リガンドの結合様式を予測するドッキングシミュレーションは、テンプレート、共有結合、電子密度、ファーマコフォアを考慮した結合部位への配置が可能です。リガンドの形状によりタンパク質を動かすInduced-Fitに対応しています。 Potein-Ligand Interaction Fingerprint解析により活性・不活性を判別する相互作用を見いだせます。 受容体の適切な前処理として、PDBデータにおける原子欠損部位の確認と修正、イオン化やトートマーを考慮した水素原子付加状態の決定を行えます。受容体構造からポケット検索は、リガンド結合傾向によるポケットのランク付けが可能です。 結合部位でのリガンド設計は、置換基が付加可能な位置や、分子量やlogP、変異原性の有無などのリガンド特性、ドッキングスコアを評価しながら対話的な分子編集が可能です。 母核置換やフラグメント付加・変換などにより新規リガンド候補を探索できます。フラグメントは150万件以上の構造データを標準で搭載しています。 開発元のウェブページもあわせてご参照ください。 https://www.chemcomp.com/

【動作環境（サーバー）】 CBISは物理サーバー／仮想サーバー、クラウド環境など多様なサーバー環境でご利用いただけます。 ■CPU：Intel Xeon相当、2コア以上 ■メモリ：8GB以上 ■HDD：1GB以上の空き（プログラムのみ） ■OS：Windows Server 2012以降 ■データベース：SQL Server 2012以降 【動作環境（クライアント）】 CBISはウェブシステムなので、ユーザーは利用するパソコンに専用ソフトウェアをインストールする必要はありません。 ■OS：Windows 7以降 ■ウェブブラウザー：Internet Explorer 11以降 【ライセンス形態】 CBISはモジュールごとの年間ライセンスです。使用するユーザー数によってライセンス費用は変わりません。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

デュピルマブは現在、アトピー性皮膚炎と喘息の治療のための臨床試験が行われています。この発現パターンを幅広い疾患に由来する3,230のキュレーションされた発現プロファイルと比較しました。3つの免疫抑制性のモノクローナル抗体、ブロダルマブ、エタネルセプト、インフリキシマブがデュピルマブの発現パターンと最もよく似たパターンをもつものとして特定されました。これらの薬は様々な自己免疫疾患に対して有効であることが知られています。 逆の手法として、デュピルマブの発現パターンと逆のパターンを示す実験条件を検索しました。主要適応症を確認できただけでなく、デュピルマブが類似の発現パターンをもたらす他のいくつかの疾患も特定できました。にきび、乾癬、酒さ、皮膚移植、関節リウマチ、炎症性大腸炎です。この事例は、GENEVESTIGATORがどのように1つの実験/化合物の結果を他のたくさんの実験の結果と効率的に比較して、特定の薬物の潜在的な新しい適応症を特定するのに助けになることができることを示しています。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

MOEは、計算化学者やメディシナルケミスト、バイオロジストなどの様々なユーザーに利用されている分子モデリングソフトウェアです。 低分子、受容体構造、複合体構造などユーザーが持つ実験的な知見に基づき、柔軟かつ適切なアプローチでの分子設計が可能です。LBDD的なアプローチであればSAR解析やファーマコフォア解析、SBDD的なアプローチであればドッキングシミュレーションやフラグメント創薬など、目的にあわせた利用が可能です。 ユーザーフレンドリーなインターフェースを搭載し、初心者でも自由に操作ができます。MOEに搭載されていないアプリケーションは、新規追加も可能で、ユーザーに応じたメニュー編集も可能です。 NAMD, KINIME, Gaussian, GAMESS, MOPAC, Mogul, FlexX、Gold等のサードパーティ製品とMOEを連携させて利用できます。 医薬品開発では、低分子、中分子、抗体など様々な医薬品の設計にMOEは応用されています。 開発元のウェブページもあわせてご参照ください。 https://www.chemcomp.com/

【物性推算機能】 ◎蒸気圧の計算 ◎沸点の計算 ◎溶解度の計算 ◎ガス溶解度の計算 ◎活量係数の計算 ◎Henry定数の計算 ◎分配係数の計算 ◎酸解離定数の計算 ◎多成分2相平衡の計算 ◎状態方程式との連携 ◎臨界定数の予測 ◎引火点の予測 ◎多成分多相平衡の計算 ◎密度・粘度の計算 ◎類似度の計算 ◎界面張力の計算 ◎界面自由エネルギーの計算 ◎反応平衡定数・反応自由エネルギーの計算 ◎イオン液体の各種プロパティの計算 ◎高分子溶融状態への反応 ◎メソスケールパラメータの計算 ◎スクリーニング機能　…など ※詳しくは資料をご覧ください。お問い合わせもお気軽にどうぞ。

