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株式会社モルシス

設立平成28年12月5日
資本金3000万
従業員数21名
住所東京都中央区八丁堀三丁目19番9号 ジオ八丁堀7階
電話03-3553-8030
  • 特設サイト
  • 公式サイト
最終更新日:2024/08/19
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ケーススタディ(ライフサイエンス) ケーススタディ(ライフサイエンス)
ケーススタディ ケーススタディ
ケーススタディ(ライフサイエンス)

ケーススタディ(ライフサイエンス)

分子モデリングから構造活性相関までライフサイエンス関連の様々な応用事例を紹介しています。

統合計算化学システムMOE:アドオンツール『MOE-QFSS』

化合物ライブラリーから高速検索可能!類似構造検索にも対応のMOEアドオンツール

『MOE-QFSS』は、複数の巨大な化合物ライブラリーから、高速かつ横断的に 構造検索を行うためのMOEのアドオンツールです。 リレーショナルデータベースを使用することなく、ユーザーはMOEのみで 高速な分子構造検索が可能です。 高速な化合物検索を通して、分子設計やバーチャルスクリーニングの現場を 強力に支援します。 【特長】 ■部分構造の超高速検索 ■類似構造検索に対応 ■分子記述子フィルター ■化合物ライブラリーの追加 ■連続検索に対応 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【製品紹介】MOE 2024.06リリース

計算化学者から実験研究者の方まで幅広くご利用いただいているシステムの新バージョン!

当資料では、統合計算化学システム「MOE」の新バージョンについて ご紹介しております。 Amber:EHT力場のアップデートやCapture機能の追加、データベース機能の 強化、リガンドの二面角を評価する機能の追加などについて詳しく解説。 その他、配座解析、量子化学計算インターフェース、MOEsaic、 ファーマコフォア検索などの機能が強化されました。 【掲載内容(一部)】 ■Amber:EHT力場のアップデート ■Capture機能の追加 ■データベース機能の強化 ■リガンドの二面角を評価する機能の追加 ■配座解析の機能強化 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。

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MOEを用いた受容体構造に基づく分子設計(SBDD)

受容体構造を用いた化合物のドッキングシミュレーション

MOEを用いたStructure-Based Drug Design(SBDD)が可能です。標的タンパク質の適切な前処理、ポケット探索、ドッキングシミュレーション、ドッキングスコアによる評価、リガンド結合状態の解析を通して適切な分子設計とバーチャルスクリーニングを行えます。 以下のような解析が可能です。 ■ドッキングシミュレーション ■受容体構造の確認と前処理(原子欠損の確認と修正) ■水素原子付加状態の決定 ■ポケット探索 ■フラグメント結合位置検索 ■結合部位中での分子設計 ■リガンド-受容体との相互作用解析 ■Potein-Ligand Interaction Fingerprint解析 ■母核置換とのフラグメントベースの分子設計 ■3D-RISM法による溶媒解析 ■タンパク質表面解析 ■SBDDのためのプロジェクトデータ構築

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『MOEsaic』SAR解析のためのウェブアプリケーション

実験研究者のための構造活性相関(SAR)解析アプリケーション。化合物と物性・活性との関係をウェブブラウザーを用いて解析。

『MOEsaic』は、SARデータを解析したり、トレンドの可視化、新しい仮想リード化合物、ドキュメント作成のためのMOE/webのアプリケーションです。 MMP解析とR-groupプロファイリング、新規構造デザインのためのスケッチ、プロパティ予測を特長としており、合理的なインターフェースによりプロパティ・クリフやフラグメントのSAR可搬性を素早く評価することが可能です。 【特長】 ■構造-活性、属性の関係の探索 ■SARデータとトレンドの可視化 ■部分構造探索と類似構造探索 ■R-groupのプロファイリングと解析 ■新規の仮想リガンドのデザイン ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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『MOE-AutoGPA』による3D-QSAR解析

MOEにCoMFA法/CoMSIA法による3D-QSAR解析を追加。化合物構造の3次元構造に用いた合理的な分子設計が可能。

『MOE(Molecular Operating Environment)』は、カナダCCG社が独自に開発したSVL(Scientific Vector Language)を搭載する統合計算化学 システムです。 使いやすいインターフェイス、ソースコード公開の豊富なアプリケーション、目的に応じて使い分けできる複数の使用モード、柔軟なライセンス形態により幅広い分野の研究者のニーズに答えることのできるソフトウェアです。 CoMFAに基づき自動的に3D-QSARモデルの構築を行うMOEのアドオンプログラム「AutoGPA」では、三次元記述子として、新たに水素結合のドナー/アクセプターや芳香環のファーマコフォア、部分電荷、LogP、モル屈折などの幅広い特性を用いたCoMSIA法をサポートします。 【特長(AutoGPAのCoMSIA法)】 ■多様な物理化学的特性を3D-QSAR式に含める ■3D-QSAR 式の各特性の係数の大きさと位置から、物理化学的な特性を予測 ■CoMFA法と比較して、より具体的な特性の予測が可能 ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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『MOE-ASEDock』高精度ドッキングプログラム

リガンドの結合様式を予測!より精度の高いモデル化と計算の高速化を実現!

