更新日： 集計期間:2025年11月26日～2025年12月23日
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Material Intelligence プラットフォーム！新バージョン3.3のアップデート項目についてご紹介
MedeAは、第一原理計算や力場計算を基に材料のさまざまな物性を算出する ことができるソフトウェアです。 当資料では、新バージョン3.3のアップデート項目について紹介します。 MedeA 3.3では、第一原理計算プログラムVASPが新版6.2に対応し、 分子動力学計算プログラムLAMMPSはオフィシャルな安定版LAMMPS 29Oct20に 更新されました。 また、これらのプログラムの架け橋として、新モジュール「Machine Learning Potential（MLP）」がリリースされました。 【掲載内容】 ■MedeA環境 ■計算エンジン ■生成エネルギー ■力場 ■GPUの活用 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
無限に近いサイズのケミカルスペースからの高速構造探索。検索における利便性が各段に向上！購入可能な化合物を高速に提案。
infiniSeeは、無限に近いサイズの化合物空間（ケミカルスペース）の中から 目的分子を高速に探索するツールです。 リード探索、SAR 展開、特許回避を目的とした、購入可能な候補化合物を 簡単な操作で発見します。 Version 3.0 では、100億構造を超える新しいケミカルスペースCHEMriyaへの対応、検索履歴の閲覧、試薬ベンダーへのアクセス機能が追加され、 化合物検索における利便性が各段に向上しました。 【掲載内容】 ■infiniSee概要 ■新しいケミカルスペースCHEMriya ■検索履歴の閲覧 ■試薬ベンダーへのアクセス ■KNIMEインターフェースを用いた他ツールとの連携 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
CORINA Classicの概要とバージョン4.4.0の主な新機能についてご紹介
CORINA Classicは、高精度かつ高速に低分子量から中分子量までの 有機分子の三次元分子構造を生成するソフトウェアです。 高品質な三次元分子構造を生成する標準のソフトウェアとして世界的に 認められています。CORINA Classicは、これまで数多くのバージョンアップを 重ねてきており、2021年9月にバージョン4.4.0をリリースしました。 当資料では、CORINA Classicの概要とバージョン4.4.0の 主な新機能について紹介します。 【掲載内容】 ■CORINA Classicの特徴 ■複雑な構造の三次元化 ■バージョン4.4.0の主な新機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
SciMAPSの持つ粗視化分子動力学計算機能について紹介。
粗視化分子動力学計算では分子の部分構造を1つの粒子にしてシミュレーションを行います。水素分子などの軽元素の振動を考慮する必要がないため1ステップを通常の全原子MD計算の10倍程度の大きなモデルを取り扱えるとともに、計算する相互作用の数も大幅に削減され、全原子ＭＤ計算では到達困難な100 ns以上のシミュレーションも比較的容易に行えます。よって構造の平衡化までに時間を要する高分子や両親媒性分子などのソフトマターのシミュレーションに利用される計算手法です。本稿では２つの事例を通してSciMAPSの持つ粗視化分子動力学計算機能について紹介します。 【掲載内容】 ■SciMAPSのメソスケール関連の機能 ■粗視化モデル計算の事例： 両親媒性分子の粗視化モデルシミュレーション VOTCAを用いた粗視化ポテンシャルの作成とMD計算 ■粗視化モデルの全原子モデルへの変換 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
各ソフトウェアのアップデートと、Drugathon2022の開催報告をご紹介！
独BioSolveIT社はSBDD統合ツールSeeSARとケミカルスペース高速探索ツール infiniSeeを提供しています。SeeSAR 12.1では、FastGrow機能が搭載され、 フラグメントデータベースの拡充がなされました。 また、これらのソフトウェアを活用して特定の標的タンパク質に対する新規 リガンド設計を競うBioSolveIT Drugathon 2022がオンライン開催されました。 当資料では、各ソフトウェアのアップデートと、Drugathon2022の 開催報告をいたします。 【掲載内容】 ■SeeSAR 12.1：FastGrow機能の搭載とフラグメントデータベースの拡充 ■infiniSee 4.0.2：Analyzerモード機能追加 ■BioSolveIT Drugathon 2022開催報告 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
