モルシスの製品・サービス一覧

『MOE』は、創薬・生命科学研究のための分子モデリング、シミュレーションソフトウェアです。 直観的に操作できる多彩なアプリケーションと豊富なデータコンテンツで、 計算化学者から実験研究者まで、幅広いユーザーの研究をサポートします。 国内外で多くの導入実績があり、分子シミュレーション、ケモインフォマティクス、 タンパク質・抗体・ペプチドモデリング、立体構造に基づく分子設計、 ファーマコフォア解析など様々な機能を搭載。 現在『MOE』の特長・事例が紹介された書籍 『in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術(注1)』 の抜刷資料を進呈中。 「お問い合わせ」より「抜刷送付希望」とご記入の上お申し込みください。 ※製品の詳細は『PDFダウンロード』よりカタログをご覧ください。

• 計算化学
• タンパク質構造表示ソフトウェア
• 結晶

当資料では、ニューラルネットワーク手法に基づくデータ解析が可能な SONNIAについて掲載しています。 MN-AM社製「SONNIA」は、自己組織化ニューラルネットワーク手法に 基づいて低分子化合物のクラスター解析とQSA(P)R解析を行います。 データの入出力、計算の設定、結果の表示に対話的かつグラフィカルな インターフェースを提供し、化合物の物理化学的特性間あるいはそれらと 生物活性等の実験値との関係を可視化して解析することができます。 【掲載内容】 ■SONNIA 概要 ■SONNIAの主な機能 ■応用事例紹介 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• その他情報システム

当資料では、バージョンアップされた創薬支援ツール SeeSAR 7.2について掲載しています。 独BioSolveIT社の「SeeSAR」は、メディシナルケミストのために設計された リード化合物最適化ツールです。 今回のバージョンアップでは、フラグメントベースのリガンドデザイン機能が 強化され、従来の母核構造置換に加え、フラグメント付加、複数フラグメント の結合によって新規リガンド候補構造を設計できるようになりました。 【掲載内容】 ■追加されたFBDD機能の概要 ■フラグメント付加の解析例 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

当資料では、タンパク質立体構造データベースシステム PSILO 2018の新機能について掲載しています。 「PSILO」は、生体高分子やタンパク質ーリガンド複合体構造情報の データベースシステムです。 タンパク質立体構造データを整理して、多様な条件で検索可能にし、 データの共有を支援します。 公共データやインハウスデータなどの散在するタンパク質立体構造データを 統合し、ウェブベースのインターフェースから容易に活用することができます。 【掲載内容】 ■MOE Project データベース ■NGL 3D Visualizerのサポート ■ブラウザーベースのスケッチャー ■MMTF フォーマット出力 ■MOEからのファイルアクセス ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

当資料では、新しく追加されたTCGAの遺伝子発現データについて 掲載しています。 「GENEVESTIGATOR」は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。 公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な 遺伝子発現データをキュレートすることで、さまざまな研究者により登録された 大量の実験結果を統合して解析可能にします。 また、使いやすいインターフェースと高速な検索エンジンを搭載し、研究者が 標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を行う際に、注目する遺伝子の同定や 発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。 【掲載内容】 ■TCGAについて ■GENEVESTIGATORに収載されたTCGAデータ ■RNA-seqのデータ解析パイプライン ■ご評価 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

当資料では、QFSSの概要と新機能、構造検索事例について掲載しています。 「MOE-QFSS」は、複数の巨大な化合物データベースに対して高速かつ 横断的に構造検索を行うためのMOEのアドオンツールです。 新バージョンでは、公共データベースへのアクセスと MOE/web SOAPサーバーでの検索に対応しました。 さらに、QFSSのMOE/webアプリケーションを提供。それによって目的や 計算資源に応じたQFSSの実行環境を構築できます。 【掲載内容】 ■QFSS概要 ■QFSSによる検索 ■バージョンアップ内容 ■QFSSを用いた応用事例 ■QFSSの入手方法 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• 文書・データ管理
• その他