『ASEDock』は、統合計算化学システム「MOE」で利用可能なドッキングプログラムです。 低分子などの様々なリガンド候補化合物とタンパク質とのドッキング構造を 高速かつ高精度に予測。受容体ポケットの形状をモデル化した「ASEモデル」と、化合物配座の適合性を評価することで、効率的なドッキングシミュレーションを行います。 化合物のバーチャルスクリーニングに対応し、リガンドの部分構造重ね合わせや、タンパク質構造の誘導適合など数多くのオプション機能が搭載されています。 【特長】 ■化合物の配座を出力 ■様々な環状化合物に対しても適切な配座解析を行う ■配座の重複を除くことで計算の効率を上げる ■妥当な化合物の配置を効率的に発見 ■受容体ポケット内で化合物を構造最適化 ■Induced-Fit(誘導適合)にも対応 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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MOEを用いた分子モデリング・分子シミュレーション

孤立系・分子凝集系など目的に応じた柔軟な分子構築が可能

MOEは、創薬・ライフサイエンス研究のための統合計算化学プラットフォームです。様々な分子モデルを簡単な操作で構築できます。 拡張ヒュッケル法を用いた力場パラメーターの自動作成により、低分子、タンパク質、核酸、合成ポリマー、そららの複合体に対して適切なパラメーターを割り当て、従来の分子の種類に応じた力場選択の迷いを排除することができます。 分子構造の前処理として、タンパク質の立体構造の確認と修正、水素原子付加状態の最適化などが可能です。 以下のような分子構築に対応しています。 ■低分子 ■ペプチド・タンパク質 ■アミノ酸配列 ■変異体構築 ■DNA ■糖鎖 ■合成ポリマー ■溶媒分子やカウンターイオンの配置 ■バルクモデル(液滴、周期境界条件) ■スケッチャーツールからの分子のコピー&ペーストに対応 以下のような分子シミュレーションが可能です。 ■構造最適化計算 ■配座解析 ■分子動力学計算 ■量子化学計算 ■スペクトル予測(NMR, VCD) ■分子アラインメント ■3D-RISM法による溶媒解析 ■ドッキングシミュレーション

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『MOE』結合部位における溶媒解析

3D-RISM 法に基づいて分子周辺の水分子の役割を高速かつ高精度に解析

MOE に搭載されているSolvent Analysis は、3D-RISM 法に基づいて、 分子周辺の水分子の役割を高速かつ高精度に解析することができます。 分子系における水分子の確率密度分布を計算し、さらに結合自由エネルギーにおける水分子の寄与を計算します。 Solvent Analysis は溶媒効果を可視化することで、タンパク質-リガンド間の相互作用の理解と新規リガンド設計を支援します。 【Solvent Analysis の特長】 ■3D-RISM 法に基づいて1 分子系あたり数分で計算 ■複合体、リガンド、受容体の各分子系を同時に処理 ■計算には水分子の相関を考慮 ■水分子だけでなく、イオンや疎水性原子の存在確率も可視化 ■長時間のシミュレーションが不要 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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『MOE』タンパク質変異体解析

バイオロジクス研究のためのタンパク質デザイン機能やタンパク質解析機能を搭載

「MOE」のタンパク質デザイン機能は、タンパク質立体構造データをもとに網羅的に変異体モデルを構築し、さらに変異による物性値への影響を予測します。 その他に、タンパク質解析の為の様々な機能が搭載されており、簡単に タンパク質の特性解析が行えます。 バーチャルファージディスプレイによりある物性にフォーカスしたタンパク質/ペプチドライブラリーの構築が可能です。 【タンパク質デザイン機能】 ■Alanine Scan ■Disulfide Scan ■Resistance Scan ■Residue Scan ■Sample Sequence ■Sequence Design 【特性解析】 ■親和力計算 ■熱安定性予測 【タンパク質解析機能】 ■タンパク質-タンパク質ドッキング ■ループモデリング/リンカーモデリング ■物性推算 ■表面パッチ解析(疎水性/電荷) ■ラマチャンドランプロット解析 ■接触表面積解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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『MOE』ペプチド解析

ペプチドの解析、改変、構築を支援する多彩な機能で研究をサポートします

「MOE」はペプチド解析のための機能を多数搭載しております。 変異体解析として自動的な変異体モデルの構築と、各種物性値の推算などが可能です。 相互作用解析では、ドッキング計算によるペプチド-受容体複合体の構造 予測などが行えます。表面解析機能により分子表面の特徴づけも行えます。 配列を指定しペプチドを構築することも可能です。ペプチドの解析、 改変、構築を行える多彩な機能により研究をサポートします。 【特長】 ■ペプチド構築 ■変異体解析 ■相互作用解析 ■表面解析 ■構造解析 ■非天然アミノ酸(特殊アミノ酸)の構築/変異もサポート ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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統合計算化学システム『MOE』核酸モデリング

