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米国Collaborative Drug Discovery社（CDD社）により開発・運用されている「CDD Vault」は、化合物・抗体・細胞などのサンプル情報とアッセイ情報の管理・共有機能、電子実験ノート機能、および可視化機能を有するクラウドサービスです。 創薬研究データの管理システムにおける導入や管理に要する手間を省き、システムをすぐに利用可能。製薬企業やベンチャー企業、CRO、大学や公的研究機関などでの利用のほか、共同研究の情報共有プラットフォームとしても実績があります。 当資料では、データ解析・可視化ツール「CDD Visualization」の無償利用について紹介します。 【掲載内容】 ■CDD Vaultとは ■CDD Visualizationの無償利用 ■プロットの作成 ■データのフィルタリング ■プロットの出力 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
当資料では、独BioSolveIT社が開発した「FTrees」を、統合計算化学システム「MOE」から実行させるためのインターフェイスを紹介します。 本インターフェイスはMOEの開発言語SVLを用いて当社が開発したもので、通常コマンドラインで実行する化合物ライブラリーあるいは巨大なケミカルスペースからの類似構造検索を、MOEウィンドウ上で実行可能。 「MOE」と「FTrees」を使用されているユーザーには無償で提供します。 【掲載内容】 ■FTrees ■MOE-FTrees インターフェイス ■解析例 ■その他の実行環境 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『Partek Flow』（以下、Flow）は、シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 シーケンサー（NGS）から出力されたリード配列データを読み込んで、 遺伝子の発現量やDNAの変異などを解析することができ、T細胞やB細胞に 発現しているT細胞受容体（TCR）やB細胞受容体（BCR）の遺伝子配列を 調べるレパトア解析が可能。 また1細胞レベルでレパトア解析を行うことで、異なる特異性を持ったTCRや BCRを発現したリンパ球の多様性を調べることができます。 【掲載内容】 ■製品概要 ■シングルセルレパトア解析とは ・シングルレパトア解析データの取込 ・クロノタイプ解析 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
米国CDD社により開発・運用されている『CDD Vault』は、化合物・抗体・細胞などのサンプル情報とアッセイ情報の管理・共有機能、電子実験ノート機能、および可視化機能を有するクラウドサービスです。 創薬研究データの管理システムにおける導入や管理に要する手間を省き、システムをすぐに利用できます。 当資料では、CDD VaultのADC（antibody-drug conjugate：抗体薬物複合体）やPROTAC（proteolysis targeting chimera：タンパク質分解誘導キメラ分子）の研究データ管理への応用事例を紹介していますので、ぜひご一読ください。 【主な掲載内容】 ■ADCの研究データ管理の事例 ・分子の管理 - 薬物 - リンカー ・抗体とそれを元にしたADCの管理 ・アッセイ実験と結果の管理 ■PROTACの研究データ管理の事例 ・分子の管理 - E3リガーゼのリガンド - 標的タンパクのリガンド - リンカー ・PROTACの合成実験 ・アッセイ実験と結果の管理
当資料では、「eXplore」の詳細と「infiniSee」を用いた「eXplore」からの 化合物検索について紹介しています。 BioSolveIT社はeMolecules社と共同で反応条件が紐づいた反応物の購入も 可能で自社合成も容易な超巨大バーチャルケミカルスペースeXploreを infiniSeeで検索対象の化合物ライブラリーとして搭載しました。 研究者は、infiniSeeによる検索で得られた候補化合物を、ビルディング ブロックを注文後数日以内に入手してDIY方式で合成することも、 eMolecules社に合成を依頼することもできます。 【掲載内容】 ■eXplore ■infiniSee によるeXplore の検索 ■infiniSee によるeXplore の類似構造検索結果 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
粗視化分子動力学計算では分子の部分構造を1つの粒子にして シミュレーションを行います。 水素分子などの軽元素の振動を考慮する必要がないため通常の 全原子MD計算の10倍程度の大きなモデルを取り扱えるとともに、 計算する相互作用の数も大幅に削減され、全原子MD計算では 到達困難な100ns以上のシミュレーションも比較的容易に行えます。 そのため、構造の平衡化までに時間を要する高分子や両親媒性分子などの ソフトマターのシミュレーションに利用される計算手法です。 当資料では、事例を通して『SciMAPS』の持つ粗視化分子動力学計算機能に ついて紹介します。 【掲載内容（一部）】 ■SciMAPS のメソスケール関連の機能 ■粗視化モデル計算の事例 ■粗視化モデルの全原子モデルへの変換 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