当資料では、MedeAの新版としてリリースされたバージョン2.22について 掲載しています。 「MedeA」は、原子・分子スケールのシミュレーション技術を基に 各種の物性評価を行うための統合支援環境です。 新版では、VASP等の計算プログラムがアップデートされ、 新しい計算機能を使用できるようになりました。 【掲載内容】 ■MedeA 2.22アップデート内容 ・MedeA-VASP ・MedeA-GIBBS ・MedeA-LAMMPS ・MedeA-MOPAC ・MedeA-Gaussian　他 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

当資料では、MedeA環境に統合された第一原理計算ソフトウェア 「MedeA-VASP」を用いた遷移金属酸化物表面のモデリング事例について 掲載しています。 酸化触媒としても使用される酸化鉄（ヘマタイトFe2O3）の(0001)面 についてさまざまな表面終端モデルの表面エネルギーを評価し、 触媒として活性な表面構造について解析します。 【掲載内容】 ■表面エネルギーによる酸化鉄表面の評価 ■表面エネルギーと構造の関係 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

当資料では、「COSMOperm」の予測方法と予測精度について掲載しています。 COSMOlogic社新製品として、低分子の分子膜透過性を予測する ソフトウェアがリリースされます。 本製品は、既存の分子膜・ミセル内分子分布シミュレーター「COSMOmic」で 算出される分子膜中の分配係数と新たに考案されたCOSMO－RS法に基づく 拡散係数予測式を用いて膜透過性を予測します。 【掲載内容】 ■COSMOpermの予測方法と予測精度 ■予測精度の検証事例 ・約40種の低分子の膜透過性が検討された ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）

「MedeA」は、原子・分子スケールのシミュレーション技術を基に 各種の物性評価を行うための統合支援環境です。 開発元であるMaterials Design社では、ユーザー会を例年開催しており 昨年は9月にフランスで開催しました。 また、日本では11月にJFCC（ファインセラミックスセンター）にて セミナーを開催し、新開発動向や適用事例を紹介しました。 【概要】 ■MedeA ユーザー会 ・世界中から50名程のユーザーが参加 ・「ハンズオントレーニングセッション」では、モデリングや解析方法を演習 ・「サイエンティフィックプログラム」と称し、ユーザーからの研究報告や 　開発元からの新動向が発表 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

当資料では、MN-AM社製「CORINA Classic」および「CORINA Symphony」 について掲載しています。 各製品の概要をはじめ、分子構造標準化などの機能をご紹介しております。 【掲載内容】 ■CORINA Classic 概要 ■CORINA Symphony 概要 ■分子構造標準化 ・フラグメントの除去 ・水素原子の付加 ・分子構造の中性化 ・重複分子の削除　他 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他

当資料では、CDD VAULTの電子ノートブックモジュール 「CDD VAULT ELN」について掲載しています。 「CDD VAULT」は米国CDD社により開発された化合物情報とアッセイ情報を 共有するクラウド上のウェブシステムです。 ウェブブラウザーだけで創薬研究の一連のデータを管理でき 優れた可視化機能を持っています。 製薬企業やベンチャー企業、大学、公的研究機関などが共同研究を 進めるために適したプラットフォームになります。 【掲載内容】 ■CDD VAULT ELNとは ■特長 ・自由な記述 ・ファイルの添付 ・オートセーブ機能 ・エントリーの状態 ■トライアル ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• その他情報システム

当資料では、独BioSolveIT社のメディシナルケミストのために設計された リード化合物最適化ツールについて掲載しています。 「SeeSAR」は、既知のリガンド結合部位内における原子や母核の置換による リガンド修飾や、リガンドの物性とADME特性の計算、受容体との 結合親和性の評価等を組み合わせてシームレスな分子設計を可能にします。 最近実施されたバージョンアップでは、既存機能の強化がなされ、 ユーザーインターフェースが刷新されました。 ヘルプマニュアルが充実し、使いやすさがより向上しました。 【掲載内容】 ■ヘルプマニュアルの充実、ユーザーインターフェースの刷新 ■複数のタンパク質構造の取り扱い ■ファーマコフォアの設定 ■原子間結合の回転と二面角のラベル ■その他の機能増強 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