統合計算化学システム『MOE』の核酸モデリング機能

『MOE』は、柔軟な核酸モデリングが可能です。 二本鎖および一本鎖核酸を容易にモデリングでき、修飾核酸にも対応。 塩基配列のセンス、アンチセンス表示や塩基配列のアライメント、 核酸構造の重ね合わせも可能です。 また、構築した核酸の物性推算や、ドッキング計算による核酸-タンパク 質複合体の構造予測ができます。 核酸の配列・立体構造・相互作用・物性を相互に関連付けて 解析することで、核酸創薬の現場を強力に支援します。 【特長】 ■核酸の構築、伸長、修正のための専用パネルを搭載 ■核酸用パラメーターの改良 ■一本鎖および二本鎖の構築、伸長、編集 ■アンチセンス対応 ■核酸のアライメント・重ね合わせ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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MOE-Extensions for KNIME

簡単かつ柔軟なワークフロー作成!KNIMEで動作するMOEインターフェイス

『MOE-Extensions for KNIME』は、MOEをワークフローツール 「KNIME」上で使用するためのインターフェイスです。 当製品を利用することで、化合物や受容体構造の前処理、 ドッキング、FBDD、ファーマコフォア検索などのMOEによる 連続的な処理を容易に定義できます。 【特長】 ■誰でも分かりやすい形で計算プロトコルを定義 ■プログラミング不要で作業を自動化 ■処理の追加、削除、順番の入れ替えが容易 ■創薬研究のための多数のノードを提供 ■KNIMEの他ノードとの連携が容易(機械学習等) ■ユーザーオリジナルノードの作成が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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『MOE』抗体モデリング

アミノ酸配列からの抗体の自動モデリング。Ig、Fv、Fab、scFv、ヒト化抗体の構築。抗原とのエピトープマッピングに対応。

統合計算化学システム「MOE」の抗体モデリング機能では、抗体配列の 入力、抗体データベースに対するホモロジー検索、適切なキメラテンプレートの選択、モデル構造構築、構造最適化という一連のプロセスをシームレスに行うことができます。 相補性決定領域(CDR)を自動認識して配列アラインメントを行い、 それぞれの CDR について適切なテンプレートを自動的に選択します。 予測した抗体構造は、抗原との親和性、PPI解析、物性評価、エピトープマッピングなど様々な解析に利用できます。 【機能】 ■抗体データベース ■領域別のアノテーション ■抗体のための相同配列検索 ■抗体モデリング ■Ig 全長、fab、 Fv、sdAb、ヒト化抗体 ■表面パッチ解析 ■タンパク質ータンパク質ドッキング ■エピトープ・マッピング ■タンパク質の物性推算 ■ループ/リンカーモデリング ■MOE/webアプリケーション ■モデリングの自動化 カタログを刷新しました。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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MOE抗体設計アプリケーション

コンピューターで抗体モデリング・抗体設計を行うための有用なアプリケーションを搭載

近年、抗体医薬品開発を効率化するためにインシリコによる合理的な設計が益々重要となっています。 統合計算化学システム MOEは、低分子、ペプチド、抗体、核酸などの広範なスケールの分子の設計に活用でき、創薬モダリティー開発に対応した分子モデリングソフトウェアです。ホモロジーモデリング、タンパク質デザイン、バーチャルファージディスプレイ、エピトープマッピング、分子表面解析、物性推算、化学的修飾候補部位の検出など抗体設計に活用できるアプリケーションがMOEには統合されています。 Fv、Fab、F(ab’)、rIgGなどの各領域、抗体の全長構造、二重特異性抗体(bispecific抗体)、一本鎖抗体(scFv)、ADC(Antibody-drug conjugate)、VHH/VLL抗体など様々な抗体構造のモデリングと設計をMOEはカバーします。構築した抗体と抗原の分子間相互作用解析、Developability(開発可能性)の評価などが可能です。 MOEは、計算化学者から実験研究者まで幅広く利用されています。 無料アプリケーション紹介セミナーも開催中(お問い合わせください)

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「MOEの分子構造データベースと創薬への活用」の資料進呈

『MOEの分子構造データベースと創薬への活用』技術資料を配布中!

「MOE」は、創薬研究・生命科学研究のためのアプリケーションを統合した 計算化学プラットフォームです。 アプリケーションの実行環境のみならず、分子構造データベース機能や 開発環境も統合されているのが大きな特長です。 アプリケーションとして、ドッキングシミュレーション、分子動力学計算、 SAR解析、ライブラリー解析、フラグメント創薬ファーマコフォア解析、 タンパク質モデリング、変異体解析等が搭載。 また、分子、文字列、数値を統合して管理できる分子構造データベース機能が搭載。 MOEの分子構造データベースの特長と、アプリケーション事例が紹介された記事 「MOEの分子構造データベースと創薬への活用」 の記事を配布中です。 「お問い合わせ」より「抜刷送付希望」とご記入の上お申し込みください。 本資料は、書籍「タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例」の抜粋記事です。 https://www.gijutu.co.jp/doc/b_2206.htm ※詳しくは、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【技術情報】MOE 分子糊開発用アプリケーション紹介

