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1runより依頼可能！迅速な結果報告ができるレンタル解析サービス
『受託シーケンス解析 レンタル解析サービス』は、 「共通機器が混み合っている際に、泳動のみ依頼したい」 「特殊な条件でのシーケンス反応を行っている」 「シーケンス反応産物の泳動をより安く、早く行いたい」 そんなお客様の為のサービスです。 また、サンプルを各容器に調製いただくことで、迅速＆低価格を実現した 『受託シーケンス解析 Premix2 納期短縮』もご用意しております。 【特長】 ■レンタル解析 ・1runより依頼受付、サンプル長さによって使い分けが可能 ・サンプル受領後、翌営業日納品(最短当日！) ■セミレンタル解析 ・エタノール沈殿など、手間がかかる精製は行いたくないお客様におすすめ ・サンプル受領後、翌営業日納品 ※詳しくはお問い合わせ、またはカタログをダウンロードしてください。
お客様の「調べたい」をDNA解析技術で解決！検査・調査に応用してみませんか？
ファスマックの『環境DNA解析』についてご紹介します。 「次世代シーケンサーを用いたDNAメタバーコーディング」では、 DNAバーコーディング領域を利用し、環境試料中の多様性解析を行います。 お客様独自のターゲット配列にも対応。お客様にてライブラリ調製を 行っていただき、当社にてランから解析まで承ります。 この他にも、生物の在不在評価や、生物量の推定にご利用いただける 「定量PCRによる種特異的解析」も承っております。 【特長】 ＜次世代シーケンサーを用いたDNAメタバーコーディング＞ ■DNAバーコーディング領域を利用し、環境試料中の多様性解析を行う ■ライブラリ調製用のプライマ―は無償提供 ■お客様独自のターゲット配列にも対応 ■DNA抽出やライブラリ調製から承ることも可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
迅速かつ高精度！7つの遺伝子領域を同時に同定し菌のタイピングを行う方法をご紹介※解析事例集進呈中
ファスマックでは、『微生物タイピングサービス(NGS MLST解析サービス)』 を承っております。 「MLST解析」とは、複数の遺伝子領域(通常7領域以上)の変異を パターン化して、菌のタイピングを行う方法で、16srRNA遺伝子解析では 判別できなかった詳細な株の情報が得られます。 NGSを利用した「MLST解析」はショットガンゲノムシークエンスにより 得られた配列データを近縁種のゲノムにマッピングすることによって 7つの遺伝子領域を同時に同定し菌のタイピングを行う方法であり、 従来の方法に比べて迅速かつ高精度に行うことができると考えられます。 ファスマック次世代シーケンス解析サービスに微生物タイピング解析を ラインアップしました。 ご用命の際はお気軽にお問い合わせください。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
ライブラリー作製からデータ解析まで！ファスマックのRNA-seq解析をご紹介！
ファスマックでは、『RNA-seq解析』を承っております。 「RNA-seg」は、NGSを利用しmRNAを解析することによって細胞内で発現する 全転写物の網羅的な定量が可能。 全転写物の発現量を定量するには、まずサンプルから転写物であるRNAを 抽出し断片化を行い、断片化RNAからcDNAライブを作成してシークエンスを 行います。 また、お客様の実験プランに応じて解析内容を選んでいただく カスタムサービスを多数ご用意しております。 【解析概要】 ■(お客様)サンプル情報のご提供 ■当社にサンプル送付 ■ライブラリー調製 ■シーケンス解析 ■データ解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
次世代シークエンスから新しいアンプリコン解析をラインアップ！2つのアプローチ方法をご紹介
ファスマックでは、『生菌微生物群集構造解析』を承っております。 「選択的膜透過性色素EMAを用いた群集構造解析」は、EMAが死菌由来DNAを 修飾し、修飾を受けたDNAがPCR増幅できない状態となることを利用して、 生菌由来DNAを選択的に検出する方法です。 また「RNAからの逆転写cDNAによる群集構造解析」は、環境サンプル中 のRNAを解析することにより、実際に活動している微生物を特定する 方法です。 【特長】 ＜選択的膜透過性色素EMAを用いた群集構造解析＞ ■EMAが死菌由来DNAを修飾し、修飾を受けたDNAがPCR増幅できない 状態となることを利用 ■生菌由来DNAを選択的に検出 ＜RNAからの逆転写cDNAによる群集構造解析＞ ■環境サンプル中のRNAを解析 ■実際に活動している微生物を特定 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