AMSの新製品「Advanced Workflows」は、AMSの各計算エンジンを連携させて 利用する一連のワークフローツール群を提供します。 その中でも今回紹介する『ParAMS』は、反応力場計算プログラムのReaxFFと 高速タイトバインディング計算プログラムのDFTBの中で用いられている パラメーターの最適化を可能にするツール。 当資料では、「ParAMSの主な機能」や「ReaxFFパラメーターの最適化例」に ついて詳しくご紹介しておりますので、ぜひご一読ください。 【掲載内容】 ■ParAMSの主な機能 ■ReaxFFパラメーターの最適化例 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
実験においては、参考文献、標準手順書、使用する試薬や機材の情報、行った作業内容やその際の観察結果、分析機器からの出力など、多種多様な情報を扱います。 電子実験ノート（ELN）は、これらの情報を適切に管理し、有効活用するためのシステムです。 CDD Vault ELNは創薬研究をはじめ様々な分野の実験を柔軟に記録することができるクラウド型ELNで、サンプル・アッセイ情報管理システムCDD Vaultのオプションモジュールです。 CDD Vaultは企業・大学・公的研究機関などでの多数の導入実績のほか、複数の組織による共同研究プロジェクトの情報共有プラットフォームとしての採用事例もあります。 現在、ELNのメリットや『CDD Vault ELN』の特長が紹介された記事 『クラウド型電子実験ノートによる研究データの統合的管理 ―CDD Vault ELNの紹介―』 の別刷資料を進呈中です。 「お問い合わせ」より「別刷送付希望」とご記入の上お申し込みください。 ※製品の詳細は『PDFダウンロード』よりカタログをご覧ください。
AMSの新製品「Advanced Workflows」では、AMS内の各計算エンジンを 連携して利用する一連のワークフローツール群を提供します。 その中でも『OLED workflows』は、ADFと高速タイトバインディング 計算プログラムのDFTBを利用することで、有機ELデバイスにおける 有機分子の薄膜構造のモデリングを可能にし、そのプロパティーを計算します。 当資料では、OLED workflowsにおける各ステップの計算手順を 分かりやすくご紹介しておりますので、是非ご覧ください。 【掲載内容】 ■手順1：蒸着プロセス ・分子の薄膜形成をシミュレート ・分子動力学法とforce-biasモンテカルロ法による計算 ■手順2：プロパティー計算 ・分子プロパティーの計算を実行 ・薄膜構造からの分布を求める ・各分子のDFT計算を実行 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『MedeA Phonon』は、直接法によって固体の振動特性を計算する ソフトウェアです。 固体の振動特性を計算することで、熱振動に起因する熱力学諸量や IR/Ramanスペクトルを算出することができます。 当資料では、MedeA3.4から実装されたMedeA Phononの 新しい解析機能を中心に紹介しておりますので、是非ご覧ください。 【掲載内容】 ■MedeA Phonon概要 ■フォノン分散図および状態密度図 ■熱力学諸量 ■Ramanスペクトル ■IRスペクトル ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『MedeA』は、第一原理計算や力場計算を基に材料のさまざまな物性を 算出することができる分子シミュレーションの統合環境です。 機械学習力場パラメーターを作成・使用できるツール、MLP/MLPGが 搭載されているので、第一原理計算に近い精度で大規模・長時間の シミュレーションが可能です。 当資料では、機械学習ポテンシャルの作成・使用環境を実装した MedeA MLP/MLPG について、その概要を紹介しておりますので、 是非ご覧ください。 【掲載内容】 ■機械学習ポテンシャル ■MLPGによるパラメーターフィッティング ■MedeA MLP/MLPG ■適用事例 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『Scilligence ELN』は、化学および生物学の実験の記録をウェブブラウザー から簡単に登録できる電子実験ノートです。 構造式、反応式、塩基配列やアミノ酸配列、各種ドキュメントが登録可能で、 専用のテンプレートが用意されています。幅広い分野に対応できるため、 企業の研究部門や教育機関で広くご利用いただけます。 当資料では、Scilligence ELNの機能について紹介します。 【掲載内容】 ■Scilligence統合プラットフォームの特長 ■用途に応じたテンプレート ■描画ツール ■検索機能 ■履歴管理 ■ディスカッション機能 ■データへの直接アクセス用アドレス ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『PSILO』は、生体高分子やタンパク質-リガンド複合体構造情報の データベースシステムです。 公共データやインハウスデータを統合的に管理し、独自の検索機能や 解析機能により創薬研究を支援します。 PSILO 2022.02では、データベースの連携機能が新たに追加されました。 