分子糊の開発を支援!統合計算化学システム MOE 上で分子糊とタンパク質との三元複合体構造のモデリングを容易に行うことが可能

当資料では、統合計算化学システムMOE上で動作させる「Molecular Glue Modeling Tool」 について ご紹介しております。 分子糊の開発を支援するMOEのカスタムアプリケーションであり、 2つのアプローチにより分子糊を介した三元複合体構造のモデリングを 容易に行うことが可能。 検証結果なども掲載しており、導入検討の際に参考にしやすい 一冊となっております。ぜひ、ご一読ください。 【掲載内容】 ■分子糊とは ■Molecular Glue Modeling Tool ■モデリング手法の検証結果 ■プログラムの入手方法 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【技術情報】MOE: CLEの紹介

様々な特性に基づいて試薬と生成物を対話的にフィルタリング!新規アプリケーションのご紹介

MOE 2022.02には新規アプリケーションとして「Combinatorial Library Enumeration(以下、CLE)」が追加されました。 CLEは、化学反応に基づいてコンビナトリアルライブラリーを生成するとともに化合物の合成に必要な反応試薬の検索を行うことのできるウェブアプリケーションです。 分子記述子や化学基、保護基などの様々な特性に基づいて試薬と生成物を対話的にフィルタリングでき、 列挙された試薬や生成物の内容を動的に調整することが可能。 当資料では、CLEの機能の詳細を紹介します。 【掲載内容(一部)】 ■CLE概要 ■CLEのメイン画面 ■Reagent Catalogsペイン ■Reactionペイン ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【技術情報】MOE-FTrees インターフェイス

開発言語SVLを用いて当社が開発!解析例や実行環境などを掲載しています

当資料では、独BioSolveIT社が開発した「FTrees」を、統合計算化学システム「MOE」から実行させるためのインターフェイスを紹介します。 本インターフェイスはMOEの開発言語SVLを用いて当社が開発したもので、通常コマンドラインで実行する化合物ライブラリーあるいは巨大なケミカルスペースからの類似構造検索を、MOEウィンドウ上で実行可能。 「MOE」と「FTrees」を使用されているユーザーには無償で提供します。 【掲載内容】 ■FTrees ■MOE-FTrees インターフェイス ■解析例 ■その他の実行環境 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【新製品情報】MOE 2022.02の新機能

効率良く計算可能!MOE 2022.02の主な新機能や機能強化をご紹介

MOE 2022.02では、高性能なM1チップ搭載Macがサポートされることに加え、 タンパク質モデリング関連のアプリケーションでGPUを使用した計算が できるようになり、これまで以上に効率良く計算できるようになりました。 さらに、Hydrogen Mass Repartitioningによる分子動力学計算、ウェブベースの コンビナトリアルライブラリー生成、MOEsaicでのドッキング計算が新機能として 追加されました。 当資料では、MOE 2022.02の主な新機能や機能強化を紹介します。 【掲載内容(抜粋)】 ■サポートするハードウェアの拡充 ■UIの機能強化 ■糖鎖関連機能の強化 ■HMRによるMD計算 ■対応ファイルフォーマットの拡充 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【技術情報】統合計算化学システム『MOE』

「Reverse Fingerprint Modeling」の概要と4つの機能をご紹介!

「Reverse Fingerprint Modeling」は、MOEユーザーコミュニティーのための SVLコード交換サイトSVL Exchangeで公開されている統合計算化学システム MOEのアドオンプログラムです。 化合物のさまざまな分子フィンガープリントと活性値の情報を用いて、 活性化合物に共通の部分構造や活性/不活性に寄与する部分構造を特定したり、 ファーマコフォアモデルを構築/評価したりできます。 当資料では、「Reverse Fingerprint Modeling」の概要と4つの機能を 紹介しています。 【掲載内容】 ■Reverse Fingerprint Modelingの概要 ■Motif Detection ■Virtual Pockets ■Fragment Placement ■Activity Scan ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【技術情報】MOE:SVL Exchange:AutoPH4

リガンド結合部位から自動的にファーマコフォアモデルを作成するアドオンプログラム

『SVL Exchange』は、統合計算化学システム「MOE」のアドオンプログラムを 共有するためのウェブサイトです。 300以上のアドオンプログラムが公開されており、それらは簡単に「MOE」に インストールして使用できます。 当資料では、『SVL Exchange』で公開されている「AutoPH4」や、当社開発の アドオンプログラムをご紹介しています。 【掲載内容】 ■MOEの開発言語SVL ■AutoPH4 ■当社開発のアドオンプログラム ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【新製品情報】MOE 2020.09 の新機能

MDシミュレーションのインターフェースが一新!メニューバーもさまざまな言語に変更可能!

