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複数の手法によりPROTACを介した三元複合体構造の予測とモデリングを容易に行えます！
『PROTAC Modeling Tools』は、標的タンパク質分解誘導薬の1つである PROTAC（Proteolysis Targeting Chimera）の開発を支援するためのMOEの カスタムアプリケーションです。 複数の手法によりPROTACを介した三元複合体（標的タンパク質-PROTAC-E3 リガーゼ）構造の予測とモデリングを容易に行えます。最近、三元複合体構造を モデリングするための新たな手法が追加されました。 当資料では、PROTAC Modeling Toolsに追加された手法の概要とその適用事例 について紹介します。 【掲載内容】 ■PROTAC Modeling Toolsの概要 ■PROTAC Modeling Toolsの追加手法 ■モデリング手法の精度 ■適用事例 ■アプリケーションの入手方法 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアの追加機能と活用例についてご紹介！
『Partek Flow（以下、Flow）』は次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェア です。次世代シーケンサー（NGS）から出力されたリード配列データを 読み込んで、Single Cell RNA-Seqや空間的遺伝子発現等のデータを解析 することが可能です。 Flowでは、Single Cell RNA-Seqデータの解析を行うCell Rangerと、 空間的遺伝子発現データの解析を行うSpace Rangerのパイプラインが追加 されました。パイプラインを使用することでリード配列データのアライメント からカウントマトリックスの出力までがより簡単に実行できるようになります。 当資料では、Cell RangerやSpace Rangerの機能と活用例を紹介します。 【掲載内容】 ■Cell Ranger ■Space Ranger ■ご試用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
創薬研究を支援！PSILO 2022.02で追加される新機能をご紹介
『PSILO』は、生体高分子やタンパク質-リガンド複合体構造情報の データベースシステムです。 公共データやインハウスデータを統合的に管理し、独自の検索機能や 解析機能により創薬研究を支援します。 PSILO 2022.02では、データベースの連携機能が新たに追加されました。 さらに、構造バリデーション機能やタンパク質ファミリーの管理機能が 強化され、より便利に使いやすくなりました。 当資料では、PSILO 2022.02で追加される新機能を紹介します。 【掲載内容】 ■データベースの連携 ■AlphaFold ■構造バリデーション機能の強化 ■ファミリーの管理機能の強化 ■MOEとの連携 ■その他の新機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
性質の異なる物質を同時に取り扱える！到達困難な大規模・長時間シミュレーション
『MedeA』は、第一原理計算や力場計算を基に材料のさまざまな物性を 算出することができる分子シミュレーションの統合環境です。 機械学習力場パラメーターを作成・使用できるツール、MLP/MLPGが 搭載されているので、第一原理計算に近い精度で大規模・長時間の シミュレーションが可能です。 当資料では、機械学習ポテンシャルの作成・使用環境を実装した MedeA MLP/MLPG について、その概要を紹介しておりますので、 是非ご覧ください。 【掲載内容】 ■機械学習ポテンシャル ■MLPGによるパラメーターフィッティング ■MedeA MLP/MLPG ■適用事例 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
新しいプロパティの計算が可能になると共に計算速度が向上！新機能などをご紹介
2022年12月に『BIOVIA COSMOlogic』製品の2023年版の各製品がリリースされました。 製品としては、BIOVIA COSMOtherm、BIOVIA COSMOconf、BIOVIA COSMObase、BIOVIA COSMOplex&perm、ならびにBIOVIA TURBOMOLEの5製品です。 当資料では、2023年版の新機能や改善された機能についてご紹介。 新しいプロパティの計算が可能になると共に計算速度が向上しています。 【掲載内容（抜粋）】 ■2023年版のトピックス ■グラフィカルユーザーインターフェイスCOSMOthermXが拡散係数・熱伝導度などの輸送物性の推算に対応 ■3成分LLE相図描画機能の再搭載 ■ミセル・分子膜モデル内の分子配向の3次元表示 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
巨大ケミカルスペースからのフィンガープリントによる高速類似構造検索を実装！
当資料では、ケミカルスペースナビゲーションソフトウェアの 新バージョン「infiniSee 5 Artemis」について解説しています。 10^14分子を超える組み合わせに相当する巨大な ケミカルスペースの中から類似構造を高速検索する、従来のFeature Treeによる検索モード「Scaffold Hopperモード」の他、フィンガープリントによる検索モード「Analog Hunterモード」が追加。 また、ヒット分子の物性計算、フィルタリングのための 「Analyzerモード」の追加等、infiniSee 5の新機能について紹介。 【掲載内容（一部）】 ■infiniSee 概要 ■Scaffold Hopperモード ■Analog Hunterモード ■Analyzerモード ■検索対象のケミカルスペースの拡充 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
6種類のプログラムを搭載！解析の目的やサンプルの状態に応じてプログラムを選択
当資料では、シーケンサーデータ解析ソフトウェアPartek Flowを 用いたDNA-Seqデータ解析について紹介しています。 DNA-Seqについての概要から始まり、変異や融合遺伝子の検出の プログラムについてご説明。 遺伝子のデータ解析ソフトウェアの選定の際にぜひご活用ください。 【掲載内容】 ■DNA-Seqとは ■変異の検出 ■融合遺伝子の検出 ■コピー数変異の検出 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
『MOEの分子構造データベースと創薬への活用』技術資料を配布中！