サンプルは、バクテリア（Bacteria）およびアーキア（Archaea）の受け入れが可能！※解析事例集進呈中
『微生物ゲノムドラフト解析パッケージ』は、パッケージ化することによって リーズナブルにご利用できるサービスです。 受け入れサンプルは、バクテリア（Bacteria）およびアーキア（Archaea）が可能。 オプションサービスとして、Prokkaを用いたオートアノテーション、 コンティグのBLAST解析、Sequence Typeのタイピングをご用意しております。 ご用命の際は、お気軽にお問い合わせください。 【解析概要】 （1）お客様：抽出したゲノムDNAを当社にご送付 （2）当社：受領サンプルのQC作業を行う （3）当社：MiSeq解析用のアダプターライブラリを調製 （4）当社：MiSeqで2×300 bpランを行う （5）当社：取得データのアセンブルおよびコンティグを作成 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
オプションサービスを多数ご用意！「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」としてデータを可視化します※解析事例集進呈中
『ターゲットアンプリコン解析』は、パッケージ化することによって リーズナブルにご利用できるサービスです。 解析対象領域は、16S V4／18S V9／ITS（gITS7-ITS4）／COI （mlCOIintF-HCO2198）／MiFish（12S V5）など。 解析対象領域を増幅ターゲットとしたサンプル調製用プライマーを 無償提供し、サンプルをお送りいただきます。 その後、当社でQIIME等を使用し、「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」 としてデータを可視化します。 【オプションサービス（抜粋）】 ■解析対象領域長の変更（400-500bp程度） ■Library Mix調製 ■レアファクションカーブと主座標分析（PCoA） ■OTUのBLAST解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
環境DNAに混在した株を同定することができた解析事例をご紹介します！
MLST(Multi locus sequencing typing)解析とは、複数の遺伝子領域 (通常7領域以上)の変異をパターン化して、菌のタイピングを行う方法です。 当解析事例(自社データ)は、単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した 試料(単離株のゲノムに環境DNAに混合したもの)を用意し、タイピングを実施。 用意した株はグラム陽性菌、グラム陰性菌で、これらのサンプルについて Miseqでゲノムシークエンス、タイピングを行いました。 その結果、本手法での解析により、環境DNAに混在した株を同定することが できました。 【事例概要】 ■単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した試料を用意し、 タイピングを行った ■用意した株はBacillus subtilis subsp.subtilis str. 168 (グラム陽性菌)、Pseudomonas protegens Pf-5(グラム陰性菌) ■これらのサンプルについてMiseqでゲノムシークエンス、 タイピングを行った ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
取得した生リードをクオリティフィルタリング！ドラフトゲノム配列から遺伝子を予測※解析事例集進呈中
海洋研究開発機構 深海・地殻内生物圏研究分野の先生より、 新規海洋性プロテオバクテリアを提供いただき、解析した結果を ご紹介します。 次世代シーケンサー(MiSeq)を使用して、シーケンシング解析を行い、 paired-endリードを取得。 取得した生リードをクオリティフィルタリングした後、アセンブルを行い、 さらにドラフトゲノム配列から遺伝子を予測しました。 【事例概要】 ■生リード：7.3M paired-endリード(2x300bp) ■アノテーションデータ ・遺伝子数：2,417 ・rRNA：6 ・tRNA：49 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
検出される魚種数を増やすために、PCR反復が有効であることが示唆された事例をご紹介！※解析事例集進呈中