当資料では、統合計算化学システム『MOE 2020.09』の主な新機能や機能強化を ご紹介しています。 日本語をはじめとする多言語がサポートされるようになり、大規模計算のための フレームワークなどが新機能として追加。 また、ドッキング、タンパク質の物性推算、抗体モデリング、MOEsaicの機能も 強化され、プロジェクトデータベースも更新されました。 【掲載内容】 ■日本語などの多言語のサポート ■ONIOM法によるQM/MM計算 ■MDシミュレーションインターフェースの  機能拡張と再生プレイヤーの追加 ■HPCフレームワークの強化 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【セミナー情報】MOEフォーラム2020 開催報告

統合計算化学システム!5名の先生方にMOEを活用した研究事例についてご講演いただきました

当資料では、日英同時通訳付きウェビナーとして開催した 「MOEフォーラム2020」の招待講演と開発元の講演を紹介します。 生命科学、創薬研究の分野の先端で活躍されている5名の先生方に MOEを活用した研究事例についてご講演いただきました。 また、開発元のCCG社からは、対話的なSAR解析が行える MOEウェブアプリケーションのMOEsaicの機能強化、タンパク質の 開発可能性や化学修飾部位予測にかかわる物性推算機能の応用事例、 次バージョンのMOEやPSILOの機能について発表しました。 ぜひ、ご一読ください。 【掲載内容】 ■招待講演 ■Chemical Computing Group社講演 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【技術資料】MOE のHLA 解析アプリケーションの紹介

統合計算化学システム「HLA-Modeler」「HLABAP」の概要と特長および解析例をご紹介

ヒト白血球型抗原(HLA)の立体構造は細胞性免疫の分子機構を解明する ために重要な分子です。 当社では、MOE上で動作するHLAに特化したホモロジーモデリングツール 「HLA-Modeler」とHLA 結合抗原性ペプチド予測ツール「HLABAP」を 開発しました。 「HLA-Modeler」は、構造未知のHLA の立体構造を既知のHLAの構造を参照し 予測。「HLABAP」はHLA に結合する任意のペプチドの結合強度を予測し、 親和性の高いペプチド配列を提案します。 当資料では、これらのツールの概要と特長および解析例について説明します。 【掲載内容】 ■HLA-Modeler の概要 ■HLA-Modeler の特長 ■HLABAP の概要 ■HLABAP の特長 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【技術資料】MOEsaic機能紹介

MMP解析機能とカスタムプロパティーモデルBOILED-Eggの導入事例をご紹介!

『MOEsaic』は、構造活性相関/構造物性相関解析を行うための MOE/web アプリケーションです。 Matched Molecular Pairs解析やR-group解析等の合成研究者に使用頻度の 高い機能を統合しており、母核・置換基と活性・物性の関係を分かり やすくまとめ、ウェブブラウザー上に可視化。 当資料では、MOEsaicに搭載されているMMP解析機能とカスタムプロパティー モデルBOILED-Egg の導入事例をご紹介いたします。 【掲載内容】 ■MOE/web ■MOEsaic概要 ■MMP Profileによるマジックメチル効果の探索 ■Interesting MMPによるActivity Cliffの探索 ■カスタムプロパティーモデル ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【製品紹介】PSILO 2024.06リリース

PSILO 2024.06で追加された新機能・機能強化をご紹介!

当資料では、タンパク質立体構造データベースシステム「PSILO」の アップデートについてご紹介しております。 PSILO 2024.06でアップデートされたRNAファミリー、クライオ電子顕微鏡法 (CryoEM)、AlphaFold構造、インフラ関連の機能について解説。 「PSILO」は、分散する公共データやインハウスデータを一元管理し、 独自の検索機能や解析機能により創薬研究を支援します。 【掲載内容】 ■RNA配列のアノテーション ■表示の高速化とファミリーのアノテーション表示 ■CryoEM関連のアップデート ■AlphaFold構造のPAEプロットのサポート ■生物学的機能単位の定義と表示 ■インフラ関連のアップデート ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。

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タンパク質立体構造データベースシステム『PSILO2016.1』

タンパク質立体構造データ共有を支援!クオリティーサマリー表示なども可能!

「PSILO」は、生体高分子やタンパク質-リガンド複合体構造情報の データベースシステムです。 タンパク質立体構造データを整理して、多様な条件で検索可能にし、データの 共有を支援します。公共データやインハウスデータなどの分散するタンパク質 立体構造データを統合し、ウェブベースのインターフェースから容易に 活用可能です。 2016年末にリリースされた『PSILO 2016.10』では、タンパク質結晶構造解析 で利用されるCootを直接起動できるようになったほか、レコード表示に クオリティーサマリーを追加、構造因子(F)、σA 値(D)、fi gure of merit値(m) を利用した2mFo-DFcやmFo-DFcマップの計算が可能になるなどの機能が追加されました。 【新機能】 ■レコード表示(Cootの起動) ■クオリティーサマリー表示 ■電子密度マップ表示 ■検索(2Dスケッチャー、リガンド類似度ソート) ■3D構造検索結果の重ね合わせ ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【新製品情報】PSILO 2022.02の新機能