当資料では、2018年2月にリリースされました新版の4.1.1の 概要について掲載しています。 材料設計支援プラットフォームSciMAPSの各計算プログラムは、 計算プログラム本体とそれに対するインターフェースから構成される プラグインとして提供されます。 基本環境であるPlatformに各プラグインを追加することにより 研究に適した環境を取り揃えることができます。 【掲載内容】 ■新機能AtoMeso Converter ■構造構築機能の粗視化モデル対応 ■新製品とシミュレーションの粗視化対応 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

当資料では、統合計算化学システム「MOE 2017.11」の主な新機能や 機能強化を掲載しています。 新機能として抗原の抗体結合部位を精度よく予測するエピトープマッピング、 低分子の結合のねじれ角を回転させた際のエネルギープロファイルを 予測するTorsion Profileの機能が追加されます。 さらに、新しいデータコンテンツとして、TCR-MHC複合体データベースが 追加されます。 【掲載内容】 ■エピトープマッピング ■VRディスプレイ「zSpace」のサポート ■Torsion Profile ■DNA/RNA 関連機能の強化 ■TCR-MHC 複合体データベース　他 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• 文書・データ管理
• その他

KNIMEは、オープンソースのデータ分析やレポート作成を行うための統合プラットフォームです。MOE Extensions for KNIME は、MOEを計算エンジンに用いたKNIMEノードの総称で、Ver. 2.4.0では180を超える解析ノード(MOEノード)が提供されます。 ユーザーは、KNIME上で各種MOEノードを組み合わせて、化合物処理、QSAR解析、ファーマコフォア検索、ドッキングシミュレーション、ホモロジーモデリング、タンパク質デザインを行うためのワークフローを作成できます。 プログラミングを行わなくても、GUI上でノードアイコンをつなぐだけで、作業の自動化・効率化・標準化が実現します。 MOEノードと、既存のデータマイニングやマシンラーニング（機械学習）などのノード、サードパーティ製品のノードも自由に組み合わせることができ柔軟なワークフローの設計が可能になります。

• 3次元CAD

　Partek社はNGSデータ解析ソフトウェアPartek Flow、NGS／マイクロアレイデータ解析ソフトウェアPartek Genomics Suite、パスウェイ解析ソフトウェアPartek Pathwayをリリースしています。これらのソフトウェアを組み合わせてRNA-seqのデータ解析をアラインメントからパスウェイを使った生物学的解釈まですべてサポートします。 　Partek FlowはFASTQファイルを読み込んで、アラインメント前後のQA/QC、参照ゲノム配列へのアラインメント、発現量の定量および正規化、遺伝子発現解析、選択的スプライシング解析、主成分分析や階層型クラスタリング、GOやパスウェイを使った生物学的解釈、ゲノムビューアーによる可視化などRNA-seqのデータ解析全般をサポートします。 　Partek Genomics SuiteはBAMファイルを読み込んで、遺伝子発現解析、選択的スプライシング解析に加えてアリル特異的発現解析、コーディング領域のSNV解析をサポートします。 　Partek PathwayはKEGGパスウェイ情報を使ったパスウェイ解析をサポートします。

• その他情報システム

Nebion社の遺伝子発現データベースオンライン解析ツールである『GENEVESTIGATOR』を用いて、血中のLLDコレステロール量の調節にとって重要な酵素であるPCSK9遺伝子の様々な組織、細胞株、ガンでの発現調節やいくつかの生物種での発現変動の特性を明らかにしました。また、PCSK9遺伝子と共発現する遺伝子を同定しています。 『GENEVESTIGATOR』は公共リポジトリーに登録されたマイクロアレイやRNA-seqの遺伝子発現データをキュレーションしてアノテーションごとに解析できるようにした遺伝子発現データベースの検索エンジンです。非常に特異的なプロファイル(例えば、標的遺伝子やバイオマーカー)を持つ遺伝子を特定したり、選択した遺伝子の転写活性に関連した条件を見つけたりするために数千の実験を同時に解析できます。 このケーススタディの概要は以下の通りです。 ■遺伝子の機能解析と適応症の研究 ■モデル生物の選択 ■遺伝子のネットワーク解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• その他情報システム

