結晶学における定番ソフトウェア
CrystalMaker は、結晶構造を効率的に構築・可視化するツールです。インタラクティブに設計された インターフェースを通じて、周囲との関係を考慮しながら特定の部分を操作したり、複雑な物質構造を 理解するためのモデルを構築できます。 【特徴】 ■従来の結晶学ソフトウェアの枠を大きく超えて、可視化した結果を動的に操作したり、 回転するアニメーションを作成することができます。 ■エネルギーモデリングツールでは結晶構造のエネルギーを最小化 (relax) したり、振動 プロパティを予測したり、各種物性値を予測できます。 ■結晶構造だけではなく分子構造のモデリングや緩和・振動モードの計算を実行できます。 ■付属の CrystalViewer には厳選された分野別構造ライブラリが装備されています。 ■粉末結晶回折ソフトウェア CrystalDiffract と単結晶回折ソフトウェア SingleCrystal を連携して使えば、結晶構造の粉末回折パターン、単結晶の X 線、中性子、TEM 回折 パターンをシミュレーションできます。
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基本情報
■結晶エネルギーの完全モデリング 統合された独自の結晶エネルギーモデリングエンジンが装備されています ■フォノンエクスプローラ 分散曲線と構造アニメーションを含む結晶の振動モードを計算できます。格子波、すなわち「フォノン」は、逆空間の任意の点について可視化できます。 ■温度と圧力のシミュレーション 温度の影響に加えて、オプションで圧力の影響をシミュレーションできます ■高度な 3D グラフィック ■対称性に基づく結晶構造の構築 ■スーパーセルの構築 ■スラブ構造の構築 ■ボリューメトリックデータの可視化 ■分子構造のモデリングと振動モード 大まかな分子構造を手書きで作成したあと、エネルギーを最小化した 3 次元構造に変換できます ■パッキングエクスプローラ 対称性、セルパラメータ、分子の配向や位置を完全に制御したり、Close contacts をリアルタイムに表示しながら、分子から結晶への変換をおこなうことができます。 ■広範なデータのインポートとエクスポート ■厳選された結晶構造ライブラリ ■Win/Mac クロスプラットフォーム
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用途/実績例
DFT で較正したパラメータ化ポテンシャルを使用した力場 (Force field) アプローチ:大規模な系でも DFT のすべてのメリットを、お使いのラップトップ上でリアルタイムに実行可能です。 結合環境を基準としたポテンシャルのスマートな選択:追加のユーザー入力は不要です。 モンテカルロ手法:平衡から遥かにかけ離れた構造、例えば、手書きで作成した結合長が長きすぎたり、結合角が大きく歪んだ粗雑な構造でも緩和できます。 ハイブリッド最小 2 乗サイクルの追加:精緻化の最終段階の精度が向上します。 エネルギーのアウトプット:メニューコマンドを使って、精緻化サイクルの過程、および結果をグラフィック形式で表示できます。 振動モードの計算:結晶 (フォノン) および分子の振動周波数。分子については赤外線スペクトルをシミュレーションできます。
詳細情報
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ペロブスカイト構造を CrystalMaker 11 で緩和した例
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岩塩構造におけるフォノンの光学モードを可視化した例
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1000 K における岩塩のモンテカルロシミュレーション例
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エテン (Ethene) 分子の振動モードの可視化
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Packing Explorer を使用して分子を結晶に詰め込んだ例
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Distance Explorer ウィンドウに非晶質シリカのシリコン原子周囲の距離密度を示した例
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2 つの異なる構造を同じウィンドウ内で組み合わせてスケールを比較した例
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安息香酸の電子密度 (Electron density) をシミュレーションし、(001) 面に投影した例
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Gaussian の CUBE ファイルをインポートして、グラデーションの等値面としてあらわした電荷密度の例
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