魚類のDNAメタバーコーディングに使用されるMiFishを用いて 解析した例をご紹介いたします。 相模川水系の複数地点にて採水を行い、ポリタンクにプールし、 DNAの劣化を防ぐため、採水直後にオスバン消毒液を1ml/L添加。 常温で持ち帰り、ラボにてフィルトレーション、DNA抽出などを行い、 得られたデータをMitoFishに供与してホモロジー検索を行いました。 その結果、検出される魚種数が増加していることが伺え、検出される 魚種数を増やすためにPCR反復が有効であることが示唆されました。 【事例概要】 ■ラボにてフィルトレーション、DNAを抽出 ■抽出したDNAを用いて、NGSライブラリ調製を行った ■ライブラリ調製は8反復実施 ■調整したライブラリはillumina社のMiseqでシーケンスを行った ■得られたデータをMitoFishに供与してホモロジー検索実施 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
外見から検出が困難なホストと寄生者の関係を解明する上で、有効な手段であることを見出しました！※解析事例集進呈中
京都大学生態学研究センターでは、カエデ属を利用するハマキホソガの 多様化や種同士での共存に関わるプロセスを研究されております。 当社が一部解析を受注いたしましたのでご紹介します。 本解析ではハマキホソガ特異的なブロッキングプライマーを使うことで ホスト由来の遺伝子の増幅を抑えることを可能とし、ホストである ハマキホソガの同定及び体内の寄生者の網羅的な探索を効率的に実施。 ブロッキングプライマーを用いた解析手法が、外見から検出が困難な ホストと寄生者の関係を解明する上で有効な手段であることを見出しました。 【事例概要】 ■ブロッキングプライマー存在下/非存在下でPCRを実施 ■ハマキホソガ幼虫274検体についてCOIアンプリコン解析をMiseqにて実施 ■得られたリードから、ハマキホソガ10種と寄生蜂13種を同定し、 ホスト-寄生者の関係を解明 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
RAISING法によるランダムインテグレーション解析を行った事例を追加しました！
当社が行ったRAIS法によるランダムインテグレーション解析サービスの 事例をご紹介します。 アグロバクテリウム法により挿入したシロイヌナズナのT-DNA タグライン、およびレトロウイルスベクターを挿入したマウス培養細胞に対してRAISING法を行い、サンガー法による挿入部位配列の確認、ならびに次世代シーケンス解析から得られた解読配列を元にゲノム配列へマッピングを行いました。 結果として、動物培養細胞、ならびに植物細胞への挿入位置決定として本手法が有効である事が確認出来ました。 【RAIS法によるランダムインテグレーション解析サービス 内容】 ■サンガーシーケンスプラン ■次世代シーケンス(NGS)プラン ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。 ※事例については下記のURLをご参照ください。
DNB-SEQの導入により大規模なシーケンシングが可能となり、真核生物に向けたサービスを幅広く提案可能になりました！
【特徴】 ■1ランあたり最大640Gのシーケンスデータのアウトプットを実現 ■イルミナ社のシーケンサーと変わらないデータクオリティ ■安価、データ増量、多検体解析を実現 イルミナ社製Next-seqとDNB-SEQの比較(RNA-seq)の比較データについてwebサイトで公開しております。
次世代シーケンス解析の基礎知識・メリットを解説！具体的な解析事例も多数ご紹介※解析事例集進呈中
これから次世代シーケンス解析を検討されたい方に向けて、 具体的な解析事例を多数紹介した資料をダウンロードいただけます。 また実際の解析データや関連サービスを本資料内のリンクから閲覧する事も出来、 よりイメージしていただけ易い内容となっております。 ★下記「PDFダウンロード」ボタンより、資料をダウンロードいただけます。 〈掲載内容※一部抜粋〉 ■次世代シーケンス解析ってどんなメリットがあるの？ ■どんなサンプルを調べる事ができるの？ ■どういったデータが得られるの？ 当社ではお客様の目的に沿った各種プランを設けており、またご要望に応じたご提案を心がけております。 ご興味をお持ちいただけた方はお気軽にお問い合わせください。
短時間、簡便、高感度、低コストなDNA挿入位置解析
外来DNAが目的位置も含め、ランダムにホストゲノムへ挿入（ランダムインテグレーション）された位置を決定することが可能です。 ウイルスゲノム挿入部位、ウイルスベクター挿入部位、創薬ターゲットとなりうる融合遺伝子の検索、ゲノム編集におけるオフターゲットノックインなど、外来DNAのホストゲノム上の挿入位置の同定に利用できます。 Tail-PCRやLAM-PCR、サザンブロットなどの従来のトランスジーン挿入位置決定法に比べて、短時間、簡便、高感度、低コストでの解析を実現します。
