適な解析プランをご提案、目的に沿った解析データ のご提供で、お客様の研究のお手伝いをいたします。 「こんなことをやりたい」「こんなことを知りたい」お気軽にご相談ください。 【サービス内容（抜粋）】 ＜Illumina シーケンス解析＞ ■100～300bp程度のショートリードを高スループットで出力 ■ゲムノシーケンスなど、デプス・カバレッジを必要とする解析に広く利用できる ＜PacBio シーケンス解析＞ ■10～20kb程度のロングリードの読み取りができる ■De Novoゲノム解析やmRNA全長のシーケンス解析などに使用される ＜データ解析（共通）＞ ■汎用パイプラインでの解析のほか、ご要望に応じた解析データの加工・編集など ■解析データの見方、取り扱いについてもサポート ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
Ion PGM次世代シーケンサーによる解析を承ります！
瑞輝科学生物株式会社では、次世代シーケンサーによる受託解析サービス を行っています。 シーケンシングから得られた配列データと公共データベースの検索結果を 基に、「クラスター解析・ヒートマッピング」「自己組織化マップ」 「積上げ横棒グラフによる細菌叢のプロファイリング」といったような 解析結果を作成します。 その他、PCRや定量リアルタイムPCRによる各種検査や、試験法の開発 支援なども行っております。 ご相談案件がございましたら、お気軽にお問い合わせください。 【受託内容】 ■細菌叢解析（16Sメタゲノム） ■環境生物叢解析（16S/18Sメタゲノム） ■アンプリコンシーケンス ■細菌／真菌 RNA-seq（遺伝子発現解析） ※詳しくはカタログをご覧頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