株式会社技術情報協会から2018年1月31日に「in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術」が発刊されました。 本書には、コンピュータの処理能力の速さを活かしつつ、計算コスト増大の課題をいかに克服するか？という課題についてin silico創薬を成功に導く計算科学やスパコン、データベース構築の重要技術が満載されています。詳細な執筆者や目次については出版社のウェブサイトをご参照下さい。 第4章「in silico創薬におけるソフトウェア活用の具体例」の第2節で「MOE」を用いた創薬研究の効率化について紹介されています。本節はMOEの特長とMOEを利用した創薬研究の効率化の事例について詳しく説明しています。特にMOEが持つ多彩な機能の中から特にバーチャル・スクリーニングに焦点を絞り、解析事例も交えながら、MOEの機能を紹介しています。 本節の詳しい内容にご興味がある方に抜刷を進呈致します。お問い合わせボタンから「抜刷送付希望」とご記載いただきお問い合わせ下さい！ 「PDFダウンロード」からはMOEのカタログをダウンロードできます。

• その他情報システム

『MOE』は、世界中で広く利用されている分子モデリングソフトウェアです。多彩な計算化学アプリケーション、分子構造データベース、開発環境を搭載しており、それらを組み合わせた適切なプローチでの分子設計が可能です。 【特長】 ■低分子、タンパク質、抗体、ペプチド、DNA/RNA等の広範な分子スケールに対応 ■LBDD, SBDD, FBDDなど様々な分子設計手法に対応 ■目的に応じて使い分けできる使用モード ■低分子・フラグメント・標的タンパク質データベース ■新機能開発やカスタマイズ ■サードパーティ製品との連携 ■Windows/Mac/Linuxに対応 ■計算化学者、実験研究者が広く利用 ■医薬、農薬、食品、材料設計などの様々な分野に対応 【搭載アプリケーション】 ■分子モデリング ■配座解析・分子動力学計算・量子化学計算 ■ドッキングシミュレーション ■構造活性相関・ケモインフォマティクス ■タンパク質・抗体モデリング ■変異体構築・タンパク質/ペプチドデザイン ■核酸モデリング ■ファーマコフォア解析 ■フラグメント構造に基づく分子設計

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）

『PSILO』は、生体高分子やタンパク質－リガンド複合体構造情報のデータベースシステムです。 タンパク質立体構造データを整理して、多様な条件で検索可能にし、データ共有を支援します。 公共データやin-houseデータなどの分散するタンパク質立体構造データを統合し、ウェブベースの インターフェースから容易にアクセスすることができます。 【特長】 ■高速なテキスト検索 ■タンパク質／抗体アミノ酸配列検索 ■タンパク質立体構造全体の重ね合わせ ■リガンド結合部位の2D/3D表示 ■PDBデータの自動更新 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• データ検索ソフト

『GENEVESTIGATOR』は、GEOやArrayExpressなどの公共リポジトリーに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な遺伝子発現データをキュレーションすることで、様々な研究者が登録した大量の実験結果を統合して解析可能にする遺伝子発現データベースです。 【対応生物種：biomedical】 ヒト、マウス、ラット、サル、イヌ、ブタ、ショウジョウバエ、（酵母、大腸菌） 【対応生物種：plant】 シロイヌナズナ、オオムギ、イネ、コムギ、トウモロコシ、ソルガム、ヒメツリガネゴケ、ダイズ、ウマゴヤシ、トマト、タバコ、（酵母、大腸菌） 研究者が標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を行う際に、注目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。 【主な活用分野】 ■機能ゲノム科学 ■標的遺伝子の優先順位付け ■バイオマーカーの同定 ■発現変動遺伝子リストの解釈 ■遺伝子調節ネットワークの解析 ■実験計画の改善 ■ドラッグ・リポジショニング ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• その他情報システム

『CBIS』は、化合物・細胞株・プラスミド・プレートなどの実験材料、プレートアッセイ結果や機器分析結果などの実験データ、報告書や参考文献などの関連文書といった研究に関わるあらゆるデータを統合的に管理する研究情報共有システムです。 『CBIS』はデータの種類ごとにモジュール化されています。化合物やアッセイ結果などの主要な研究データの管理システムは、基本的な機能を盛り込んだモジュールのテンプレートを利用して迅速に構築することができます。 【CBISの代表的なモジュール】 ■化合物（カタログ／在庫） ■アッセイデータ ■HTS（プレート／一次スクリーニング／二次スクリーニング） ■合成化学向け電子ノート ■バイオ研究向け電子ノート ■試薬 ■プラスミド ■細胞株 ■文書 ■プロジェクト ■材料管理（原材料／レシピ／実験結果／規格） 新規のモジュールを開発する際には、多数のパーツを組み合わせるイージーオーダー型の手法を取ることで、ご要望に沿ったシステムの導入を短期間で実現します。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• その他 研究用ソフトウェア
• 文書・データ管理

