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DNB-SEQの導入により大規模なシーケンシングが可能となり、真核生物に向けたサービスを幅広く提案可能になりました！
【特徴】 ■1ランあたり最大640Gのシーケンスデータのアウトプットを実現 ■イルミナ社のシーケンサーと変わらないデータクオリティ ■安価、データ増量、多検体解析を実現 イルミナ社製Next-seqとDNB-SEQの比較(RNA-seq)の比較データについてwebサイトで公開しております。
ライブラリー作製からデータ解析まで！ファスマックのRNA-seq解析をご紹介！
ファスマックでは、『RNA-seq解析』を承っております。 「RNA-seg」は、NGSを利用しmRNAを解析することによって細胞内で発現する 全転写物の網羅的な定量が可能。 全転写物の発現量を定量するには、まずサンプルから転写物であるRNAを 抽出し断片化を行い、断片化RNAからcDNAライブを作成してシークエンスを 行います。 また、お客様の実験プランに応じて解析内容を選んでいただく カスタムサービスを多数ご用意しております。 【解析概要】 ■(お客様)サンプル情報のご提供 ■当社にサンプル送付 ■ライブラリー調製 ■シーケンス解析 ■データ解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
環境DNAに混在した株を同定することができた解析事例をご紹介します！
MLST(Multi locus sequencing typing)解析とは、複数の遺伝子領域 (通常7領域以上)の変異をパターン化して、菌のタイピングを行う方法です。 当解析事例(自社データ)は、単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した 試料(単離株のゲノムに環境DNAに混合したもの)を用意し、タイピングを実施。 用意した株はグラム陽性菌、グラム陰性菌で、これらのサンプルについて Miseqでゲノムシークエンス、タイピングを行いました。 その結果、本手法での解析により、環境DNAに混在した株を同定することが できました。 【事例概要】 ■単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した試料を用意し、 タイピングを行った ■用意した株はBacillus subtilis subsp.subtilis str. 168 (グラム陽性菌)、Pseudomonas protegens Pf-5(グラム陰性菌) ■これらのサンプルについてMiseqでゲノムシークエンス、 タイピングを行った ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
モザイク変異を詳細に解析！Illumina MiSeqを使用したジェノタイピング解析をご紹介
ファスマックでは、『PCR-NGS解析』を承っております。 次世代シークエンサーを用いて変異の種類と頻度を詳細に解析。 解析装置は「Illumina MiSeq」を使用し、1つのターゲットサイト （16サンプルまで）をまとめて解析します。 価格、納期など詳細に関しては、お気軽にお問い合わせください。 【解析詳細】 ■1つのターゲットサイト16サンプルをまとめて解析 ■実施例：培養細胞でのノックアウト ■解析装置：Illumina MiSeq ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
小さなindelや1塩基置換の検出！当社のジェノタイピング解析をご紹介
ファスマックでは、『PCR-サンガーSeq解析』を承っております。 サンガー法による塩基配列解析で電気泳動解析では検出できない 1塩基置換の有無や数塩基の塩基欠損/挿入も確認可能。 検体は、マウス/ラット/ゼブラフィッシュ/メダカ 組織片、培養細胞 ペレット等で、納品物はシークエンス解析データとなります。 ご用命の際は、お気軽にお問い合わせください。 【解析詳細】 ■納期：1～2週間 ■検体：マウス/ラット/ゼブラフィッシュ/メダカ 組織片、培養細胞ペレット等 ■納品物：シークエンス解析データ ■解析装置：Applied Biosystems 3730xl DNAアナライザ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
サンプルは、バクテリア（Bacteria）およびアーキア（Archaea）の受け入れが可能！※解析事例集進呈中