さらに、構造バリデーション機能やタンパク質ファミリーの管理機能が 強化され、より便利に使いやすくなりました。 当資料では、PSILO 2022.02で追加される新機能を紹介します。 【掲載内容】 ■データベースの連携 ■AlphaFold ■構造バリデーション機能の強化 ■ファミリーの管理機能の強化 ■MOEとの連携 ■その他の新機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『Partek Flow』は、シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 シーケンサーから出力されたリード配列データを読み込んで、遺伝子の 発現量やDNAの変異などを解析することが可能です。 当製品では、Assay for Transposase-Accessible Chromatin using Sequencingや Single Cell ATAC-Seqデータの解析が可能です。 当資料では、ATAC-SeqやSingle Cell ATAC-Seqデータ解析の活用例を紹介します。 【掲載内容】 ■ATAC-Seq ■Single Cell ATAC-Seq ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『GENEVESTIGATOR』は遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイやシーケンサーの膨大な遺伝子 発現データをキュレートすることで、様々な研究者により登録された大量の 実験結果を統合して解析可能にします。 また、当製品は使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを搭載している ため、探索や発現解析などを行う際に、注目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の 優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。 当資料では、新しく追加されたCell Types toolの使用例や追加収載された データを紹介します。 【掲載内容】 ■Cell Types tool ■遺伝子発現データの追加収載 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
MOE 2022.02では、高性能なM1チップ搭載Macがサポートされることに加え、 タンパク質モデリング関連のアプリケーションでGPUを使用した計算が できるようになり、これまで以上に効率良く計算できるようになりました。 さらに、Hydrogen Mass Repartitioningによる分子動力学計算、ウェブベースの コンビナトリアルライブラリー生成、MOEsaicでのドッキング計算が新機能として 追加されました。 当資料では、MOE 2022.02の主な新機能や機能強化を紹介します。 【掲載内容(抜粋)】 ■サポートするハードウェアの拡充 ■UIの機能強化 ■糖鎖関連機能の強化 ■HMRによるMD計算 ■対応ファイルフォーマットの拡充 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『ChemTunes・ToxGPS』は、化合物の安全性評価とリスク評価のための毒性・ 安全性に関連するデータベースと知識ベースの予測・ワークフローシステムを 統合したプラットフォームです。 医薬品、化粧品、食品、工業用およびその周辺化合物を対象としており、 化合物の毒性学研究・安全性研究全般で利用することができます。 当資料では、ChemTunes・ToxGPS V4.2022で行われたアップデート情報を 紹介します。 【掲載内容】 ■インターフェースの統合 ■データベース検索 ■毒性・安全性予測 ■ChemTunes Express ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
米国Collaborative Drug Discovery社により開発・運用されている『CDD Vault』は、化合物・抗体・細胞などのサンプル情報とアッセイ情報の管理・共有機能、電子実験ノート機能、および可視化機能を有するクラウドサービスです。 創薬研究データの管理システムにおける導入や管理に要する手間を省き、すぐに利用できるため、製薬企業やベンチャー企業、大学、公的研究機関などが共同研究を進めるためのプラットフォームとしても多数の実績があります。 当資料では、CDD Vaultについて概要を紹介します。 【掲載内容】 ■CDD Vaultとは ■クラウドサービスであることの強み ・機器類の購入、セットアップ作業不要 ・システム管理の作業不要 ・新機能追加や機能改善が随時適用 ■CDD Vaultの構成 ・VaultとProject ・サンプルとアッセイデータの管理 ・電子実験ノート ■データの活用とコラボレーション ・各種検索機能 ・解析・可視化機能 ・共同作業用の機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