『ADF』は、密度汎関数法に基づく量子化学計算ソフトウェアです。 均一系・不均一系触媒から無機化学、重元素科学、生化学、各種分光学まで幅広い分野の研究に利用されています。遷移金属を含んだ系でもSCF計算の収束がよく、重元素系で重要な相対論の効果を含めることができます。さらに、周期表の全元素に対応した全電子計算用の基底関数（Slater型）を完備していることは当製品の大きな特長です。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

『COSMOtherm』は、物性推算法COSMO-RS法を用いた熱力学物性推算ソフトウェアです。任意の化合物や混合溶液の蒸気圧・分配係数など様々な平衡物性を推算することができます。 COSMO-RS法は、量子化学計算で得られる分子の表面電荷情報と分子統計力学に基づき、溶液中の分子の化学ポテンシャルを算出します。そして、得られた化学ポテンシャルを用いて、様々な平衡熱力学物性を算出します。 当製品は、様々な化合物の物性予測を可能にし、研究者・技術者の幅広いニーズに応えます。例えば、プラント設計や材料設計から医薬品設計・製剤プロセスにおいて利用可能です。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）

『MedeA』は、材料設計のための統合的な計算環境です。 第一原理バンド計算を基に、材料（金属・セラミックス・半導体など）に対する、各種物性（構造、光学物性、磁性、熱力学物性、弾性、振動、電子伝導性）を評価することができます。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

『CDD VAULT』は、創薬研究に関する情報を共有するクラウドシステムです。化合物や細胞株などのサンプル情報と、それらのサンプルを用いたさまざまなアッセイのデータを登録できます。 『CDD VAULT』は、次の4つのモジュールから構成されます。 ■必須モジュール ・Activity & Registration（サンプルとアッセイデータの管理） ■オプションモジュール ・Inventory（サンプルの在庫管理） ・Visualization（可視化） ・ELN（電子実験ノート） クラウドサーバーでデータを管理し、インターネット経由でアクセスしますので、異なる事業所や組織に所属するケミストやバイオロジストの間でもお互いの進捗をリアルタイムに把握でき、コミュニケーションがスムーズになります。その結果、合成した化合物をスクリーニングして、そのSAR解析の考察から新たな化合物を合成するという創薬研究のサイクルをスピードアップできます。 製薬企業とバイオベンチャーあるいは大学や公的研究機関の共同研究にも適しています。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• その他 研究用ソフトウェア
• 文書・データ管理

Daylight社のソフトウェア群は、in-silico創薬および化学情報管理システムを構築するための開発用ツールです。 化合物・化学反応情報のデータベース登録・検索や、化合物に対する様々な操作を効率よく行えるよう設計されています。システムの規模に係わらず、プロジェクトや創薬戦略に応じた理想的な化学情報管理システムが構築できます。 ■データ処理ツール 独自のデータ形式で化学情報を高速に処理するコマンドラインプログラム ■データベースシステム 化学情報を効率的に扱えるように設計されたTHORシステムと高速検索を実現するMerlinシステム ■DayCart OracleまたはPostgreSQLデータベースに分子構造の取り扱い機能を追加 ■ツールキット Daylight製品の機能を組み込んだ独自プログラムをC言語/C++/FORTRANで開発するためのライブラリー ■ウェブサービス Daylight製品の機能を利用したウェブアプリケーションを構築するためのライブラリー ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