『微生物ゲノムドラフト解析パッケージ』は、パッケージ化することによって リーズナブルにご利用できるサービスです。 受け入れサンプルは、バクテリア（Bacteria）およびアーキア（Archaea）が可能。 オプションサービスとして、Prokkaを用いたオートアノテーション、 コンティグのBLAST解析、Sequence Typeのタイピングをご用意しております。 ご用命の際は、お気軽にお問い合わせください。 【解析概要】 （1）お客様：抽出したゲノムDNAを当社にご送付 （2）当社：受領サンプルのQC作業を行う （3）当社：MiSeq解析用のアダプターライブラリを調製 （4）当社：MiSeqで2×300 bpランを行う （5）当社：取得データのアセンブルおよびコンティグを作成 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
COI遺伝子の解析を行い、餌生物の推定を実施した事例をご紹介します！※解析事例集進呈中
当社が承っている『次世代シーケンス』では、お客様の目的に沿った 各種プランを設けており、ご要望に応じたご提案を心がけております。 “野生生物の食性解析”の例では、MiSeqを用いた解析で腸内細菌叢の 解析と同様にPCR産物を直接解析。 具体的には消化管内容物や糞便をサンプルとして、日本バーコード オブライフ・イニシャチブで動物のバーコーディングに用いられている COI遺伝子の解析を行い、餌生物の推定を行います。 【事例概要】 ■MiSeqを用いた解析では腸内細菌叢の解析と同様にPCR産物を直接解析 ■具体的には消化管内容物や糞便をサンプルとして、 COI遺伝子の解析を行い、餌生物の推定を実施 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
アンプリコン解析やゲノムドラフト解析など！次世代シーケンス解析についてご紹介
ファスマックでは、『次世代シーケンス解析』を承っております。 サンガー法によるDNA解析は広く普及している技術であり、現在は 「遺伝子診断」といったかたちで一般の人にも少しずつ認知されつつあります。 当社は、イルミナ社のMiSeqでの受託サービスを行うことによって、 次世代シーケンサーでの解析をより多くの人達に利用していただき、 将来的にはサンガー法のような普及技術とすることを会社のミッションと 位置づけております。 【ラインアップ】 ■アンプリコン解析 ■ゲノムドラフト解析 ■カスタムサービス ・サンプル調製 ・Miseqでのrun ・データ解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
次世代シーケンス解析の基礎知識・メリットを解説！具体的な解析事例も多数ご紹介※解析事例集進呈中
これから次世代シーケンス解析を検討されたい方に向けて、 具体的な解析事例を多数紹介した資料をダウンロードいただけます。 また実際の解析データや関連サービスを本資料内のリンクから閲覧する事も出来、 よりイメージしていただけ易い内容となっております。 ★下記「PDFダウンロード」ボタンより、資料をダウンロードいただけます。 〈掲載内容※一部抜粋〉 ■次世代シーケンス解析ってどんなメリットがあるの？ ■どんなサンプルを調べる事ができるの？ ■どういったデータが得られるの？ 当社ではお客様の目的に沿った各種プランを設けており、またご要望に応じたご提案を心がけております。 ご興味をお持ちいただけた方はお気軽にお問い合わせください。
微生物群集構造解析の結果や、主座標分析、レアファクションカーブなどをご紹介！※解析事例集進呈中
土壌サンプルの自社データをご紹介します。 当データは、4地点について各4サンプル解析した結果です。 MiSeqでの取得データについては各サンプルおよそ10万リード程度 得られています。 納品データはhtml形式のファイルが含まれており、グラフ等は webブラウザでの閲覧が可能なので、ぜひ関連リンクよりご覧ください。 【概要】 ■16SrRNAのV4領域のデータを用いた微生物群集構造解析の結果 （門レベルの分類） ■OTU heatmap ■主座標分析（PCoA） ※オプション ■レアファクションカーブ ※オプション ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
PCR-電気泳動解析やPCR-NGS解析など！リアルタイムPCR、デジタルPCRによる検出も可能