創薬研究を支援!PSILO 2022.02で追加される新機能をご紹介

『PSILO』は、生体高分子やタンパク質-リガンド複合体構造情報の データベースシステムです。 公共データやインハウスデータを統合的に管理し、独自の検索機能や 解析機能により創薬研究を支援します。 PSILO 2022.02では、データベースの連携機能が新たに追加されました。 さらに、構造バリデーション機能やタンパク質ファミリーの管理機能が 強化され、より便利に使いやすくなりました。 当資料では、PSILO 2022.02で追加される新機能を紹介します。 【掲載内容】 ■データベースの連携 ■AlphaFold ■構造バリデーション機能の強化 ■ファミリーの管理機能の強化 ■MOEとの連携 ■その他の新機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【新製品情報】SBDD統合ツール『SeeSAR 13』リリース

SeeSAR 13にフラグメント創薬のため新機能を追加、計算アルゴリズムが改良されました!BioSolveIT社製創薬支援ツール

当資料では、「SeeSAR 13」で更新された機能とDrugathon 2023の開催報告 を掲載しております。 「SeeSAR」は、メディシナルケミストのためのStructure-Based Drug Design (SBDD)統合ツール。新製品の「SeeSAR 13」 がリリースされ、新機能として リガンドの構造展開を支援する「MedChemesis」が追加。 そのほか、タンパク質表面描画機能の強化などの情報を 多数ご紹介しております。是非、ご一読ください。 【掲載内容(一部)】 ■SeeSAR 13の概要 ■新機能:MedChemesis ■タンパク質表面描画機能の強化 ■3Dモデルファイル出力機能の強化 ■フィルタリング機能の強化 ■Drugathon 2023開催報告 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【新製品情報】SeeSAR 11リリース

共有結合ドッキングのサポートなど多数の機能強化!新機能を中心にご紹介します

『SeeSAR』は、メディシナルケミストのために開発された3Dリガンド設計ツールです。 リガンド-受容体間の相互作用解析、分子編集、ドッキングシミュレーション、 フラグメント創薬、リガンド結合部位解析などの様々なSBDD機能が統合されています。 バージョン11では、共有結合ドッキングのサポート、リガンド結合部位探索の刷新、 結合部位の3Dモデルの出力等、多数の機能強化がなされています。 当資料では、SeeSAR11で搭載された新機能を中心に紹介しています。 【掲載内容】 ■SeeSAR 11新機能 ■共有結合ドッキングのサポート ■結合部位探索の刷新 ■結合部位の3Dモデルの出力 ■その他機能強化 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【新製品情報】SeeSAR 10 リリース

概要をはじめ、分子表面のクリッピング機能などを掲載!創薬支援ツールのご紹介資料です

独BioSolveIT社から、SBDD統合ツールの新版『SeeSAR 10』がリリースされました。 従来の操作性はそのままで、より直感的に使用できるようにGUIを再設計。 その他の新機能として、タンパク質の構造改変を行うProtein Editor モード、 結合部位の形状や深さの視覚化を支援する分子表面のクリッピング機能、 SMARTS表現を用いたファーマコフォア拘束、フラグメント伸長のための フラグメントライブラリーの選択機能が追加されました。 当資料では、当製品の概要を紹介します。 【掲載内容】 ■SeeSAR 10 の概要 ■GUI の刷新 ■Protein Editor モード ■分子表面のクリッピング機能 ■SMARTS 表現を用いたファーマコフォア拘束 ■フラグメント伸長のためのフラグメントライブラリーの選択 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【製品紹介】infiniSee xREAL リリース

2024年秋、独BioSolveIT社からリリース!xREAL Spaceから構造探索を行うソフトウェアをご紹介

当資料では、ケミカルスペース高速探索ツール「infiniSee xREAL」について ご紹介しております。 「infiniSee」および「infiniSee xREAL」の特長をはじめ、関連する ウェビナー情報についても掲載。 「infiniSee xREAL」はxREAL Spaceからの構造探索に特化したソフトウェアで、 従来の「infiniSee」と同じく3つの探索モードが搭載されており、膨大な ケミカルスペースからの高速な構造探索を可能にします。 【掲載内容】 ■infiniSeeとは ■infiniSee xREAL ■infiniSee xREALのウェビナー  『infiniSee xREAL:Perspectives on the 2.4-Trillion-  Sized Compound Supercluster』 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。

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【技術情報】バイオベンチャーの研究データ管理への利用

バイオベンチャー企業のライフサイクルを通して研究業務を強力に支援! 研究情報共有システムCDD Vaultの利用メリットをご紹介

当資料では、創薬研究情報共有クラウドシステム「CDD Vault」の概要と、バイオベンチャー企業での利用メリットについてご紹介しております。 CDD Vaultは幅広い分野の研究データを一元管理してリアルタイムに共有することで、所属、所在地や専門分野などが異なる多数の研究者同士のコラボレーションを実現し、研究業務を効率化します。 企業設立時のデータインフラ構築から、新薬候補のライセンスアウトや大手企業による買収などに際してのデューデリジェンスまで、バイオベンチャー企業のライフサイクルを通してCDD Vaultは役立ちます。 【掲載内容】 ■CDD Vaultの概要 ■Part 1:データインフラの構築 ■Part 2:新たな知見の発見の支援 ■Part 3:コラボレーションの支援 ■Part 4:投資家やパートナーとの知的財産の安全な共有 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。

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【製品紹介】DISGENETアップデート

Version24.1より後に行われたデータベース登録データ数の更新や機能の追加を紹介!