共同研究の情報共有プラットフォームとしても多数の実績あり！ 研究情報管理クラウドサービスCDD Vaultのご紹介
米国Collaborative Drug Discovery社により開発・運用されている『CDD Vault』は、化合物・抗体・細胞などのサンプル情報とアッセイ情報の管理・共有機能、電子実験ノート機能、および可視化機能を有するクラウドサービスです。 創薬研究データの管理システムにおける導入や管理に要する手間を省き、すぐに利用できるため、製薬企業やベンチャー企業、大学、公的研究機関などが共同研究を進めるためのプラットフォームとしても多数の実績があります。 当資料では、CDD Vaultについて概要を紹介します。 【掲載内容】 ■CDD Vaultとは ■クラウドサービスであることの強み ・機器類の購入、セットアップ作業不要 ・システム管理の作業不要 ・新機能追加や機能改善が随時適用 ■CDD Vaultの構成 ・VaultとProject ・サンプルとアッセイデータの管理 ・電子実験ノート ■データの活用とコラボレーション ・各種検索機能 ・解析・可視化機能 ・共同作業用の機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
ChemTunes・ToxGPS V4.2022で行われたアップデート情報をご紹介！
『ChemTunes・ToxGPS』は、化合物の安全性評価とリスク評価のための毒性・ 安全性に関連するデータベースと知識ベースの予測・ワークフローシステムを 統合したプラットフォームです。 医薬品、化粧品、食品、工業用およびその周辺化合物を対象としており、 化合物の毒性学研究・安全性研究全般で利用することができます。 当資料では、ChemTunes・ToxGPS V4.2022で行われたアップデート情報を 紹介します。 【掲載内容】 ■インターフェースの統合 ■データベース検索 ■毒性・安全性予測 ■ChemTunes Express ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
効率良く計算可能！MOE 2022.02の主な新機能や機能強化をご紹介
MOE 2022.02では、高性能なM1チップ搭載Macがサポートされることに加え、 タンパク質モデリング関連のアプリケーションでGPUを使用した計算が できるようになり、これまで以上に効率良く計算できるようになりました。 さらに、Hydrogen Mass Repartitioningによる分子動力学計算、ウェブベースの コンビナトリアルライブラリー生成、MOEsaicでのドッキング計算が新機能として 追加されました。 当資料では、MOE 2022.02の主な新機能や機能強化を紹介します。 【掲載内容(抜粋)】 ■サポートするハードウェアの拡充 ■UIの機能強化 ■糖鎖関連機能の強化 ■HMRによるMD計算 ■対応ファイルフォーマットの拡充 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
幅広い分野に対応！Scilligence ELNの機能についてご紹介
『Scilligence ELN』は、化学および生物学の実験の記録をウェブブラウザー から簡単に登録できる電子実験ノートです。 構造式、反応式、塩基配列やアミノ酸配列、各種ドキュメントが登録可能で、 専用のテンプレートが用意されています。幅広い分野に対応できるため、 企業の研究部門や教育機関で広くご利用いただけます。 当資料では、Scilligence ELNの機能について紹介します。 【掲載内容】 ■Scilligence統合プラットフォームの特長 ■用途に応じたテンプレート ■描画ツール ■検索機能 ■履歴管理 ■ディスカッション機能 ■データへの直接アクセス用アドレス ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
全原子モデルのみでは難しい構造の構築が可能！幅広い研究にお役立ていただけます！
粗視化分子動力学計算では分子の部分構造を1つの粒子にして シミュレーションを行います。 水素分子などの軽元素の振動を考慮する必要がないため通常の 全原子MD計算の10倍程度の大きなモデルを取り扱えるとともに、 計算する相互作用の数も大幅に削減され、全原子MD計算では 到達困難な100ns以上のシミュレーションも比較的容易に行えます。 そのため、構造の平衡化までに時間を要する高分子や両親媒性分子などの ソフトマターのシミュレーションに利用される計算手法です。 当資料では、事例を通して『SciMAPS』の持つ粗視化分子動力学計算機能に ついて紹介します。 【掲載内容（一部）】 ■SciMAPS のメソスケール関連の機能 ■粗視化モデル計算の事例 ■粗視化モデルの全原子モデルへの変換 ■まとめ ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