『Partek Flow』は、様々なアプリケーションに対応した次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 【対応アプリケーション】 ■遺伝子発現解析（RNA-seq, Single Cell RNA-seq） ■miRNA発現解析（miRNA-seq） ■ゲノムリシーケンス解析（DNA-seq） ■転写因子結合部位解析（ChIP-seq） ■メチル化部位解析（MeDIP-seq） ■メタゲノム解析 【対応機器】 ■イルミナ（HiSeq, NextSeq, MiSeq, MiniSeq） ■サーモフィッシャー（Ion S5, Ion Proton, Ion PGM） 『Partek Flow』は、ウェブブラウザーから操作するのでコマンド入力したりパラメーターを手入力する必要はありません。インストールしたサーバーに接続可能なネットワーク上のあらゆるマシンから利用できます。読み込んだデータの種類に対応した解析メニューを表示しますので、データ解析に慣れていないウェットの研究者でも簡単に操作できます。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• その他情報システム

Scilligence ELNは創薬に関わるさまざまな実験を記録できる電子実験ノートです。メディシナルケミストリー、プロセス化学、バイオアッセイ、毒物学、製剤検討など幅広い分野に対応しています。 ウェブブラウザーから簡単に登録・閲覧でき、プロジェクト単位での情報共有が可能なため、社内外での共同研究の促進に貢献します。

• その他 研究用ソフトウェア
• 文書・データ管理

『SeeSAR』は、滑らかで美しい 3D モデルにより、リガンド-受容体間の相互作用を理解し、リガンドの物性値やADMEプロパティを評価しながら、対話的に新規リガンドを設計できるソフトウェアです。 リガンド原子毎の結合自由エネルギー寄与を算出し色付け、ねじれ角の妥当性の検証、リガンドの物性値、ADMEプロパティ、ポケット中の原子の存在しない空間等を分子をマニュアルで編集しながらリアルタイムにモニタリングできます。 ドッキングシミュレーションによるリガンドの配置、フラグメント交換や付加によるリガンド候補の出力を組み合わせて、研究者にあらたなリガンド候補を提案をします。 【特長】 ■高速な結合自由エネルギー推算 ■容易な操作と理解しやすいインターフェース ■視覚的かつ即座にリガンド候補の優先順位を決定 ■ΔGや物性値の改善を支援 ■母核置換、フラグメント連結、フラグメント付加 ■ドッキングシミュレーション ■ADME予測機能 ■結晶構造を解析した二面角の妥当性チェック ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

『Direct Force Field』は、”さまざまな分子シミュレーションソフトウェアに高精度な力場パラメータを提供すること”を目的に開発された製品です。 独自の手法によりパラメータの代用の問題を解決し、分子系に最適な力場パラメータをアサインすることが可能です。また、登録されている力場パラメータは、開発者のCOMPASS等の力場開発における経験と知識に基づいて、作成、検証されています。そのため、Direct Force Fieldでは現在考えられる最も高い精度を持つ力場パラメータが提供されています。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）

『Gaussian』は、多種多様な分子・化学反応を解析・設計するための量子化学計算ソフトウェアです。最も有名で利用者の多い量子化学系さんソフトウェアで、分子設計・構造解析・化学反応解析などで多大な成果をもたらしています。 2017年はじめに、Gaussian 16（量子化学計算ソフトウェア）ならびGaussView 6がリリースされました。本リリースは約7年ぶりとなるメジャーバージョンアップです。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

『Molpro』は、非経験的分子軌道計算ソフトウェアで、電子相関の精確かつ効率的な取り扱いに特長があります｡ 配置間相互作用法､クラスター展開法､多配置SCF法､多配置参照摂動法など電子相関の取り扱いに関する様々な計算機能を搭載しています。多配置波動関数を用いた計算手法に強みをもち、精確な励起状態波動関数を計算できますので、励起状態の研究に適しています。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他組込み系（ソフト＆ハード）

SciMAPS （Scienomics Materials And Processes Simulations）は、外部プログラムとの連携を前提とした、拡張性の高い設計思想を持つ材料設計支援プラットフォームです。SciMAPSは量子化学計算からメソスケール計算まで、時間的にも空間的にも異なるさまざまなスケールの計算科学手法に対応しています。SciMAPSには、使いやすいモデル構築機能、データ解析機能が標準装備され、大学や研究機関で開発された世界的に定評のある先進の計算プログラムを統一された操作で利用できます。SciMAPSが提供するプラットフォーム上では、高分子の物性の推算をはじめ、低分子や高分子の凝集状態や挙動の解析、分子反応の解析、固体・表面・界面の電子状態の解析等、さまざまな解析が行えます。 ※機能などの詳細はカタログをご覧ください。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）