当資料では、疾患関連遺伝子&変異データベース「DISGENET」のアップデート についてご紹介しております。 「DISGENET」のデータベースに登録されているスコアについての解説をはじめ、 v24.2より追加されたアプリケーションなどについて掲載。 「DISGENET」は、ヒトの疾患に関連する遺伝子や変異のデータを専門家により キュレートし統合することで、疾患の遺伝的要因や薬の反応に関する正確な情報を 提供します。 【掲載内容】 ■はじめに ■登録データ ■DISGENET Cytoscape App ■AI Assistant ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。

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電子実験ノート『Scilligence ELN』

低分子化合物から生物製剤まで幅広い創薬モダリティに対応したクラウド型電子実験ノート

Scilligence ELNは創薬に関わるさまざまな実験を記録できる電子実験ノートです。メディシナルケミストリー、プロセス化学、バイオアッセイ、毒物学、製剤検討など幅広い分野に対応しています。 ウェブブラウザーから簡単に登録・閲覧でき、プロジェクト単位での情報共有が可能なため、社内外での共同研究の促進に貢献します。

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研究情報共有システム『CBIS』 創薬研究や材料開発に最適

研究情報を効率的に管理して情報資産としての価値を向上!利用人数に制限がないウェブシステムなので社内外のコラボレーションに最適!

『CBIS』は、化合物・細胞株・プラスミド・プレートなどの実験材料、プレートアッセイ結果や機器分析結果などの実験データ、報告書や参考文献などの関連文書といった研究に関わるあらゆるデータを統合的に管理する研究情報共有システムです。 『CBIS』はデータの種類ごとにモジュール化されています。化合物やアッセイ結果などの主要な研究データの管理システムは、基本的な機能を盛り込んだモジュールのテンプレートを利用して迅速に構築することができます。 【CBISの代表的なモジュール】 ■化合物(カタログ/在庫) ■アッセイデータ ■HTS(プレート/一次スクリーニング/二次スクリーニング) ■合成化学向け電子ノート ■バイオ研究向け電子ノート ■試薬 ■プラスミド ■細胞株 ■文書 ■プロジェクト ■材料管理(原材料/レシピ/実験結果/規格) 新規のモジュールを開発する際には、多数のパーツを組み合わせるイージーオーダー型の手法を取ることで、ご要望に沿ったシステムの導入を短期間で実現します。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【技術情報】CDD Vault: 2024年4月以降の新機能紹介

深層学習モデルによる類似構造探索や用量反応プロットなどを機能強化! 研究情報共有システムCDD Vaultの新機能をご紹介

創薬研究情報共有クラウドシステム『CDD Vault』は、化合物、ペプチド、DNA/RNA、混合物、抗体、および細胞などの研究資材の情報(Molecules)とアッセイ情報(Protocols、Runs)の管理・共有機能、電子実験ノート機能、および可視化機能を有するクラウドサービスです。研究者同士の情報共有と共同作業を促進し、研究業務を効率化します。 当資料では、2024年4月以降に追加された新機能をご紹介しております。 ■深層学習モデルによる類似構造探索機能の強化 ■用量反応プロット機能の強化 ■構造非表示ユーザーの指定 ■その他の新機能 詳細な内容はぜひダウンロードしてご覧ください。 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。

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【技術情報】ClarityVistaアップデート

データの可視化および解析ツールを提供する統合プラットフォームをご紹介!

当資料では、安全性知識ベースプラットフォーム『ClaritySuite』の のアップデート情報をご紹介しております。 今回のアップデートにより、各毒性・安全性データが増強されたとともに、 非臨床試験における代謝情報、臨床試験の詳細情報とそのデータソースへの リンク、および市販後レポートの人口統計のサマリーなど、新しい機能が 追加されました。 非臨床毒性や臨床安全性など図を用いて詳しく解説しております。 ぜひダウンロードしてご一読ください。 【掲載内容】 ■データベースの増強 ■非臨床毒性 ■臨床安全性 ■適応症とターゲットおよび副作用の関係 ■市販後レポートの人口統計サマリー ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。

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【技術情報】FastGrowによるキナーゼ阻害剤の探索

BioSolveIT社製創薬支援ツール!キナーゼ創薬に重点を置いたプロジェクトをサポート

当資料では、フラグメントベースのリガンド設計アプリケーション 『FastGrow』と、フラグメントライブラリーの1つであるヒンジ結合 ライブラリーの活用事例をご紹介しております。 キナーゼのヒンジ領域におけるATPと競合的に結合することで作用する キナーゼ阻害剤についてや、ヒンジ結合ライブラリーを用いたFastGrow 実行例などを図とともに詳しく解説。 導入検討の際に、参考にしやすい内容となっております。 ぜひダウンロードしてご一読ください。 【掲載内容】 ■FBDDアプリケーションFastGrow ■ヒンジ結合を有するキナーゼ阻害剤 ■ヒンジ結合ライブラリー ■ヒンジ結合ライブラリーを用いた分子設計例 ■まとめ ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。

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【製品情報】Partek Flow12.0リリース

アライメント済の配列から転写因子が結合するゲノム領域の検出および可視化までさまざまな機能を搭載!