「MOE」は、創薬研究・生命科学研究のためのアプリケーションを統合した 計算化学プラットフォームです。 アプリケーションの実行環境のみならず、分子構造データベース機能や 開発環境も統合されているのが大きな特長です。 アプリケーションとして、ドッキングシミュレーション、分子動力学計算、 SAR解析、ライブラリー解析、フラグメント創薬ファーマコフォア解析、 タンパク質モデリング、変異体解析等が搭載。 また、分子、文字列、数値を統合して管理できる分子構造データベース機能が搭載。 MOEの分子構造データベースの特長と、アプリケーション事例が紹介された記事 「MOEの分子構造データベースと創薬への活用」 の記事を配布中です。 「お問い合わせ」より「抜刷送付希望」とご記入の上お申し込みください。 本資料は、書籍「タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例」の抜粋記事です。 https://www.gijutu.co.jp/doc/b_2206.htm ※詳しくは、お気軽にお問い合わせ下さい。
解析アプリケーションに合ったデータの取込みをナビゲートすることでデータ解析をサポート！
当資料では、「Partek Flow」の新バージョンでの主な新機能や 変更点についてご紹介しております。 「Flow」は、ウェブブラウザーを介して利用するNGSデータ解析 ソフトウェア。新バージョンではインターフェイスが改良され、 空間トランスクリプトーム解析機能が強化。 各項目ごとに詳しく解説しておりますので、是非、ご一読ください。 【掲載内容】 ■Partek Flowの製品概要 ■インターフェイス ■空間トランスクリプトーム解析 ■ご評価 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
軽量化、高安全性、高耐久性などを実現する電解質材料の開発が重要となっています！
当資料では、DFFとSciMAPSによる二次電池用電解質の検討について ご紹介しております。 「SciMAPSによる物性推算」をはじめに「DFFの力場」、「計算手順」など 図とともに詳しく掲載。 計算結果についても記載されておりますので、ぜひ、ご一読ください。 【掲載内容】 ■SciMAPSによる物性推算 ■DFFの力場 ■計算対象 ■計算手順 ■計算結果 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
アライメント済の配列から転写因子が結合するゲノム領域の検出および可視化までさまざまな機能を搭載！
当資料では、NGSデータ解析ソフトウェア『Partek Flow』の バージョンアップで追加された主な新機能や変更点について ご紹介しております。 2024年7月にリリースされたFlow 12.0では、複数の機能が追加および アップデートされました。 特にSingle Cell RNA-Seq解析や空間トランスクリプトーム解析機能が強化され、 CellPhoneDB taskのバージョンアップや高解像度空間トランスクリプトーム 解析プラットフォームであるVisium HDに対応しました。 【掲載内容】 ■Partek Flowの製品概要 ■CellPhoneDBのバージョンアップ ■Visium HDへの対応 ■新規アライメントツールの追加 ■ご評価 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。
2024年秋、独BioSolveIT社からリリース！xREAL Spaceから構造探索を行うソフトウェアをご紹介
当資料では、ケミカルスペース高速探索ツール「infiniSee xREAL」について ご紹介しております。 「infiniSee」および「infiniSee xREAL」の特長をはじめ、関連する ウェビナー情報についても掲載。 「infiniSee xREAL」はxREAL Spaceからの構造探索に特化したソフトウェアで、 従来の「infiniSee」と同じく3つの探索モードが搭載されており、膨大な ケミカルスペースからの高速な構造探索を可能にします。 【掲載内容】 ■infiniSeeとは ■infiniSee xREAL ■infiniSee xREALのウェビナー 『infiniSee xREAL：Perspectives on the 2.4-Trillion- Sized Compound Supercluster』 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。
論文リストならびに論文にて報告されたBIOVIA COSMOthermの応用事例をご紹介！
当資料では、熱力学物性推算ソフトウェア「BIOVIA COSMOtherm」について ご紹介しております。 エアロゾル粒子の吸湿成長因子の予測や、Caco-2/MDCK細胞膜透過係数の 予測などの応用事例を掲載。 BIOVIA COSMOthermは、2001年に製品化されて以来、化学・化学工学を 中心に幅広い分野の研究・開発に使用されてきました。 【掲載内容】 ■BIOVIA COSMOtherm関連論文リスト ■応用事例：エアロゾル粒子の吸湿成長因子の予測 ■応用事例：Caco-2/MDCK 細胞膜透過係数の予測 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。
特に大幅な改善が施されたMedeA VASPを中心にバージョンアップ内容を紹介！
当資料では、材料設計支援統合システム「MedeA バージョン3.10」 について掲載しております。 当システムにおける主な改善やバージョンアップ項目の「MedeA LAMMPS」 「MedeA Environment ＆ Analysis」などをご紹介。 当システムは、第一原理計算や力場計算を基に材料のさまざまな物性を 算出することができる分子シミュレーションの統合環境となっております。 是非、ご一読ください。 【掲載内容】 ■MedeA 3.10における改善項目サマリー ■MedeA VASP ■新モジュール MedeA PhaseField ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。
従来の1次元ドリフト拡散モデルを超える高度なOLEDデバイスモデリング機能を提供！
当資料では、「Amsterdam Modeling Suite(AMS)」および「Bumblebee」 2025年版について掲載しています。 開殻分子のためのROKS-TDA励起状態計算などの、有機エレクトロニクス用途に 有用なADFの新計算機能についてご紹介。 今回のアップデートでは、特に有機EL(OLED)デバイスのモデリングおよび 機械学習(ML)ポテンシャルの分野において、注目すべき新機能と数多くの 改良が盛り込まれています。ぜひ、ご覧ください。 【掲載内容】 ■OLEDデバイスモデリングの進化：Bumblebee2025 ■有機エレクトロニクス用途に有用なADFの新計算機能 ■新しい機械学習ポテンシャルの導入 ■GUI機能の向上 ■Quantum ESPRESSOを用いた新機能 ※詳しくはPDFをダウンロードしていただくか、お気軽にお問い合わせください。