「ジェノタイピングやらなきゃいけないけど時間が無い」とお悩みの皆様、 手間のかかる作業はファスマックにお任せください。 当社の『ジェノタイピング解析』では、DNA抽出、PCR、変異検出を行います。 マウスやゼブラフィッシュ等の組織片、培養細胞ペレット等をお送り ください。ご希望の検体数や解析内容に合わせてお見積りいたします。 また、リアルタイムPCR、デジタルPCRによる検出も可能です。 【ラインアップ】 ■PCR-電気泳動解析：大きめのindel検出やHMAによるスクリーニング ■PCR-サンガーSeq解析：小さなindelや1塩基置換の検出 ■PCR-NGS解析：モザイク変異を詳細に解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
国立感染症研究所との共同研究により開発。 外来DNAの挿入位置の決定を、短時間・高感度・低コストで実現。
『RAISING法』は、ゲノム中の外来DNAの挿入位置を検出する方法です。 少ないDNA量で再現性の高い測定結果がスピーディーに得られます。 ウイルスゲノム挿入部位、ウイルスベクター挿入部位、 創薬ターゲットとなりうる融合遺伝子の検索、 ゲノム編集におけるオフターゲットノックインなど、 外来DNAのホストゲノム上の挿入位置の同定ができます。 【特長】 ■目的・ターゲットにあわせて解析のアレンジが可能 ■一度の解析で複数の挿入部位を検出可能 ■独自技術により再現性の高い結果が得られる 【解析事例】 ◎HTLV-1（ヒトT細胞白血病ウイルス）クロナリティ解析 少ないDNA量で素早く検出できるRAISING法の特長を活かし、 プロウイルス量0.032％でも高い検出感度を実現しています。 ◎ゲノム編集におけるノックインのオフターゲット検出 CRISPR/Casで作製したノックインマウスについて、NGSとの組み合わせにより ノックイン効率とオフターゲットサイトの検出を行いました。 ※事例やサービスの詳細は「ダウンロード」から資料をご覧ください。
取得した生リードをクオリティフィルタリング！ドラフトゲノム配列から遺伝子を予測※解析事例集進呈中
海洋研究開発機構 深海・地殻内生物圏研究分野の先生より、 新規海洋性プロテオバクテリアを提供いただき、解析した結果を ご紹介します。 次世代シーケンサー(MiSeq)を使用して、シーケンシング解析を行い、 paired-endリードを取得。 取得した生リードをクオリティフィルタリングした後、アセンブルを行い、 さらにドラフトゲノム配列から遺伝子を予測しました。 【事例概要】 ■生リード：7.3M paired-endリード(2x300bp) ■アノテーションデータ ・遺伝子数：2,417 ・rRNA：6 ・tRNA：49 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
次世代シーケンスを利用することで、より高い解像度でジェノタイピングを行うことが可能！※解析事例集進呈中
ゲノム編集技術は自由な遺伝子改変を可能にするパワフルなツールですが、 改変個体を選抜する上で、遺伝型解析(ジェノタイピング)は重要な工程です。 次世代シーケンスにより、F0世代でのアリル頻度を評価することで、 交配に用いるべき個体選抜を行うことが可能。 また、培養細胞のゲノム編集実験では1度の実験で多様な変異を持つ 細胞集団が得られ、実験条件によって変異の様子が異なります。 次世代シーケンスなら細胞集団の変異を詳細に評価することが出来ます。 【事例概要】 ■CrispRvariantを用いた培養細胞のジェノタイピング ■CRISPR/Casでゲノム編集した培養細胞株からDNA抽出後、 ターゲットアンプリコンシーケンスをMiseqにて実施 ■得られたデータをCrispRvariantにて解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
外見から検出が困難なホストと寄生者の関係を解明する上で、有効な手段であることを見出しました！※解析事例集進呈中
京都大学生態学研究センターでは、カエデ属を利用するハマキホソガの 多様化や種同士での共存に関わるプロセスを研究されております。 当社が一部解析を受注いたしましたのでご紹介します。 本解析ではハマキホソガ特異的なブロッキングプライマーを使うことで ホスト由来の遺伝子の増幅を抑えることを可能とし、ホストである ハマキホソガの同定及び体内の寄生者の網羅的な探索を効率的に実施。 ブロッキングプライマーを用いた解析手法が、外見から検出が困難な ホストと寄生者の関係を解明する上で有効な手段であることを見出しました。 【事例概要】 ■ブロッキングプライマー存在下/非存在下でPCRを実施 ■ハマキホソガ幼虫274検体についてCOIアンプリコン解析をMiseqにて実施 ■得られたリードから、ハマキホソガ10種と寄生蜂13種を同定し、 ホスト-寄生者の関係を解明 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