当資料では、NGSデータ解析ソフトウェア『Partek Flow』の バージョンアップで追加された主な新機能や変更点について ご紹介しております。 2024年7月にリリースされたFlow 12.0では、複数の機能が追加および アップデートされました。 特にSingle Cell RNA-Seq解析や空間トランスクリプトーム解析機能が強化され、 CellPhoneDB taskのバージョンアップや高解像度空間トランスクリプトーム 解析プラットフォームであるVisium HDに対応しました。 【掲載内容】 ■Partek Flowの製品概要 ■CellPhoneDBのバージョンアップ ■Visium HDへの対応 ■新規アライメントツールの追加 ■ご評価 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。

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【新製品情報】DISGENET plus 取り扱い開始

正確な情報を提供!疾患関連遺伝子&変異データベースの特長や機能などについて掲載!

当社は、本年4月よりMedBioInformatics社製疾患関連遺伝子&変異データベース「DISGENET plus」の取り扱いを開始しました。 疾患に関連する遺伝子や変異のデータを専門家によりキュレート、統合することで、疾患の遺伝的要因や薬の副反応に関する正確な情報を提供。 また、アクセスにはウェブブラウザーやRパッケージなどが利用できます。 当資料では、データベースの特長や機能などについて紹介します。 【掲載内容】 ■はじめに ■DISGENET plusへのアクセス ■インターフェイス ■データベース ■解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【技術情報】DISGENET plus:TLR7標的疾患の探索

疾患の遺伝的要因や薬の副反応に関する新たな発見を支援します!

当資料では、Toll-like receptor(TLR)7に関連する疾患やTLR7標的薬に 関連する疾患の探索事例をご紹介しております。 「DISGENET plus」は、ヒトの疾患に関連する遺伝子データと変異データを さまざまなデータベースや科学文献から専門家がキュレーションして 統合した発見プラットフォーム。 各項目ごとに詳しく解説しておりますので、 是非、ご一読ください。 【掲載内容】 ■はじめに ■TLR7に関連する疾患 ■TLRファミリー間の比較 ■TLR7標的薬と疾患 ■ご評価 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【製品紹介】遺伝子発現データベース GENEVESTIGATOR

データのキュレーションや製品概要、「Dimension Reduction Tool」についてご紹介!

『GENEVESTIGATOR』は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの 膨大な遺伝子発現データをキュレートすることで、様々な研究者により 登録された大量の実験結果を統合して解析が可能。 また、当ツールは使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを 搭載しているため、研究者が標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を 行う際に、注目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを 簡単かつ正確に行うことができます。 当資料ではデータのキュレーションや製品概要、また新しく追加された 「DimensionReduction Tool」について紹介します。 【掲載内容】 ■遺伝子発現データのキュレーション ■GENEVESTIGATOR の製品概要 ■Dimension Reduction Tool ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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【技術情報】「GENEVESTIGATOR」解析事例

「GENEVESTIGATOR」を用いた解析事例を掲載! がん免疫療法の新規標的遺伝子の探索事例の紹介

「GENEVESTIGATOR」は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの 膨大な遺伝子発現データをキュレートすることで、様々な研究者により 登録された大量の実験結果を統合して解析可能にします。 当資料では、マウスがん細胞の遺伝子発現データを使った がん免疫療法の新規標的遺伝子の探索事例を紹介しています。 【掲載内容】 ■はじめに ■PD-1の遺伝子発現 ■PD-1と共発現する遺伝子 ■細胞ごとの発現パターン ■ご評価 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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GENEVESTIGATORを使ったPCSK9遺伝子の解析

GENEVESTIGATORを使って様々な研究室から登録された数多くの遺伝子発現解析の結果を統合してPCSK9遺伝子の機能を解析

Nebion社の遺伝子発現データベースオンライン解析ツールである『GENEVESTIGATOR』を用いて、血中のLLDコレステロール量の調節にとって重要な酵素であるPCSK9遺伝子の様々な組織、細胞株、ガンでの発現調節やいくつかの生物種での発現変動の特性を明らかにしました。また、PCSK9遺伝子と共発現する遺伝子を同定しています。 『GENEVESTIGATOR』は公共リポジトリーに登録されたマイクロアレイやRNA-seqの遺伝子発現データをキュレーションしてアノテーションごとに解析できるようにした遺伝子発現データベースの検索エンジンです。非常に特異的なプロファイル(例えば、標的遺伝子やバイオマーカー)を持つ遺伝子を特定したり、選択した遺伝子の転写活性に関連した条件を見つけたりするために数千の実験を同時に解析できます。 このケーススタディの概要は以下の通りです。 ■遺伝子の機能解析と適応症の研究 ■モデル生物の選択 ■遺伝子のネットワーク解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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