ChemInnovation Software社製『Chemical and Biological Information System』は、研究に使用する資材、研究で生じた実験データ、参考文献やレポートといった文書など、研究に関わる多様なデータを統合して管理できるウェブシステムです。 国内外で多数ご導入いただいており、柔軟なカスタマイズ性と優れたコストパフォーマンスで高いご評価をいただいております。 当資料では、バイオ系創薬研究データの管理に利用できるCBISのモジュールやカスタマイズ例について紹介します。 【掲載内容】 ■バイオ系創薬研究データ向けモジュール ■カスタマイズ例 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
独BioSolveIT社はSBDD統合ツールSeeSARとケミカルスペース高速探索ツール infiniSeeを提供しています。SeeSAR 12.1では、FastGrow機能が搭載され、 フラグメントデータベースの拡充がなされました。 また、これらのソフトウェアを活用して特定の標的タンパク質に対する新規 リガンド設計を競うBioSolveIT Drugathon 2022がオンライン開催されました。 当資料では、各ソフトウェアのアップデートと、Drugathon2022の 開催報告をいたします。 【掲載内容】 ■SeeSAR 12.1：FastGrow機能の搭載とフラグメントデータベースの拡充 ■infiniSee 4.0.2：Analyzerモード機能追加 ■BioSolveIT Drugathon 2022開催報告 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
独BioSolveIT社はメディシナルケミストのためのStructure-Based Drug Design統合ツール『SeeSAR』を提供しています。SeeSAR 12では、 Ligand-Based Drug Design機能として、Similarity Scannerが追加されました。 Similarity Scannerは、標的タンパク質情報を必要とせず、化合物の 化学的特長と分子形状に基づいて構造を高速に重ね合わせます。 当資料では、SeeSAR 12で更新された機能を中心に紹介します。 【掲載内容】 ■SeeSAR 12 ■Similarity Scanner ■Similarity Scannerによる重ね合わせ ■分子テーブルの刷新とその他の更新 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
Direct Force Fieldの力場TEAMと材料設計支援プラットフォームSciMAPSの分子構築機能、熱伝導率計算機能を用いて、低分子、高分子、アモルファスと結晶の３つの観点から検討した事例を紹介｡
粗視化分子動力学計算では分子の部分構造を1つの粒子にしてシミュレーションを行います。水素分子などの軽元素の振動を考慮する必要がないため1ステップを通常の全原子MD計算の10倍程度の大きなモデルを取り扱えるとともに、計算する相互作用の数も大幅に削減され、全原子ＭＤ計算では到達困難な100 ns以上のシミュレーションも比較的容易に行えます。よって構造の平衡化までに時間を要する高分子や両親媒性分子などのソフトマターのシミュレーションに利用される計算手法です。本稿では２つの事例を通してSciMAPSの持つ粗視化分子動力学計算機能について紹介します。 【掲載内容】 ■SciMAPSのメソスケール関連の機能 ■粗視化モデル計算の事例： 両親媒性分子の粗視化モデルシミュレーション VOTCAを用いた粗視化ポテンシャルの作成とMD計算 ■粗視化モデルの全原子モデルへの変換 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『Partek Flow（以下、Flow）』は次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェア です。次世代シーケンサー（NGS）から出力されたリード配列データを 読み込んで、Single Cell RNA-Seqや空間的遺伝子発現等のデータを解析 することが可能です。 Flowでは、Single Cell RNA-Seqデータの解析を行うCell Rangerと、 空間的遺伝子発現データの解析を行うSpace Rangerのパイプラインが追加 されました。パイプラインを使用することでリード配列データのアライメント からカウントマトリックスの出力までがより簡単に実行できるようになります。 当資料では、Cell RangerやSpace Rangerの機能と活用例を紹介します。 【掲載内容】 ■Cell Ranger ■Space Ranger ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『PROTAC Modeling Tools』は、標的タンパク質分解誘導薬の1つである PROTAC（Proteolysis Targeting Chimera）の開発を支援するためのMOEの カスタムアプリケーションです。 複数の手法によりPROTACを介した三元複合体（標的タンパク質-PROTAC-E3 リガーゼ）構造の予測とモデリングを容易に行えます。最近、三元複合体構造を モデリングするための新たな手法が追加されました。 当資料では、PROTAC Modeling Toolsに追加された手法の概要とその適用事例 について紹介します。 【掲載内容】 ■PROTAC Modeling Toolsの概要 ■PROTAC Modeling Toolsの追加手法 ■モデリング手法の精度 ■適用事例 ■アプリケーションの入手方法 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
