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キアゲン＆ダナフォームのコラボプラン。 ・ライブラリ作製キット：キアゲンQIAseqシリーズ ・シークエンサー：MGI DNBSEQ-g400 ・受託メーカー：ダナフォーム 「3’トランスクリプトーム」は、主に発現量が知りたいときに。 「全長トランスクリプトーム」は、発現量とスプライシングバリアントもみたいときに。 キアゲンのウェブポータルサイト「RNA-seq Analysis Portal」を使ったデータマイニング操作も自由自在にでき、とてもおススメのプランです。
パネル4種： 1. xHYB AMR Panel 細菌中の約2,700以上の薬剤耐性遺伝子を検出 2. xHYB Respiratory Panel 新型コロナやインフルなど、呼吸器感染症ウイルス89種の検出 3. xHYB Viral STI Panel HBVやHIV-1やHPVウイルスなどの検出 4. xHYB Adventitious Agent Panel 医薬品製造用バイオリアクターを汚染しうるウイルスの検出 納品データは2セット、（１）キアゲン社ポータルサイトGeneGlobeによる解析データ（ターゲット検出の一覧表）に加え、（２）ダナフォーム独自作成のグラフ（視認性バツグンの棒グラフとドーナツグラフ）も搭載。 USB納品により解析データをお届けいたします。
大きく3つの要素について解説しています。 バッチエフェクト1. 解析回の違い、PCR とRNA 断片化 バッチエフェクト2. ライブラリ作製キットの違い バッチエフェクト3. 細胞培養のバッチ違い
次世代シーケンサーを使用したRNAの発現解析、知名度でいえばRNA-seq。似た手法にCAGE-seqがあり、定量性感度はこちらのほうが良いとの評判もあります。 両者の共通点や違いを、受託解析メーカーの目線でご紹介いたします。
RNA-seqやCAGE-seqに用いるRNAサンプルについて、分解度の視点で、読み物を作りました。 内容： ・FFPEとは ・FFPE、RNA分解が起こるポイント ・RNase ・RIN値：RNA分解の度合いを示す10段階の数値 ・RNA QCの基準 よろしければご一読ください。
・組織か培養細胞か ・バイオロジカルレプリケートとテクニカルレプリケートの違い ・サンプルのプール調製などについて ・CAGE-seqとRNA-seqの再現性はどちらが優れているか などについてご紹介。
実際のCAGEデータに基づく、テクニカルな読み物資料です。
NGSインフォマティクス解析とサーバ構築について、受託メーカーとして弊社事例をコメントしています。
・NET-RNAをインプットする「NET-CAGE」解析 ・total RNAをインプットする「CAGE」解析
【受託サービス内容】 ■Total RNA 品質検査 ■ライブラリ作製 ■シーケンシング ■ベースコール ■データ解析 ※詳しくはカタログをご覧頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【その他解析受託サービス】 ■ヒト全エクソーム ・約20,000遺伝子をカバー。低コストで効率的に疾患関連遺伝子の変異を同定 ■ヒトがんパネル（QIAseq panel） ・FFPE検体からもターゲット遺伝子の体細胞変異を高感度に検出 ■ATAC-seq ・オープンクロマチン領域を網羅的に解析。ライブラリー調整から受託 ■ChIP-seq ・ヒストン修飾や転写因子結合部位の網羅的解析に ※ お気軽にお問い合わせ下さい。
『LEONARDOくん Essential』と『LEONARDOくん High Fidelity』のラインナップ。
【資料 掲載内容（抜粋）】 ・RNA-seqとは何ですか？ ・納期はどのくらいですか？ ・外注したときの価格はどれくらいですか？ ・マイクロアレイと比べてメリットは何ですか？ ・シングルセルRNA-seqとの違いは何ですか？ ・シークエンスのリード長について ・生物種によって解析費用が変わりますか？ ※詳しくは資料をご覧ください。お問い合わせもお気軽にどうぞ。
【その他特長】 ■カスタマイズ可能な教育コース ■幅広いバーチャル腹腔鏡器具操作 ■高精度の動き検出が可能 ■腹腔鏡器具の同時運用の追跡 ■腹腔鏡器具縦運動と回転追跡 ■操作は使いやすいタッチパネル ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【その他特長】 ■豊富な教育コンテンツ ■操作は使いやすいタッチパネル ■カストマイズ可能な教育コース ■高精度の動き検出が可能 ■3つの機器同時作動可能 ■平行移動及び回転移動ができ、自由度の高い作動が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【その他FAQ掲載例】 ■マイクロアレイに対してデメリットはありますか？ ■RNA-seqに対してのメリットは何ですか？ ■RNA-seqに対してデメリットはありますか？ ■提出するサンプルは何ですか？ ■6µgのサンプル抽出が難しいのですが。 ■Total RNA 6µg以上、RIN値7.0以上とありますが、具体的なRNAサンプルの調整方法（最終的な溶媒、溶液体積など）について教えて下さい。 ■CAGE-seqとは何ですか？ ■CAGE-seqはどのような原理をしているのですか？ ■CAGE-seqは信用できますか？ ■CAGE-seqの特徴は何ですか？ ■Cap構造とは何ですか？ ■CAGE-seqを活用している機関はどのようなところがありますか？ ■CAGE-seqデータ解析は自分でできますか？ ■パスウェイ解析やGene Ontologyはできますか？ ■納期はどのくらいですか？ ■論文は出ていますか？ ■理研FANTOMプロジェクトはCAGE-seqで何をしたのですか？ ※詳細は、PDF資料をダウンロード頂くかお問い合わせください。