正確な情報を提供！疾患関連遺伝子＆変異データベースの特長や機能などについて掲載！
当社は、本年4月よりMedBioInformatics社製疾患関連遺伝子＆変異データベース「DISGENET plus」の取り扱いを開始しました。 疾患に関連する遺伝子や変異のデータを専門家によりキュレート、統合することで、疾患の遺伝的要因や薬の副反応に関する正確な情報を提供。 また、アクセスにはウェブブラウザーやRパッケージなどが利用できます。 当資料では、データベースの特長や機能などについて紹介します。 【掲載内容】 ■はじめに ■DISGENET plusへのアクセス ■インターフェイス ■データベース ■解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
多様なモダリティのデータを一元的に取り扱える！実装された新機能についてご紹介
当資料では、Scilligence統合プラットフォームの Version 7.1で実装された新機能について紹介しています。 プラットフォームの構成について説明し、テンプレートのお気に入り機能の Manage Favoritesが実装されたことや簡易チャートが 作成できるようになったことについて掲載。 わかりやすく製品についてご案内しておりますので、 導入の検討の際にぜひご活用ください。 【掲載内容】 ■Scilligence統合プラットフォームの特長 ■テンプレートのお気に入り機能 ■チャート作成機能 ■フィルター機能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
機械学習力場機能が改善！研究の現場で使いやすいソフトウェアとして機能強化
当資料では、材料設計支援統合システムのMedeAの3.7バージョンで搭載 された主な新機能および改善点について紹介しています。 MedeA GUI、 計算エンジン、物性計算モジュールや、強化された機械学習 ポテンシャルの機能について掲載。 また、on-the-fly MLFFにおける力場パラメーター生成過程のフローも ご紹介しておりますので、ぜひご覧ください。 【掲載内容】 ■MedeA 統合環境 ■新機能・改善点 ■MedeA VASP on-the-fly MLFF ■Materials Design 社ユーザー会開催予告 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
In silico 手法を利用したPROTAC(タンパク質分解誘導薬)の設計支援の抜粋記事を配布中！
『PROTAC』は、細胞内のユビキチン-プロテアソーム系を利用して 標的タンパク質を分解誘導する有機分子です。 細胞内において標的タンパク質およびE3リガーゼと複合体(三元複合体)を 形成することで両者を物理的に近接させ、標的タンパク質のユビキチン化 を引き起こします。 「PROTAC」が細胞内から消失した後も標的タンパク質の機能は生合成される まで回復しないため、触媒的な作用と合わせると、低濃度かつ長時間にわたり 作用することも大きな特長です。 現在、「PROTAC(Proteolysis Targeting Chimera)」のin silico 手法を利用した 設計支援について紹介した 「PROTAC Modeling Tools - In silico 手法を利用したPROTAC(タンパク質分解誘導薬) の設計支援」 の抜粋記事を配布中です。 「お問い合わせ」より「抜刷送付希望」とご記入の上お申し込みください。 ※詳しくは、お気軽にお問い合わせ下さい。
分子糊の開発を支援！統合計算化学システム MOE 上で分子糊とタンパク質との三元複合体構造のモデリングを容易に行うことが可能
当資料では、統合計算化学システムMOE上で動作させる「Molecular Glue Modeling Tool」 について ご紹介しております。 分子糊の開発を支援するMOEのカスタムアプリケーションであり、 2つのアプローチにより分子糊を介した三元複合体構造のモデリングを 容易に行うことが可能。 検証結果なども掲載しており、導入検討の際に参考にしやすい 一冊となっております。ぜひ、ご一読ください。 【掲載内容】 ■分子糊とは ■Molecular Glue Modeling Tool ■モデリング手法の検証結果 ■プログラムの入手方法 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