米国Collaborative Drug Discovery社により開発された『CDD Vault』は、 化合物・抗体・細胞などのサンプルの情報とアッセイ情報の管理・共有機能と、電子実験ノート機能を有するクラウドサービスです。 優れた可視化機能を持つ『CDD Vault』は、システム導入や管理に手間を かけることなく、創薬研究データの管理システムをすぐに利用できるため、製薬企業やベンチャー企業、大学、公的研究機関などが共同研究を進めるためのプラットフォームとして多数の実績があります。 当資料では、2022年1～2月に実装された生物学的製剤などへの対応を中心に、2022年7月以降に実装された新機能について紹介しています。 【掲載内容】 ■CDD Vaultとは ■生物学的製剤などへの対応（ペプチド・オリゴヌクレオチド・混合物のサンプル管理機能のついかなど） ■解析・可視化機能の強化 ■その他の機能強化 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
「KNIME」はデータ分析やレポート作成を行うためのオープンソースの統合 プラットフォームです。 BioSolveIT 社は、KNIMEのパートナーであり、創薬支援ツールをKNIME上で 実行するためのノード群を無償で提供しています。 当資料では、SeeSAR 11で追加された共有結合ドッキングの機能を用いた KNIME ワークフローを紹介します。 【掲載内容】 ■KNIME インターフェース ■SeeSAR 11 の共有結合ドッキング ■試薬メーカーの化合物ライブラリー ■共有結合ドッキングKNIME ワークフローCovXplorer ■解析例 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
電子機器の小型化・高機能化により増大する発熱方向の制御、車載電子機器の 動作温度の維持、排熱再利用による未利用エネルギーの削減などにおいて、 材料による伝導熱の制御（サーマルマネージメント）は1つの課題となっています。 原子の分布、官能基の配向等の原子・分子レベルでの挙動と熱伝導率の関係を 詳細に調べられる分子シミュレーションによるアプローチは、ナノスケールの 情報によるサーマルマネージメント材料の探索手法として利用されています。 当資料では、『SciMAPS』の熱伝導率計算機能を使って、低分子、高分子、 アモルファスと結晶の3つの観点から検討した事例を紹介します。 ぜひご一読ください。 【掲載内容】 ■SciMAPSの熱伝導率計算 ■計算対象 ■計算手順 ■計算結果 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
昨年12月にBIOVIA COSMOlogic製品の2022年版がリリースされました。 製品としては、BIOVIACOSMOtherm、BIOVIA COSMOconf、BIOVIA COSMObase、 BIOVIA COSMOplex&perm、ならびにBIOVIA TURBOMOLEの5製品です。 当資料では、2022年版の新機能や改善された機能について紹介します。 ぜひご一読ください。 【掲載内容】 ■2022年版のトピックス ■融点・融解熱予測のRandom Forestモデル ■複数CPUコアを使用したBIOVIACOSMOthermの並列計算 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
MedeAは、第一原理計算や力場計算を基に 材料のさまざまな物性を算出することができます。 MedeAVASPには、van der Waals（vdW）相互作用を 評価できる手法が搭載されています。 当資料では、MedeAVASPを用いた金属表面への分子吸着を事例として、 その効果について解説します。 【掲載内容】 ■vdW 密度汎関数法 ■ポテンシャルエネルギー曲線と吸着エネルギー ■安定吸着構造の比較 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
GENEVESTIGATORは遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサー（NGS） の膨大な遺伝子発現データをキュレートすることで、様々な研究者により 登録された大量の実験結果を統合して解析可能にします。 当資料では新しい解析ツールであるSample Composition Toolsや 新たに追加された遺伝子発現データについて紹介します。 【掲載内容】 ■Sample Composition Tools ■遺伝子発現データの追加収載 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
低分子の生成モデルであるREINVENTは、近年注目されている ディープ・ニューラル・ネットワークの技術を創薬研究に取り入れた 応用事例として注目されています。 MOEのREINVENT インターフェース（I/F）では、MOE上からREINVENTを実行 するための使いやすいGUIと、強化学習の評価関数として使用できる MOEのさまざまな機能を提供します。 当資料では、REINVENTの概要とREINVENT I/Fの機能や 使用例について紹介します。 【掲載内容】 ■REINVENTの概要 ■REINVENT I/F ■使用例 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