FAQ ■他の解析法との比較 ■用意するRNAサンプルについて ■CAGE-seqについて 質問例 □マイクロアレイに対してのメリットは何ですか？ □ChIP-seqとの相性はどうですか？ □Total RNAはどのように送付したらよいですか？
CAGE-seq使用者の声（英語） https://cage-seq.com/user-voices/index.html
【その他の特長】 ◎75bpシングルエンド、1サンプルあたり通常約2,000万リードのデータ量を取得 ◎解析パッケージはサンプルRNAの品質検査、ライブラリー作成、シーケンス、データ解析、データ発送を含む ◎ライブラリー作製は、キャップトラッパー法による ◎NGSシーケンスは、イルミナＮｅｘｔＳｅｑ／ＨｉＳｅｑによる ◎RNAの５‘末端から７５塩基をシーケンス 【用途】 ◎遺伝子の発現解析 ◎新規バイオマーカー探索 ◎薬剤や環境変化などによる発現量変化の測定 ◎トランスクリプトームDBの構築 ◎品種間・組織間・病態などによる転写産物の比較解析 など ※詳しくは資料をご覧ください。お問い合わせもお気軽にどうぞ。
※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【アプリケーション】 ■抗体を含むタンパク質製造効率の向上 ■タンパク質亢進による治療薬の開発 ■遺伝子機能の同定 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【CAGE法の特長】 ■ユニークなデータ：転写開始点を実験的に同定、プロモーター活性の 数値化が可能 ■広い応用範囲：どの生物種でもトランスクリプトーム解析が可能 ■広いダイナミックレンジ：まれな転写物の検出も可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【ラインアップ】 ■E-Taq 2xPCR Mix ■E-Taq DNA Polymerase ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【製品・サービス】 ■CAGEキット販売 ■ NGSシーケンス受託 ■CAGE受託解析サービス ■nanoCAGE受託解析サービス ■完全長cDNAライブラリー受託合成 ■その他ライブラリーの受託合成 ■バルクスケールオリゴ受託合成 ■Eprobe / Eprimer の合成販売 ■qPCR用ダブル標識プローブの設計と合成 ■クローン検索 ■FANTOMクローン ■Source BioScience製品 等 ※詳しくはカタログをご覧頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【仕様】 ■納品収量：1.5nmol（約180回分）/ 10nmol（約1200回分） ■対応鎖長：10～26mer ■色素修飾可能塩基：チミン（T）のみ ■精製：HPLC精製品 ■出荷形状：乾燥品 ■色素 ・チアゾールイエロー（430/450) ・チアゾールオレンジ（510/530) ・チアゾールピンク（570/590） ※詳しくはカタログをご覧頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【受託サービス内容】 ■実験デザイン ■ChIP済みDNA品質チェック ■ライブラリ作製 ■シーケンシング ■データ解析 ■納品発送 ※詳しくはカタログをご覧頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【受託サービス内容】 ■Total RNA 品質検査 ■ライブラリ作製 ■シーケンシング ■データ解析 ■USB／HDDによる納品発送、解析レポートと「手引き冊子」を同封 【手引き冊子とは】 RNA-seq解析が初めての方にもフレンドリー、解析データを確認する際のガイドとしてお使いください。 約50ページからなるPDFファイルをUSB／HDDに同封しております。 ・USB／HDD中のフォルダ構成や各ファイルの見方 ・IGVやGSEAなどエンリッチメント解析のための無料ウェブツール紹介 ・用語説明 ・論文マテメソ文例 など 【手引き冊子の種類】 NGS解析ラインアップにあわせて、納品時に同封いたします。 ・RNA-seq ・CAGE-seq ・ATAC-seq／CHIP-seq ・WGS／WES ・GEOへのデータ登録 ・エンリッチメント解析
【掲載製品】 ■理研Human cDNAクローン ■理研Honeybee cDNAクローン ■FANTOM マウス cDNA クローン ■IMAGE/MGC クローン ■ORFeome Cllaboration ORF ■理研 Human ORF クローン ■NKI shRNA/NKI miRNA 発現クローン ■センチュウ RNAi クローン ■その他のクローンリソース ■抗体スクリーニング用ファージディスプレイライブラリー ※詳しくはカタログをご覧頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
【シークエンシング】 ■NGS：NextSeq ■推奨サンプル数：6～16 mix／レーン ■平均データ量：約2,000万リード/サンプル ■シーケンス：75bp Single-end ■データ解析：解析価格に含まれます。 国立遺伝学研究所のフリー解析パイプラインでも解析可能 ■納期：4～6週間 ※詳しくはカタログをご覧頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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