『TURBOMOLE』は、非経験的量子化学計算ソフトウェアです。分子の光学スペクトルなどのプロパティ計算や触媒反応の解析などに用いられ、多くの成果をもたらしています。 時間依存密度汎関数法(TD-DFT)を用いて励起エネルギーの算出および励起状態の構造最適化を行うことが可能です。また、円二色性スペクトル(ECD)や励起状態構造の振動計算の機能も搭載されています。 当製品の高速なDFT計算機能により、比較的サイズの大きな分子の励起エネルギーや励起状態構造の最適化も取り扱うことができます。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）

モルシスの『ChemTunes & ToxGPS』は、化合物の安全性評価と リスク評価のためのプラットフォームです。 毒性・安全性に関連するデータベース（ChemTunes）と、知識ベースを 含む予測・ワークフロー（ToxGPS）を統合しています。 医薬品、化粧品、食品、工業用およびその周辺化合物を対象としており、 化合物の毒性学研究・安全性研究全般で利用することができます。 【特長】 ■作用機序（MoA）に基づく QSAR モデル ■構造ルールベース・アラート ■データベース & 知識ベース ■アメリカ食品医薬品局（US FDA）で実績のあるリスク評価のアプローチ ■証拠の重み付け（WoE : Weight of Evidence）アウトカム ■関連性、信頼性、一貫性、再現性に優れたリードアクロス解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• データ検索ソフト
• その他情報システム

MOEは、創薬・ライフサイエンス研究のための統合計算化学プラットフォームです。様々な分子モデルを簡単な操作で構築できます。 拡張ヒュッケル法を用いた力場パラメーターの自動作成により、低分子、タンパク質、核酸、合成ポリマー、そららの複合体に対して適切なパラメーターを割り当て、従来の分子の種類に応じた力場選択の迷いを排除することができます。 分子構造の前処理として、タンパク質の立体構造の確認と修正、水素原子付加状態の最適化などが可能です。 以下のような分子構築に対応しています。 ■低分子 ■ペプチド・タンパク質 ■アミノ酸配列 ■変異体構築 ■DNA ■糖鎖 ■合成ポリマー ■溶媒分子やカウンターイオンの配置 ■バルクモデル（液滴、周期境界条件） ■スケッチャーツールからの分子のコピー＆ペーストに対応 以下のような分子シミュレーションが可能です。 ■構造最適化計算 ■配座解析 ■分子動力学計算 ■量子化学計算 ■スペクトル予測(NMR, VCD) ■分子アラインメント ■3D-RISM法による溶媒解析 ■ドッキングシミュレーション

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）

MOEを用いたStructure-Based Drug Design（SBDD）が可能です。標的タンパク質の適切な前処理、ポケット探索、ドッキングシミュレーション、ドッキングスコアによる評価、リガンド結合状態の解析を通して適切な分子設計とバーチャルスクリーニングを行えます。 以下のような解析が可能です。 ■ドッキングシミュレーション ■受容体構造の確認と前処理（原子欠損の確認と修正） ■水素原子付加状態の決定 ■ポケット探索 ■フラグメント結合位置検索 ■結合部位中での分子設計 ■リガンド-受容体との相互作用解析 ■Potein-Ligand Interaction Fingerprint解析 ■母核置換とのフラグメントベースの分子設計 ■3D-RISM法による溶媒解析 ■タンパク質表面解析 ■SBDDのためのプロジェクトデータ構築

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）

『FlexS』は、リガンド構造から予測されるファーマコフォアフィーチャーの 投影点をベースとして構造アラインメントを行い、妥当な重ね合わせ構造を 高速に求めるツールです。 また、高速なスクリーンモードを利用することで受容体構造を用いずに 化合物の3次元構造のみを使用したバーチャルスクリーニングに適用できます。 配置は、ファーマコフォアの投影点の一致（水素結合、イオン結合、疎水性相互作用）と vdW体積のオーバーラップに基づいてスコア化して評価します。 【特長】 ■リガンド分子対重ね合わせを平均2分/1アラインメント、早いものは数秒で行う ■分子のフレキシビリティの評価は環状構造の有無と合わせ、ねじれ角の評価を行う ■参照リガンドは剛体として評価 ■オプションモジュール：FlexS-C ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他