◎最も高い精度を持つ力場パラメータ 登録されている力場パラメータは、開発者のCOMPASS等の力場開発における経験と知識に基づいて、作成、検証されています。そのため、現在考えられる最も高い精度を持つ力場パラメータが提供されています。 ◎力場パラメータの作成 量子化学計算の結果から力場パラメータの作成が可能です。非常に複雑なポテンシャル面に、力場のポテンシャル関数を効率よくフィットするパラメータ決定手法を備えており、量子化学計算のデータから信頼性の高い力場パラメータを高速に開発できます。 ◎ 用途に応じた力場データベース 材料設計向けまたはライフサイエンス向けの力場DBいずれかが付属します。いずれも有機低分子、合成高分子、薬物分子等の有機分子全般に対応できるようパラメータを作成しています。材料設計向け力場DBは関数形にAeon社オリジナルのTEAMを採用し、ライフサイエンス向け力場DBには関数形にAMBERを採用しています。 ※詳しくは資料をご覧ください。お問い合わせもお気軽にどうぞ。

【物性推算機能】 ◎蒸気圧の計算 ◎沸点の計算 ◎溶解度の計算 ◎ガス溶解度の計算 ◎活量係数の計算 ◎Henry定数の計算 ◎分配係数の計算 ◎酸解離定数の計算 ◎多成分2相平衡の計算 ◎状態方程式との連携 ◎臨界定数の予測 ◎引火点の予測 ◎多成分多相平衡の計算 ◎密度・粘度の計算 ◎類似度の計算 ◎界面張力の計算 ◎界面自由エネルギーの計算 ◎反応平衡定数・反応自由エネルギーの計算 ◎イオン液体の各種プロパティの計算 ◎高分子溶融状態への反応 ◎メソスケールパラメータの計算 ◎スクリーニング機能　…など ※詳しくは資料をご覧ください。お問い合わせもお気軽にどうぞ。

プロプロテイン変換酵素サブチリジン／ケキシン9型(PCSK9)は血漿中のコレステロールの恒常性の調節に対して極めて重要な酵素です。それは低比重リポタンパク質(LDL)受容体パスウェイおよび肝臓でのLDLの分解の天然阻害剤として働きます。 GENEVESTIGATORを使った詳細な解析によりPCSK9の発現は栄養状態およびスタチン治療により直接間接の両方で調節されていることが確かめられました。さらに、PCSK9の恒常性は炎症性大腸炎や消化管癌のような消化管の疾患で変動しています。脂肪酸代謝に関連するいくつかの遺伝子が主な共発現する遺伝子として確認されました。 最後に、我々の解析結果はPCSK9が気管支上皮細胞で高発現しておりこの組織で主要な役割を果たしている可能性があることを示しています。

　RNA シークエンス（RNA-seq）は数多くの新しい発見をもたらしています。RNA-seq を使うことで、次のような解析が可能になります。 　　1. 遺伝子発現解析 　　2. 転写産物発現解析 　　3. 選択的スプライシング解析 　　4. 新規エクソンや新規転写産物の発見 　　5. アリル特異的発現解析 　　6. コーディング領域のSNV 解析 　　7. パスウェイ解析や生物学的解釈 　Partek Flowを使って1～4、Partek Genomics Suiteを使って5～6、Partek Pathwayを使って7のデータ解析を行います。 　この実験ではユーイング肉腫から得られた2 つのがん細胞株を比較します。原発性細胞株と転移性細胞株です。同じ患者から得られたがんではない線維芽細胞を “正常”として対照群にします。正常組織とがん組織の間のゲノムの変化に加えて、原発性のがんが転移性のがんになり他の組織へ広がっていくメカニズムについても解析します。

第4章第2節（「MOE」を用いた創薬研究の効率化）の概要は以下の通りです。 創薬研究における膨大な情報を整理して作業仮説を検証するためのプラットフォームという観点から、MOEの特長と、MOEを利用した創薬研究の効率化の事例について解説しています。MOEのアプリケーション実行環境と開発環境を統合化したプットフォームとしての役割と展開について詳細な解説を行い、MOEに搭載のSBDD (Structure Based Drug Design) 機能を中心に、データ収集・管理、複合体の相互作用解析、新規リガンド設計における効率化の事例を紹介しています。

(注1)2018年1月31日に株式会社技術情報協会が発刊した創薬研究の技術書籍です。 【「in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術」概要】 コンピュータの処理能力の速さを活かしつつ、計算コスト増大の課題をいかに克服するか？」をメインテーマに、 インシリコ創薬を成功に導く計算化学やスパコン、データベース構築の重要技術を掲載。 【第4章第2節「「MOE」を用いた創薬研究の効率化」の概要】 MOEのアプリケーション実行環境と開発環境を統合化したプラットフォームとしての 役割と展開について詳細な解説を行い、MOEに搭載のSBDD (Structure Based Drug Design) 機能を中心に、 データ収集・管理、複合体の相互作用解析、新規リガンド設計における効率化の事例を紹介しています。

※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。