CORINA Classicは、高精度かつ高速に低分子量から中分子量までの 有機分子の三次元分子構造を生成するソフトウェアです。 高品質な三次元分子構造を生成する標準のソフトウェアとして世界的に 認められています。CORINA Classicは、これまで数多くのバージョンアップを 重ねてきており、2021年9月にバージョン4.4.0をリリースしました。 当資料では、CORINA Classicの概要とバージョン4.4.0の 主な新機能について紹介します。 【掲載内容】 ■CORINA Classicの特徴 ■複雑な構造の三次元化 ■バージョン4.4.0の主な新機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
BioSolveIT社のinfiniSeeは、数百億個を超える合成可能あるいは 購入可能な分子群の中より、クエリー構造に類似した構造を 短時間で発見することができます。 当資料では、200億個以上の分子に相当するケミカルスペースである Enamine REALSpaceの中から、infiniSeeを用いたRAF キナーゼ阻害剤の 探索事例を紹介します。 【掲載内容】 ■infiniSee 概要 ■Enamine REALSpace ■RAF キナーゼ阻害剤の類似構造探索 ■RAF キナーゼ阻害剤のScaffold hopping ■他のフィンガープリントとの比較 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
Scilligence 社製統合プラットフォームの新製品Focusは、化学や生物学の データセットで複雑な分析を行うためのウェブベースのデータ解析・可視化ツールです。 RegMolの登録データと外部ソースからインポートしたデータを統合的に扱えます。 SAR解析機能ではRグループ分解が簡単に行え、可視化ツールではさまざまなタイプの チャートでデータのソートやフィルタリングを行えます。 当資料では、新製品Focusの機能を紹介します。 【掲載内容】 ■創薬研究とFocus ■データアクセス ■データ解析 ■データの可視化 ■SAR 解析 ■まとめ ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
Partek Flowは、シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 シーケンサー（NGS）から出力されたリード配列を読み込んで、RNA-seqや DNA-seq等のデータを解析することが可能。 Flowはリード配列の参照ゲノム配列へのアライメント前後の品質保証/ 品質管理（QA/QC）、発現遺伝子量の推定、正規化、発現変動遺伝子の検出など、 RNA-seq データ解析に必要な機能を多数搭載しています。 当資料では、RNA-seq データ解析について紹介します。 【掲載内容】 ■RNA-seq データ解析とは ■参照ゲノム配列へのアライメント ■発現遺伝子の推定と正規化 ■発現遺伝子リストの作成と生物学的解釈 ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
infiniSeeは、無限に近いサイズの化合物空間（ケミカルスペース）の中から 目的分子を高速に探索するツールです。 リード探索、SAR 展開、特許回避を目的とした、購入可能な候補化合物を 簡単な操作で発見します。 Version 3.0 では、100億構造を超える新しいケミカルスペースCHEMriyaへの対応、検索履歴の閲覧、試薬ベンダーへのアクセス機能が追加され、 化合物検索における利便性が各段に向上しました。 【掲載内容】 ■infiniSee概要 ■新しいケミカルスペースCHEMriya ■検索履歴の閲覧 ■試薬ベンダーへのアクセス ■KNIMEインターフェースを用いた他ツールとの連携 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
MedeAは、第一原理計算や力場計算を基に材料のさまざまな物性を算出する ことができるソフトウェアです。 当資料では、新バージョン3.3のアップデート項目について紹介します。 MedeA 3.3では、第一原理計算プログラムVASPが新版6.2に対応し、 分子動力学計算プログラムLAMMPSはオフィシャルな安定版LAMMPS 29Oct20に 更新されました。 また、これらのプログラムの架け橋として、新モジュール「Machine Learning Potential（MLP）」がリリースされました。 【掲載内容】 ■MedeA環境 ■計算エンジン ■生成エネルギー ■力場 ■GPUの活用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