『FTrees』は、既知の活性化合物と類似した構造を化合物データベースの 中から検索するBioSolveIT社製のツールです。 ヒットした構造は官能基の物理化学的な特徴とその位置が保存されており、 化学者が直感的に類似していると考える構造を高速に見出すことができます。 当製品は、従来のフィンガープリントを利用した方法では難しかった分子の トポロジーが保存された構造を探索することができ、Scaffold Hopping へ の適用（新規母核構造の発見）も可能です。 【特長】 ■典型的な化合物カタログに対する検索が標準的なPCを使って15秒程度で終了します ■フィンガープリントベースで類似度が低いと判断された化合物を、 FTrees記述子を用いたファジー検索では高い類似度でヒットします ■重ね合わされた構造から、共通の官能基（または異なる官能基）を明らかにします ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他
• データ検索ソフト

『PoseView』は、リガンド-タンパク質間の相互作用の 2 次元図を作成するためのツールです。 相互作用しているアミノ酸の種類や原子、相互作用の種類（水素結合、 疎水性相互作用、π-π相互作用）を分かりやすく 2 次元で表示することができます。 操作はタンパク質構造とリガンド構造を入力するだけで、得られた図は 各種画像フォーマットで出力することが可能 。作成された図は、多くの 論文で活用され、Protein Data Bankの公式の相互作用図としても採用 されております。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

• ソフトウェア（ミドル・ドライバ・セキュリティ等）
• その他
• データ検索ソフト

『ReCore』は、母核構造置換、フラグメント付加、複数フラグメントの 結合などのFBDDによる分子構築を簡単な操作で行う事が可能なツールです。 受容体ポケットや既存リガンドの形状、フォーマコフォアやSMARTSによる 官能基位置の拘束を分子構築に反映することができます。 また、分子設計手法として、母核構造置換、フラグメント付加、 複数フラグメントの結合の 3 つのモードを用意しています。 【特長】 ■マウスを用いて結合またはファーマコフォアを指定するだけでFBDDが可能 ■圧倒的な計算速度 ■20 万件のフラグメントデータベースが付属 ■受容体との相互作用を解析 ■受容体ポケットやリガンドの形状、ファーマコフォアを利用した検索が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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MOE に搭載されているSolvent Analysis は、3D-RISM 法に基づいて、 分子周辺の水分子の役割を高速かつ高精度に解析することができます。 分子系における水分子の確率密度分布を計算し、さらに結合自由エネルギーにおける水分子の寄与を計算します。 Solvent Analysis は溶媒効果を可視化することで、タンパク質－リガンド間の相互作用の理解と新規リガンド設計を支援します。 【Solvent Analysis の特長】 ■3D-RISM 法に基づいて1 分子系あたり数分で計算 ■複合体、リガンド、受容体の各分子系を同時に処理 ■計算には水分子の相関を考慮 ■水分子だけでなく、イオンや疎水性原子の存在確率も可視化 ■長時間のシミュレーションが不要 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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統合計算化学システム「MOE」の抗体モデリング機能では、抗体配列の 入力、抗体データベースに対するホモロジー検索、適切なキメラテンプレートの選択、モデル構造構築、構造最適化という一連のプロセスをシームレスに行うことができます。 相補性決定領域（CDR）を自動認識して配列アラインメントを行い、 それぞれの CDR について適切なテンプレートを自動的に選択します。 予測した抗体構造は、抗原との親和性、PPI解析、物性評価、エピトープマッピングなど様々な解析に利用できます。 【機能】 ■抗体データベース ■領域別のアノテーション ■抗体のための相同配列検索 ■抗体モデリング ■Ig 全長、fab、 Fv、sdAb、ヒト化抗体 ■表面パッチ解析 ■タンパク質ータンパク質ドッキング ■エピトープ・マッピング ■タンパク質の物性推算 ■ループ/リンカーモデリング ■MOE/webアプリケーション ■モデリングの自動化 カタログを刷新しました。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

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