熱力学物性推算ソフトウェアBIOVIA COSMOthermの新バージョン2021に 搭載されたCOSMO-RS-ES（ES：Electrolyte System）法を紹介します。 COSMO-RS-ES法は、COSMO-RS法とPizter-Debye-Huckel モデルを 組み合わせた方法で、COSMO-RS法では考慮が難しい電解液などの イオンを含む系に対応することが可能になります。 “COSMO-RS-ES法の推算事例”などを掲載しておりますので、 ぜひご一読ください。 【掲載内容】 ■COSMO-RS-ES法 ■COSMO-RS-ES 法の推算事例： 酢酸カリウムを添加した酢酸メチル―メタノールの定圧気液平衡 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『Partek Flow』は、シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 シーケンサー（NGS）から出力されたリード配列を読み込んで、 RNA-seqやSingle Cell RNA-seq等のデータを解析することが可能。 当資料では、バッチ効果の低減に利用可能なBatch removal機能について 紹介しています。 【掲載内容】 ■Flowの製品概要 ■Batch removalとは ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
「Reverse Fingerprint Modeling」は、MOEユーザーコミュニティーのための SVLコード交換サイトSVL Exchangeで公開されている統合計算化学システム MOEのアドオンプログラムです。 化合物のさまざまな分子フィンガープリントと活性値の情報を用いて、 活性化合物に共通の部分構造や活性/不活性に寄与する部分構造を特定したり、 ファーマコフォアモデルを構築/評価したりできます。 当資料では、「Reverse Fingerprint Modeling」の概要と4つの機能を 紹介しています。 【掲載内容】 ■Reverse Fingerprint Modelingの概要 ■Motif Detection ■Virtual Pockets ■Fragment Placement ■Activity Scan ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『Chemotargets CLARITY』は、膨大な量のアッセイデータと有害事象レポートを 整理統合して活用することで、隠れた知識を発見し、医薬品開発の効率を 改善する革新的なデータサイエンス・ソリューションです。 アッセイデータは、公共および商用データベースから取得した524万以上の 化合物に対する448万以上の相互作用情報から成り、有害事象情報は、過去50年間 にFAERSから抽出された1500万以上のレポートから成ります。 これらの膨大なデータに対して、Drug Explorer、FAERS Explorer、MedChem Explorer のデータ探索ツールを用いて、有益な知識を引出し、また、独自の予測モデルにより 薬理活性、毒性・安全性、代謝産物の予測を行います。 【掲載内容】 ■はじめに ■Drug Explorer ■Prediction Analysis ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
米国Collaborative Drug Discovery社により開発された『CDD Vault』は、化合物・抗体・細胞などのサンプルの情報とアッセイ情報の管理・共有機能と、電子実験ノート機能を有するクラウドサービスです。 優れた可視化機能を持つ『CDD Vault』は、システム導入や管理に手間をかけることなく、創薬研究データの管理システムをすぐに利用できるため、製薬企業やベンチャー企業、大学、公的研究機関などが共同研究を進めるための プラットフォームとして多数の実績があります。 当資料では、2021年1月以降に実装された新機能について紹介しています。 【掲載内容】 ■CDD Vaultとは ■ユニークIDを使用したサンプルの登録 ■Marvin JSの新しい描画テンプレート ■ELNから登録したエントリーのリンク ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
ChemInnovation Software社製『CBIS』は、研究に使用する資材、研究で 生じた実験データ、参考文献やレポートといった文書など、研究に関わる 多様なデータを統合して管理できるウェブシステムです。 国内外で多数ご導入いただいており、柔軟なカスタマイズ性と優れた コストパフォーマンスで高いご評価をいただいております。 当資料では、配合研究のデータを管理するCBISのレシピ管理モジュールに ついて紹介しています。 【掲載内容】 ■配合研究における情報管理 ■CBISレシピ管理モジュールの機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『SeeSAR』は、メディシナルケミストのために開発された3Dリガンド設計ツールです。 リガンド-受容体間の相互作用解析、分子編集、ドッキングシミュレーション、 フラグメント創薬、リガンド結合部位解析などの様々なSBDD機能が統合されています。 バージョン11では、共有結合ドッキングのサポート、リガンド結合部位探索の刷新、 結合部位の3Dモデルの出力等、多数の機能強化がなされています。 当資料では、SeeSAR11で搭載された新機能を中心に紹介しています。 【掲載内容】 ■SeeSAR 11新機能 ■共有結合ドッキングのサポート ■結合部位探索の刷新 ■結合部位の3Dモデルの出力 ■その他機能強化 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【イプロス初主催】AIを活用したリアル展示会！出展社募集中
